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万見
- EMDB-43979: Cryo-EM structure of GSSG-bound Ycf1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43979
タイトルCryo-EM structure of GSSG-bound Ycf1
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Yeast Cadmium Factor 1 bound with oxidized glutathione
    • タンパク質・ペプチド: Metal resistance protein YCF1
  • リガンド: OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE
キーワードGSSG / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Aspirin ADME / Atorvastatin ADME / Paracetamol ADME / P-type cadmium transporter activity / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport ...ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Aspirin ADME / Atorvastatin ADME / Paracetamol ADME / P-type cadmium transporter activity / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport / ABC-family proteins mediated transport / vacuole fusion, non-autophagic / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / fungal-type vacuole / fungal-type vacuole membrane / response to metal ion / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / response to cadmium ion / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / transmembrane transport / membrane raft / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter TMD0 domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...: / ABC transporter TMD0 domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Metal resistance protein YCF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Soong TH / Hotze C / Raghav D / Khandelwal NK / Tomasiak TM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI156270 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of GSSG-bound Ycf1
著者: Soong TH / Hotze C / Raghav D / Khandelwal NK / Tomasiak TM
履歴
登録2024年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43979.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43979.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.68 Å/pix.
x 440 pix.
= 300.96 Å		0.68 Å/pix.
x 440 pix.
= 300.96 Å		0.68 Å/pix.
x 440 pix.
= 300.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.684 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.075
最小 - 最大-0.47132054 - 0.7640018
平均 (標準偏差)0.00038563905 (±0.015702568)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 300.96002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43979_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43979_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast Cadmium Factor 1 bound with oxidized glutathione

全体名称: Yeast Cadmium Factor 1 bound with oxidized glutathione
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Yeast Cadmium Factor 1 bound with oxidized glutathione
    • タンパク質・ペプチド: Metal resistance protein YCF1
  • リガンド: OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE

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超分子 #1: Yeast Cadmium Factor 1 bound with oxidized glutathione

超分子名称: Yeast Cadmium Factor 1 bound with oxidized glutathione
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: Vacuole
分子量理論値: 175.985 KDa

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分子 #1: Metal resistance protein YCF1

分子名称: Metal resistance protein YCF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type Cd2+ transporter
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 171.545344 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAGNLVSWAC KLCRSPEGFG PISFYGDFTQ CFIDGVILNL SAIFMITFGI RDLVNLCKKK HSGIKYRRNW IIVSRMALVL LEIAFVSLA SLNISKEEAE NFTIVSQYAS TMLSLFVALA LHWIEYDRSV VANTVLLFYW LFETFGNFAK LINILIRHTY E GIWYSGQT ...文字列:
MAGNLVSWAC KLCRSPEGFG PISFYGDFTQ CFIDGVILNL SAIFMITFGI RDLVNLCKKK HSGIKYRRNW IIVSRMALVL LEIAFVSLA SLNISKEEAE NFTIVSQYAS TMLSLFVALA LHWIEYDRSV VANTVLLFYW LFETFGNFAK LINILIRHTY E GIWYSGQT GFILTLFQVI TCASILLLEA LPKKPLMPHQ HIHQTLTRRK PNPYDSANIF SRITFSWMSG LMKTGYEKYL VE ADLYKLP RNFSSEELSQ KLEKNWENEL KQKSNPSLSW AICRTFGSKM LLAAFFKAIH DVLAFTQPQL LRILIKFVTD YNS ERQDDH SSLQGFENNH PQKLPIVRGF LIAFAMFLVG FTQTSVLHQY FLNVFNTGMY IKSALTALIY QKSLVLSNEA SGLS STGDI VNLMSVDVQK LQDLTQWLNL IWSGPFQIII CLYSLYKLLG NSMWVGVIIL VIMMPLNSFL MRIQKKLQKS QMKYK DERT RVISEILNNI KSLKLYAWEK PYREKLEEVR NNKELKNLTK LGCYMAVTSF QFNIVPFLVS CCTFAVFVYT EDRALT TDL VFPALTLFNL LSFPLMIIPM VLNSFIEASV SIGRLFTFFT NEELQPDSVQ RLPKVKNIGD VAINIGDDAT FLWQRKP EY KVALKNINFQ AKKGNLTCIV GKVGSGKTAL LSCMLGDLFR VKGFATVHGS VAYVSQVPWI MNGTVKENIL FGHRYDAE F YEKTIKACAL TIDLAILMDG DKTLVGEKGI SLSGGQKARL SLARAVYARA DTYLLDDPLA AVDEHVARHL IEHVLGPNG LLHTKTKVLA TNKVSALSIA DSIALLDNGE ITQQGTYDEI TKDADSPLWK LLNNYGKKNN GKSNEFGDSS ESSVRESSIP VEGELEQLQ KLNDLDFGNS DAISLRRA(SEP)D A(TPO)LG(SEP)IDFGD DENIAKREHR EQGKVKWNIY LEYAKACNP KSVCVFILFI VISMFLSVMG NVWLKHWSEV NSRYGSNPNA ARYLAIYFAL GIGSALATLI QTIVLWVFCT IHASKYLHNL MTNSVLRAP MTFFETTPIG RILNRFSNDI YKVDALLGRT FSQFFVNAVK VTFTITVICA TTWQFIFIII PLSVFYIYYQ Q YYLRTSRE LRRLDSITRS PIYSHFQETL GGLATVRGYS QQKRFSHINQ CRIDNNMSAF YPSINANRWL AYRLELIGSI II LGAATLS VFRLKQGTLT AGMVGLSLSY ALQITQTLNW IVRMTVEVET NIVSVERIKE YADLKSEAPL IVEGHRPPKE WPS QGDIKF NNYSTRYRPE LDLVLKHINI HIKPNEKVGI VGRTGAGKSS LTLALFRMIE ASEGNIVIDN IAINEIGLYD LRHK LSIIP QDSQVFEGTV RENIDPINQY TDEAIWRALE LSHLKEHVLS MSNDGLDAQL TEGGGNLSVG QRQLLCLARA MLVPS KILV LDEATAAVDV ETDKVVQETI RTAFKDRTIL TIAHRLNTIM DSDRIIVLDN GKVAEFDSPG QLLSDNKSLF YSLCME AGL VNEN

UniProtKB: Metal resistance protein YCF1

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分子 #2: OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE

分子名称: OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GDS
分子量理論値: 612.631 Da
Chemical component information

ChemComp-GDS:
OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
糖包埋材質: Vitreous ice
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio CRYOSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 191581
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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