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万見
- EMDB-43977: geranine G-induced 2N4R tau filaments -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43977
タイトルgeranine G-induced 2N4R tau filaments
マップデータ
試料
  • 複合体: 2N4R tau in complex with geranine G dye, its inducer
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
  • リガンド: 4-hydroxy-3-{(E)-[4-(6-methyl-1,3-benzothiazol-2-yl)phenyl]diazenyl}naphthalene-2,7-disulfonic acid
キーワードmicrotubule / amyloid / tauopathy / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性Activation of AMPK downstream of NMDARs / PKR-mediated signaling / Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Malyshka D / Kuret J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)F30 AG079573 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)RF1 AG04518 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Submission name: Cryo-EM visualization of tau aggregation inducer-interaction sites reveals triggers of tau fibrillation and drivers of small-molecule binding
著者: Malyshka D / Kuret J
履歴
登録2024年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43977.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43977.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.87 Å/pix.
x 320 pix.
= 279.232 Å		0.87 Å/pix.
x 320 pix.
= 279.232 Å		0.87 Å/pix.
x 320 pix.
= 279.232 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8726 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0
最小 - 最大-14.084719 - 26.640599999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000001209 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 279.232 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43977_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43977_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_43977_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 2N4R tau in complex with geranine G dye, its inducer

全体名称: 2N4R tau in complex with geranine G dye, its inducer
要素
  • 複合体: 2N4R tau in complex with geranine G dye, its inducer
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
  • リガンド: 4-hydroxy-3-{(E)-[4-(6-methyl-1,3-benzothiazol-2-yl)phenyl]diazenyl}naphthalene-2,7-disulfonic acid

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超分子 #1: 2N4R tau in complex with geranine G dye, its inducer

超分子名称: 2N4R tau in complex with geranine G dye, its inducer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 96.4 kDa/nm

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分子 #1: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau

分子名称: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.919871 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAEPRQEFEV MEDHAGTYGL GDRKDQGGYT MHQDQEGDTD AGLKESPLQT PTEDGSEEPG SETSDAKSTP TAEDVTAPLV DEGAPGKQA AAQPHTEIPE GTTAEEAGIG DTPSLEDEAA GHVTQARMVS KSKDGTGSDD KKAKGADGKT KIATPRGAAP P GQKGQANA ...文字列:
MAEPRQEFEV MEDHAGTYGL GDRKDQGGYT MHQDQEGDTD AGLKESPLQT PTEDGSEEPG SETSDAKSTP TAEDVTAPLV DEGAPGKQA AAQPHTEIPE GTTAEEAGIG DTPSLEDEAA GHVTQARMVS KSKDGTGSDD KKAKGADGKT KIATPRGAAP P GQKGQANA TRIPAKTPPA PKTPPSSGEP PKSGDRSGYS SPGSPGTPGS RSRTPSLPTP PTREPKKVAV VRTPPKSPSS AK SRLQTAP VPMPDLKNVK SKIGSTENLK HQPGGGKVQI INKKLDLSNV QSKCGSKDNI KHVPGGGSVQ IVYKPVDLSK VTS KCGSLG NIHHKPGGGQ VEVKSEKLDF KDRVQSKIGS LDNITHVPGG GNKKIETHKL TFRENAKAKT DHGAEIVYKS PVVS GDTSP RHLSNVSSTG SIDMVDSPQL ATLADEVSAS LAKQGL

UniProtKB: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau

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分子 #2: 4-hydroxy-3-{(E)-[4-(6-methyl-1,3-benzothiazol-2-yl)phenyl]diazen...

分子名称: 4-hydroxy-3-{(E)-[4-(6-methyl-1,3-benzothiazol-2-yl)phenyl]diazenyl}naphthalene-2,7-disulfonic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: A1AHG
分子量理論値: 555.603 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度2.29 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
125.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
5.0 mMC4H10O2S2dithiothreitol
100.0 uMC24H15N3Na2O7S3geranine G

詳細: All components outside of protein listed above.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: 20 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was aggregated at 50 uM protein and 100 uM geranine G dye.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Images were low-pass filtered to 16 Angstroms for manual picking.
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.73 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -1.40 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 17652
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
Segment selection選択した数: 150816 / 詳細: Manual picking
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: The model was generated from 2D class averages using the relion_helix_inimodel2d tool.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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