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- EMDB-43997: Structure of a Ric1-Rgp1-Rab6 activation intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43997
タイトルStructure of a Ric1-Rgp1-Rab6 activation intermediate
マップデータRefinement full map
試料
  • 複合体: Ric1-Rgp1-Ypt6 complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide exchange factor subunit RIC1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide exchange factor subunit RGP1
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding protein YPT6
キーワードGEF / GTPASE / RAB / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Ric1-Rgp1 guanyl-nucleotide exchange factor complex / retrograde transport, vesicle recycling within Golgi / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi to endosome transport / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / guanyl-nucleotide exchange factor complex / protein localization to phagophore assembly site / intra-Golgi vesicle-mediated transport ...Ric1-Rgp1 guanyl-nucleotide exchange factor complex / retrograde transport, vesicle recycling within Golgi / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi to endosome transport / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / guanyl-nucleotide exchange factor complex / protein localization to phagophore assembly site / intra-Golgi vesicle-mediated transport / cis-Golgi network / protein-containing complex localization / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / phagophore assembly site / retrograde transport, endosome to Golgi / cellular response to nitrogen starvation / Neutrophil degranulation / endomembrane system / guanyl-nucleotide exchange factor activity / intracellular protein transport / macroautophagy / cellular response to heat / Golgi membrane / cell division / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosome control protein 1 / Reduced growth phenotype protein 1 / RAB6A-GEF complex partner protein 1 / RIC1 C-terminal alpha solenoid region / Rgp1 / : / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases ...Ribosome control protein 1 / Reduced growth phenotype protein 1 / RAB6A-GEF complex partner protein 1 / RIC1 C-terminal alpha solenoid region / Rgp1 / : / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide exchange factor subunit RGP1 / Guanine nucleotide exchange factor subunit RIC1 / GTP-binding protein YPT6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Feathers JR / Fromme JC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM136258 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for Rab6 activation by the Ric1-Rgp1 complex.
著者: J Ryan Feathers / Ryan C Vignogna / J Christopher Fromme /
要旨: Rab GTPases act as molecular switches to regulate organelle homeostasis and membrane trafficking. Rab6 plays a central role in regulating cargo flux through the Golgi and is activated via nucleotide ...Rab GTPases act as molecular switches to regulate organelle homeostasis and membrane trafficking. Rab6 plays a central role in regulating cargo flux through the Golgi and is activated via nucleotide exchange by the Ric1-Rgp1 protein complex. Ric1-Rgp1 is conserved throughout eukaryotes but the structural and mechanistic basis for its function has not been established. Here we report the cryoEM structure of a Ric1-Rgp1-Rab6 complex representing a key intermediate of the nucleotide exchange reaction. Ric1-Rgp1 interacts with the nucleotide-binding domain of Rab6 using an uncharacterized helical domain, which we establish as a RabGEF domain by identifying residues required for Rab6 activation. Unexpectedly, the complex uses an arrestin fold to interact with the Rab6 hypervariable domain, indicating that interactions with the unstructured C-terminal regions of Rab GTPases may be a common binding mechanism used by their activators. Collectively, our findings provide a detailed mechanistic understanding of regulated Rab6 activation at the Golgi.
履歴
登録2024年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43997.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43997.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refinement full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 196 pix.
= 245. Å		1.25 Å/pix.
x 196 pix.
= 245. Å		1.25 Å/pix.
x 196 pix.
= 245. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.049608495 - 0.11779761
平均 (標準偏差)0.0000281936 (±0.0038821567)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 245.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Local resolution sharpened map

ファイルemd_43997_additional_1.map
注釈Local resolution sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 from masked refinement

ファイルemd_43997_half_map_1.map
注釈Half map 2 from masked refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 from masked refinement

ファイルemd_43997_half_map_2.map
注釈Half map 1 from masked refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ric1-Rgp1-Ypt6 complex

全体名称: Ric1-Rgp1-Ypt6 complex
要素
  • 複合体: Ric1-Rgp1-Ypt6 complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide exchange factor subunit RIC1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide exchange factor subunit RGP1
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding protein YPT6

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超分子 #1: Ric1-Rgp1-Ypt6 complex

超分子名称: Ric1-Rgp1-Ypt6 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Guanine nucleotide exchange factor subunit RIC1

