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- EMDB-43983: The map of the bent AlphaIIbBeta3 in complex with R21D10 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43983
タイトルThe map of the bent AlphaIIbBeta3 in complex with R21D10 Fab
マップデータIt is the main map.
試料
  • 複合体: The semi-extended AlphaIIbBeta3 in complex with R21D10 Fab
    • 複合体: AlphaIIbBeta3 Integrin
      • タンパク質・ペプチド: Integrin AlphaIIb
      • タンパク質・ペプチド: Integrin Beta3
    • 複合体: R21D10 Fab
      • タンパク質・ペプチド: R21D10 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: R211010 Fab light chain
キーワードMurine monoclonal antibody R21D10 stabilizes a semi-extended conformation of the platelet AlphaIIbBeta3 integrin receptor and serves as an allosteric inhibitor of ligand binding and platelet aggregation. It also is the first mAb reported to inhibit the binding of protein disulfide isomerase. / BLOOD CLOTTING
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Wang JL / Walz T / Coller B / Wang L / Li JH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)5R01HL019278-48 米国
引用ジャーナル: Blood Adv / 年: 2024
タイトル: An αIIbβ3 monoclonal antibody traps a semiextended conformation and allosterically inhibits large ligand binding.
著者: Lu Wang / Jialing Wang / Jihong Li / Thomas Walz / Barry S Coller /
要旨: Monoclonal antibodies (mAbs) have provided valuable information regarding the structure and function of platelet αIIbβ3. Protein disulfide isomerase (PDI) has been implicated in αIIbβ3 activation ...Monoclonal antibodies (mAbs) have provided valuable information regarding the structure and function of platelet αIIbβ3. Protein disulfide isomerase (PDI) has been implicated in αIIbβ3 activation and binds to thrombin-activated αIIbβ3. Using human platelets as the immunogen, we identified a new mAb (R21D10) that inhibits the binding of PDI to platelets activated with thrombin receptor-activating peptide (T6). R21D10 also partially inhibited T6-induced fibrinogen and PAC-1 binding to platelets, as well as T6- and adenosine 5'-diphosphate-induced platelet aggregation. Mutual competition experiments showed that R21D10 does not inhibit the binding of mAbs 10E5 (anti-αIIb cap domain) or 7E3 (anti-β3 β-I domain), and immunoblot studies indicated that R21D10 binds to β3. The dissociation of αIIbβ3 by EDTA had a minimal effect on R21D10 binding. Cryogenic electron microscopy of the αIIbβ3-R21D10 Fab complex revealed that R21D10 binds to the β3 integrin-epidermal growth factor 1 (I-EGF1) domain and traps an intermediate conformation of αIIbβ3 with semiextended leg domains. The binding of R21D10 produces a major structural change in the β3 I-EGF2 domain associated with a new interaction between the β3 I-EGF2 and αIIb thigh domains, which may prevent the swing-out motion of the β3 hybrid domain required for high-affinity ligand binding and protect αIIbβ3 from EDTA-induced dissociation. R21D10 partially reversed the ligand binding priming effect of eptifibatide, suggesting that it could convert the swung-out conformation into a semiextended conformation. We concluded that R21D10 inhibits ligand binding to αIIbβ3 via a unique allosteric mechanism, which may or may not be related to its inhibition of PDI binding.
履歴
登録2024年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43983.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43983.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈It is the main map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.0794004 - 1.7719426
平均 (標準偏差)-0.000020222735 (±0.037487343)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 344.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: It is the half B map.

ファイルemd_43983_half_map_1.map
注釈It is the half B map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: It is the half A map.

ファイルemd_43983_half_map_2.map
注釈It is the half A map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The semi-extended AlphaIIbBeta3 in complex with R21D10 Fab

全体名称: The semi-extended AlphaIIbBeta3 in complex with R21D10 Fab
要素
  • 複合体: The semi-extended AlphaIIbBeta3 in complex with R21D10 Fab
    • 複合体: AlphaIIbBeta3 Integrin
      • タンパク質・ペプチド: Integrin AlphaIIb
      • タンパク質・ペプチド: Integrin Beta3
    • 複合体: R21D10 Fab
      • タンパク質・ペプチド: R21D10 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: R211010 Fab light chain

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超分子 #1: The semi-extended AlphaIIbBeta3 in complex with R21D10 Fab

超分子名称: The semi-extended AlphaIIbBeta3 in complex with R21D10 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 250 KDa

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超分子 #2: AlphaIIbBeta3 Integrin

超分子名称: AlphaIIbBeta3 Integrin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: R21D10 Fab

超分子名称: R21D10 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Integrin AlphaIIb

