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- EMDB-44008: Cryo-EM reveals molecular mechanisms underlying the inhibitory ef... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44008
タイトルCryo-EM reveals molecular mechanisms underlying the inhibitory effect of netrin-4 on laminin matrix formation
マップデータCryo-EM structure of Net4dC_LmG1: sharpened map
試料
  • 複合体: Net4dC-LmG1dC
    • タンパク質・ペプチド: Laminin subunit gamma-1
    • タンパク質・ペプチド: Netrin-4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードNetrin-4 / Laminin G1 / Complex / Basement membrane / STRUCTURAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by extracellular matrix-epithelial cell signaling / Netrin-1 signaling / laminin-11 complex / laminin-1 complex / laminin-10 complex / regulation of basement membrane organization / L1CAM interactions / hemidesmosome assembly / laminin-1 binding / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway ...regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by extracellular matrix-epithelial cell signaling / Netrin-1 signaling / laminin-11 complex / laminin-1 complex / laminin-10 complex / regulation of basement membrane organization / L1CAM interactions / hemidesmosome assembly / laminin-1 binding / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / Laminin interactions / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / protein complex involved in cell-matrix adhesion / endoderm development / extracellular matrix structural constituent / MET activates PTK2 signaling / neuron remodeling / positive regulation of muscle cell differentiation / maintenance of blood-brain barrier / basement membrane / Non-integrin membrane-ECM interactions / extracellular matrix disassembly / ECM proteoglycans / Degradation of the extracellular matrix / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of epithelial cell proliferation / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell migration / : / protein-containing complex assembly / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Netrin-4, NTR domain / Laminin IV / Laminin B (Domain IV) / Laminin IV type A domain profile. / Laminin B domain / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) ...Netrin-4, NTR domain / Laminin IV / Laminin B (Domain IV) / Laminin IV type A domain profile. / Laminin B domain / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / : / Laminin/attractin EGF domain / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Laminin subunit gamma-1 / Netrin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Kulczyk AW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM reveals molecular mechanisms underlying the inhibitory effect of netrin-4 on laminin matrix formation.
著者: Arkadiusz W Kulczyk / Karen K McKee / Peter D Yurchenco /
要旨: Netrin-4 is a tumor suppressor that interferes with formation of the laminin lattice. We employed cryo-electron microscopy to determine a structure of the protein complex consisting of the N-terminal ...Netrin-4 is a tumor suppressor that interferes with formation of the laminin lattice. We employed cryo-electron microscopy to determine a structure of the protein complex consisting of the N-terminal fragments from netrin-4 and laminin γ1. The structure reveals that netrin-4 binds laminin γ1 at the molecular interface where laminin β1 would have bound, thus inhibiting the assembly of the heterotrimeric laminin polymer nodes consisting of α1, β1, and γ1 subunits, and their polymerization into the extracellular lattice. The four orders of magnitude higher affinity of the netrin-4-laminin γ1 interaction results from the larger buried surface area than the one formed by β1 and γ1 laminins and greater electrostatic surface complementarity. Our findings, supported by site-directed mutagenesis, solid-phase binding analysis, laminin polymerization, and Schwann cell assays, collectively demonstrate that, in addition to inhibiting laminin polymerization, netrin-4 disassembles the pre-existing laminin lattice. The structure has the potential to facilitate the development of novel therapies for cancer treatment.
履歴
登録2024年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月20日-
マップ公開2025年8月20日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44008.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44008.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of Net4dC_LmG1: sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 192 pix.
= 248.832 Å		1.3 Å/pix.
x 192 pix.
= 248.832 Å		1.3 Å/pix.
x 192 pix.
= 248.832 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.296 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.008
最小 - 最大-0.02592705 - 0.11453716
平均 (標準偏差)0.000086775595 (±0.0015274837)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 248.832 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_44008_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of Net4dC LmG1: sharpened map

ファイルemd_44008_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of Net4dC_LmG1: sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of Net4dC LmG1: sharpened map

ファイルemd_44008_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of Net4dC_LmG1: sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Net4dC-LmG1dC

全体名称: Net4dC-LmG1dC
要素
  • 複合体: Net4dC-LmG1dC
    • タンパク質・ペプチド: Laminin subunit gamma-1
    • タンパク質・ペプチド: Netrin-4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Net4dC-LmG1dC

超分子名称: Net4dC-LmG1dC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: A dimeric complex of the N-terminal fragments from netrin-4 and laminin gamma 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61 KDa

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分子 #1: Laminin subunit gamma-1

分子名称: Laminin subunit gamma-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.152922 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDECTDEGGR PQRCMPEFVN AAFNVTVVAT NTCGTPPEEY CVQTGVTGVT KSCHLCDAGQ PHLQHGAAFL TDYNNQADTT WWQSQTMLA GVQYPSSINL TLHLGKAFDI TYVRLKFHTS RPESFAIYKR TWEDGPWIPY QYYSGSCENT YSKANRGFIR T GGDEQQAL ...文字列:
MDECTDEGGR PQRCMPEFVN AAFNVTVVAT NTCGTPPEEY CVQTGVTGVT KSCHLCDAGQ PHLQHGAAFL TDYNNQADTT WWQSQTMLA GVQYPSSINL TLHLGKAFDI TYVRLKFHTS RPESFAIYKR TWEDGPWIPY QYYSGSCENT YSKANRGFIR T GGDEQQAL CTDEFSDISP LTGGNVAFST LEGRPSAYNF DNSPVLQEWV TATDISVTLN RLNTFGDEVF NRPKVLKSYY YA ISDFAVG GRCKCNGHAS ECMKNEFDKL VCNCKHNTYG VDCEKCLPFF NDRPWRRATA ESASECLP

UniProtKB: Laminin subunit gamma-1

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分子 #2: Netrin-4

分子名称: Netrin-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 32.177734 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LGRKLRADTM CGQNATELFC FYSENADLTC RQPKCDKCNA AHSHLAHPPS AMADSSFRFP RTWWQSAEDV HREKIQLDLE AEFYFTHLI MVFKSPRPAA MVLDRSQDFG KTWKPYKYFA TNCSATFGLE DDVVKKGAIC TSRYSNPFPC TGGEVIFRAL S PPYDIENP ...文字列:
LGRKLRADTM CGQNATELFC FYSENADLTC RQPKCDKCNA AHSHLAHPPS AMADSSFRFP RTWWQSAEDV HREKIQLDLE AEFYFTHLI MVFKSPRPAA MVLDRSQDFG KTWKPYKYFA TNCSATFGLE DDVVKKGAIC TSRYSNPFPC TGGEVIFRAL S PPYDIENP YSAKVQEQLK ITNLRVRLLK RQSCPCQIND LNAKPHHFMH YAVYDFIVKG SCFCNGHADQ CLPVEGFRPI KA PGAFHVV HGRCMCKHNT AGSHCQHCAP LYNDRPWEAA DGRTGAP

UniProtKB: Netrin-4

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.58 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9az3:
Cryo-EM reveals molecular mechanisms underlying the inhibitory effect of netrin-4 on laminin matrix formation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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