分子名称: Guanine nucleotide exchange factor subunit RIC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 120.27882 KDa
配列文字列: MFIKQSEKNT PKCLYKKKGK VRVLLTGSCK KLNTWKMHLW PVSPPQLLRI PPRNAELGEG TKIDDCNILQ SMTLPQANVL IMLTPTRVL IYNFKPMALV ASHERTMASL KEFGDNRSMK RSAPYNDIIE GLISKKDSQY LLWHQGKLIF YVMTDKNFLL T YQILKNCT ...文字列:
MFIKQSEKNT PKCLYKKKGK VRVLLTGSCK KLNTWKMHLW PVSPPQLLRI PPRNAELGEG TKIDDCNILQ SMTLPQANVL IMLTPTRVL IYNFKPMALV ASHERTMASL KEFGDNRSMK RSAPYNDIIE GLISKKDSQY LLWHQGKLIF YVMTDKNFLL T YQILKNCT NEIIFKEYGI PVIEPLLMSE EEANSAEYDY NNDDDTLTVF DKNSSSRIIQ NGFGITKEKG FLHFLSNQEN ID ELPVKKL ELRLKVVLKF DYEIIDMIGI KTFSKVGDGR YEEVLIVLFP HGLQILTISD FKVSKSSLVE VKKGSKTIVC NKQ LMVLSH DSVEKQTIVS IIDIEKQAVE AIPLTDTPDE LLTCLEVNGY LVVVYKEKII CFDTRIKKVS HSWKPPFVIK LCDK INDKI LLLVSEDSVN IHFYTEFGNL LFATYFDEDD YNGDNNNDNS KDKNEKKAAE YKISDFVCLD KSLITVSHSG KYQVW KLWE EIKQTQFDFR NPKCYVLTNT NNDVIIYSPV TSSSINNDNL QVIKLPTKTF NNHIAFVKIN SSLRLFATYV SNKNIL LIH NLETNMWSSF ADQNVLDLHW LGDNYLVCHM KNDDGSTNLK CLQIPLQEAN PDVELSDYVM WEYNVPENTI VFSLHVN TL SRYKLLKMKS KNHNASEKQP DALLKTAEII LVTDTQTIVF DVISTVHPCG LNIIKKFYQY LKINIPIDVL PNKIEWII N MKEGLLFFAD RKFIKLGKVD GGGWQTLTLL DNIEKIIDVI RDEIFVVQGH NYVVYSLEDL WDDKKPLVSI PIEEDLYPI STTPETATTH TLHCIFNARF SKLVVKHQIY LDQLILAKLE DNTDLEDISH NYRFLKPYKF ALEKILSTKI LRSDSLDDIL KLIKMYDNT DPEHNISPPT HSGMLEIISN CLRKIETKYW NHLFTNLKMT PRDLLALCIE ENEAKMLGVL LLVFLNYDEK D LGDDLHFK KSDLGTEESK ALNDNSTKKS EKSVTNLLK(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)AT D(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) DRENNT Q(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

UniProtKB: Guanine nucleotide exchange factor subunit RIC1

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分子 #2: Guanine nucleotide exchange factor subunit RGP1

分子名称: Guanine nucleotide exchange factor subunit RGP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 74.621453 KDa
配列文字列: MRAHRIDTFL IRENIKLEII HESNSYFGGE HISIAFRFKH LGSQHELFNY KEKLLTVDKA VEEKLEQQAK VQDDGEGTME NQTWSLKSL LGAFKRTGEP EESVDVDNMK MLNESKMLRE KIQKQMYFHQ PVTLISGYVQ ISGVFQYDSE VISESKFKQD E VKMVGLDI ...文字列:
MRAHRIDTFL IRENIKLEII HESNSYFGGE HISIAFRFKH LGSQHELFNY KEKLLTVDKA VEEKLEQQAK VQDDGEGTME NQTWSLKSL LGAFKRTGEP EESVDVDNMK MLNESKMLRE KIQKQMYFHQ PVTLISGYVQ ISGVFQYDSE VISESKFKQD E VKMVGLDI VPGHTTNSVL ALEDGEHFKG KRNLTNYLNS DYTNVTNGLL FSESGSRGRT GTYNERTLMI SNDTSIKTLP LL LIPQTLL FSEISLEPGE VRTFYFKSTK LPKDICPSYS SSKVASINYT LEVGADVLSD DNIEKFSNRV PITIAPYISS NAE QYTSRL DKPAIILKTG NIKELKPRLF TRKVSTASAV SFGRRKSSII DIDSPLEDNE FV(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)SNQNV SR(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)QFGKD EDSSDPEPND SHFSNEMVTS AESSLRSDAV TKRRKSYSVR DNISN LEQK MWNDCSLVKS DENSNLLPQL INLQNAYQIN RNNETMAKVS LSAPFYKTTD DINLVIELDP ITTPLLKVTS LTVSLE SFE IINPKYKTEG KGIGSKPKGN SVYEKHFICF DECKSVSVKL LPPRSPTNQI TGQFKTDVFQ HKWMIGLKFV IIAKTES IT LDQFYEDKKG ILFHSKENLE GEEFTCYVPI PILCTSEDFM GW

UniProtKB: Guanine nucleotide exchange factor subunit RGP1

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分子 #3: GTP-binding protein YPT6

分子名称: GTP-binding protein YPT6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.444609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSRSGKSLTK YKIVFLGEQG VGKTSLITRF MYDTFDDHYQ ATIGIDFLSK TMYLDDKTIR LQLWDTAGQE RFRSLIPSYI RDSRVAIIV YDITKRKSFE YIDKWIEDVK NERGDENVIL CIVGNKSDLS DERQISTEEG EKKAKLLGAK IFMETSTKAG Y NVKALFKK ...文字列:
MSRSGKSLTK YKIVFLGEQG VGKTSLITRF MYDTFDDHYQ ATIGIDFLSK TMYLDDKTIR LQLWDTAGQE RFRSLIPSYI RDSRVAIIV YDITKRKSFE YIDKWIEDVK NERGDENVIL CIVGNKSDLS DERQISTEEG EKKAKLLGAK IFMETSTKAG Y NVKALFKK IAKSLPEFQN SESTPLDSEN ANSANQNKPG VIDISTAEEQ EQSACQC

UniProtKB: GTP-binding protein YPT6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AB INITIO
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69399
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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画像解析 #2

Image processing ID2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AB INITIO
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69399
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る