分子名称: Integrin AlphaIIb / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The full-length Integrin AlphaIIb includes a signal peptide.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MARALCPLQA LWLLEWVLLL LGPCAAPPAW ALNLDPVQLT FYAGPNGSQF GFSLDFHKDS HGRVAIVVGA PRTLGPSQEE TGGVFLCPW RAEGGQCPSL LFDLRDETRN VGSQTLQTFK ARQGLGASVV SWSDVIVACA PWQHWNVLEK TEEAEKTPVG S CFLAQPES ...文字列:
MARALCPLQA LWLLEWVLLL LGPCAAPPAW ALNLDPVQLT FYAGPNGSQF GFSLDFHKDS HGRVAIVVGA PRTLGPSQEE TGGVFLCPW RAEGGQCPSL LFDLRDETRN VGSQTLQTFK ARQGLGASVV SWSDVIVACA PWQHWNVLEK TEEAEKTPVG S CFLAQPES GRRAEYSPCR GNTLSRIYVE NDFSWDKRYC EAGFSSVVTQ AGELVLGAPG GYYFLGLLAQ APVADIFSSY RP GILLWHV SSQSLSFDSS NPEYFDGYWG YSVAVGEFDG DLNTTEYVVG APTWSWTLGA VEILDSYYQR LHRLRGEQMA SYF GHSVAV TDVNGDGRHD LLVGAPLYME SRADRKLAEV GRVYLFLQPR GPHALGAPSL LLTGTQLYGR FGSAIAPLGD LDRD GYNDI AVAAPYGGPS GRGQVLVFLG QSEGLRSRPS QVLDSPFPTG SAFGFSLRGA VDIDDNGYPD LIVGAYGANQ VAVYR AQPV VKASVQLLVQ DSLNPAVKSC VLPQTKTPVS CFNIQMCVGA TGHNIPQKLS LNAELQLDRQ KPRQGRRVLL LGSQQA GTT LNLDLGGKHS PICHTTMAFL RDEADFRDKL SPIVLSLNVS LPPTEAGMAP AVVLHGDTHV QEQTRIVLDC GEDDVCV PQ LQLTASVTGS PLLVGADNVL ELQMDAANEG EGAYEAELAV HLPQGAHYMR ALSNVEGFER LICNQKKENE TRVVLCEL G NPMKKNAQIG IAMLVSVGNL EEAGESVSFQ LQIRSKNSQN PNSKIVLLDV PVRAEAQVEL RGNSFPASLV VAAEEGERE QNSLDSWGPK VEHTYELHNN GPGTVNGLHL SIHLPGQSQP SDLLYILDIQ PQGGLQCFPQ PPVNPLKVDW GLPIPSPSPI HPAHHKRDR RQIFLPEPEQ PSRLQDPVLV SCDSAPCTVV QCDLQEMARG QRAMVTVLAF LWLPSLYQRP LDQFVLQSHA W FNVSSLPY AVPPLSLPRG EAQVWTQLLR ALEERAIPIW WVLVGVLGGL LLLTILVLAM WKVGFFKRNR PPLEEDDEEG E

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分子 #2: Integrin Beta3

分子名称: Integrin Beta3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: The sequence is for the full-length Beta3 including a signal peptide.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MRARPRPRPL WATVLALGAL AGVGVGGPNI CTTRGVSSCQ QCLAVSPMCA WCSDEALPLG SPRCDLKENL LKDNCAPESI EFPVSEARV LEDRPLSDKG SGDSSQVTQV SPQRIALRLR PDDSKNFSIQ VRQVEDYPVD IYYLMDLSYS MKDDLWSIQN L

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分子 #3: R21D10 Fab heavy chain

分子名称: R21D10 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
EVQLQESGAE LAKPGASVKM SCKASGYTFT DYWMHWVKQR PGQGLEWIGY INPSTGYTEY NQKFKDKATL TADKSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYYCARW RGVYRSDVHY YAMDYWGQGT SVTVSSAKTT APSVYPLAPV CGDTTGSSVT LGCLVKGYFP E

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分子 #4: R211010 Fab light chain

分子名称: R211010 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: QIVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSVS YMHWYQQKSG TSPKRWIYDT SKLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAATYYCQQ WSSKPPTFGA GTKLELKWAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列:
QIVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSVS YMHWYQQKSG TSPKRWIYDT SKLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAATYYCQQ WSSKPPTFGA GTKLELKWAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GRAPHENE OXIDE / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I
詳細AlphaIIbBeta3 in complex with R21D10 Fab

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 993650
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: generate initial model based on selected averages of particles after 2D-classification in CryoSPARC.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.0) / 使用した粒子像数: 107419
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 183000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

8t2v

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8t2v

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

9axl

chain_id: H, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

9axl

chain_id: L, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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