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- EMDB-43967: HIV 16055.v8.3 SOSIP Env in Complex with Base and N625 Epitope pA... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43967
タイトルHIV 16055.v8.3 SOSIP Env in Complex with Base and N625 Epitope pAbs from Rabbit 2463
マップデータ
試料
  • 複合体: HIV 16055 SOSIP Env in Complex with Base and N625 Epitope Polyclonal Antibodies
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit Polyclonal Antibody N625 Epitope - Predicted Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit Polyclonal Antibody N625 Epitope - Predicted Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit Polyclonal Antibody Base Epitope - Predicted Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit Polyclonal Antibody Base Epitope - Predicted Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Surface protein gp120
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
キーワードHIV / EMPEM / Polyclonal Antibodies / Rabbit / N625 / Base / SOSIP / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Brown S / Antanasijevic A / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI136621 米国
Bill & Melinda Gates FoundationUM1 AI100663 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2025
タイトル: Anti-immune complex antibodies are elicited during repeated immunization with HIV Env immunogens.
著者: Sharidan Brown / Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Daniel Montiel Garcia / James Ferguson / Philip J M Brouwer / Rogier W Sanders / Andrew B Ward /
要旨: Vaccination strategies against HIV-1 aim to elicit broadly neutralizing antibodies (bnAbs) using prime-boost regimens with HIV envelope (Env) immunogens. Epitope mapping has shown that early antibody ...Vaccination strategies against HIV-1 aim to elicit broadly neutralizing antibodies (bnAbs) using prime-boost regimens with HIV envelope (Env) immunogens. Epitope mapping has shown that early antibody responses are directed to easily accessible nonneutralizing epitopes on Env instead of bnAb epitopes. Autologously neutralizing antibody responses appear upon boosting, once immunodominant epitopes are saturated. Here, we use electron microscopy-based polyclonal epitope mapping (EMPEM) to elucidate how repeated immunization with HIV Env SOSIP immunogens results in the generation of Ab2α anti-idiotypic antibodies in rabbits and rhesus macaques. We present the structures of six anti-immune complex antibodies and find that they target idiotopes composed of framework regions of antibodies bound to Env. Examination of cryo-electron microscopy density enabled prediction of sequences for an anti-immune complex antibody, the paratope of which is enriched with aromatic amino acids. This work sheds light on current vaccine development efforts for HIV, as well as for other pathogens in which repeated exposure to antigen is required.
履歴
登録2024年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_43967.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43967.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.8 Å/pix.
x 480 pix.
= 384.72 Å		0.8 Å/pix.
x 480 pix.
= 384.72 Å		0.8 Å/pix.
x 480 pix.
= 384.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8015 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.04410524 - 0.07769011
平均 (標準偏差)0.000036273403 (±0.0021181307)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 384.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43967_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43967_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43967_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV 16055 SOSIP Env in Complex with Base and N625 Epitope Polyclo...

全体名称: HIV 16055 SOSIP Env in Complex with Base and N625 Epitope Polyclonal Antibodies
要素
  • 複合体: HIV 16055 SOSIP Env in Complex with Base and N625 Epitope Polyclonal Antibodies
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit Polyclonal Antibody N625 Epitope - Predicted Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit Polyclonal Antibody N625 Epitope - Predicted Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit Polyclonal Antibody Base Epitope - Predicted Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit Polyclonal Antibody Base Epitope - Predicted Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Surface protein gp120
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose

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超分子 #1: HIV 16055 SOSIP Env in Complex with Base and N625 Epitope Polyclo...

超分子名称: HIV 16055 SOSIP Env in Complex with Base and N625 Epitope Polyclonal Antibodies
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: Transmembrane protein gp41

分子名称: Transmembrane protein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: The sequence contains engineered SOSIP mutations. / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.430652 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
RRAVGLGAVS FGFLGAAGST MGAASITLTV QARQLLSGIV QQQSNLLKAP ECQQHLLQDG HWGIKQLQTR VLAIEHYLKD QQLLGIWGC SGKLICCTAV PWNSSWSNKS HDEIWGNMTW MQWDREISNY TNTIYRLLED SQNQQEQNEK DLLALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Rabbit Polyclonal Antibody N625 Epitope - Predicted Light Chain

分子名称: Rabbit Polyclonal Antibody N625 Epitope - Predicted Light Chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: The sequence of the polyclonal antibody is unknown and modeled as a poly-UNK chain.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 9.379553 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #3: Rabbit Polyclonal Antibody N625 Epitope - Predicted Heavy Chain

分子名称: Rabbit Polyclonal Antibody N625 Epitope - Predicted Heavy Chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: The sequence of the polyclonal antibody is unknown and modeled as a poly-UNK chain.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 10.145497 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #4: Rabbit Polyclonal Antibody Base Epitope - Predicted Heavy Chain

分子名称: Rabbit Polyclonal Antibody Base Epitope - Predicted Heavy Chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: The sequence of the polyclonal antibody is unknown and modeled as a poly-UNK chain.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 10.400812 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #5: Rabbit Polyclonal Antibody Base Epitope - Predicted Light Chain

分子名称: Rabbit Polyclonal Antibody Base Epitope - Predicted Light Chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: The sequence of the polyclonal antibody is unknown and modeled as a poly-UNK chain.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 9.294448 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #6: Surface protein gp120

分子名称: Surface protein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6
詳細: The sequence contains engineered SOSIP mutations. The sequence contains an expression tag and initiating methionine residue.
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 58.156312 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARNGNLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYEKEK RNVWATHCCV PTDPNPQEM VLENVTENFN MWKNDMVEQM HEDVISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLECRQV NTTNATSSVN VTNGEEIKNC S FNATTELR ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARNGNLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYEKEK RNVWATHCCV PTDPNPQEM VLENVTENFN MWKNDMVEQM HEDVISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLECRQV NTTNATSSVN VTNGEEIKNC S FNATTELR DKKQKVYALF YRLDIVPLEE ERKGNSSKYR LINCNTSAIT QACPKVTFDP IPIHYCAPAG YAILKCNNKT FN GTGPCNN VSTVQCTHGI KPVVSTQLLL NGSLAEGEII IRSENLTNNV KTIIVHLNES VEIVCTRPNN NTVKSIRIGP GQW FYYTGD IIGNIRQAYC NIKKDDWIRT LQRVGKKLAE HFPRRIINFT QPAGGDLEIT THSFNCRGEF FYCNTSSLFN STYN PNDTN SNSSSSNSSL DITIPCRIKQ IINMWQRVGQ AMYAPPIEGN ITCKSNITGL LLVRDGGVES NETEIFRPGG GDMRN NWRS ELYKYKVVEI KPLGIAPTRC KRRVVERRRR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 33 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #12: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3798 / 平均電子線量: 40.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model generated from a low pass filtered map of BG505 SOSIP.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 51733
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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