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- EMDB-43911: nsEM of HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env in Complex with Week 26 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43911
タイトルnsEM of HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env in Complex with Week 26 V1/V3, V2, C3/V5, gp120-Interface, N611, Base, and Anti-Immune Complex Epitope pAbs (Rabbit ID: 2474)
マップデータ
試料
  • 複合体: nsEM of HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env in Complex with Week 26 V1/V3, V2, C3/V5, gp120-Interface, N611, Base, and Anti-Immune Complex Epitope pAbs (Rabbit ID: 2474)
    • 複合体: Rabbit Polyclonal Antibodies - V1/V3, V2, C3/V5, Base and Anti-Immune Complex Epitope pAbs
    • 複合体: HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env
      • タンパク質・ペプチド: HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 - Env
キーワードHIV / Polyclonal / Antibodies / nsEMPEM / Rabbit / VIRAL PROTEIN
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Brown S / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI136621 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2025
タイトル: Anti-immune complex antibodies are elicited during repeated immunization with HIV Env immunogens.
著者: Sharidan Brown / Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Daniel Montiel Garcia / James Ferguson / Philip J M Brouwer / Rogier W Sanders / Andrew B Ward /
要旨: Vaccination strategies against HIV-1 aim to elicit broadly neutralizing antibodies (bnAbs) using prime-boost regimens with HIV envelope (Env) immunogens. Epitope mapping has shown that early antibody ...Vaccination strategies against HIV-1 aim to elicit broadly neutralizing antibodies (bnAbs) using prime-boost regimens with HIV envelope (Env) immunogens. Epitope mapping has shown that early antibody responses are directed to easily accessible nonneutralizing epitopes on Env instead of bnAb epitopes. Autologously neutralizing antibody responses appear upon boosting, once immunodominant epitopes are saturated. Here, we use electron microscopy-based polyclonal epitope mapping (EMPEM) to elucidate how repeated immunization with HIV Env SOSIP immunogens results in the generation of Ab2α anti-idiotypic antibodies in rabbits and rhesus macaques. We present the structures of six anti-immune complex antibodies and find that they target idiotopes composed of framework regions of antibodies bound to Env. Examination of cryo-electron microscopy density enabled prediction of sequences for an anti-immune complex antibody, the paratope of which is enriched with aromatic amino acids. This work sheds light on current vaccine development efforts for HIV, as well as for other pathogens in which repeated exposure to antigen is required.
履歴
登録2024年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_43911.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.77 Å/pix.
x 224 pix.
= 396.48 Å		1.77 Å/pix.
x 224 pix.
= 396.48 Å		1.77 Å/pix.
x 224 pix.
= 396.48 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.020322422 - 0.042759243
平均 (標準偏差)0.00026706693 (±0.003146773)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 396.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Additional Map 1

ファイルemd_43911_additional_1.map
注釈Additional Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Additional Map 2

ファイルemd_43911_additional_2.map
注釈Additional Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43911_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43911_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : nsEM of HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env in Complex with Week 26 ...

全体名称: nsEM of HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env in Complex with Week 26 V1/V3, V2, C3/V5, gp120-Interface, N611, Base, and Anti-Immune Complex Epitope pAbs (Rabbit ID: 2474)
要素
  • 複合体: nsEM of HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env in Complex with Week 26 V1/V3, V2, C3/V5, gp120-Interface, N611, Base, and Anti-Immune Complex Epitope pAbs (Rabbit ID: 2474)
    • 複合体: Rabbit Polyclonal Antibodies - V1/V3, V2, C3/V5, Base and Anti-Immune Complex Epitope pAbs
    • 複合体: HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env
      • タンパク質・ペプチド: HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 - Env

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超分子 #1: nsEM of HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env in Complex with Week 26 ...

超分子名称: nsEM of HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env in Complex with Week 26 V1/V3, V2, C3/V5, gp120-Interface, N611, Base, and Anti-Immune Complex Epitope pAbs (Rabbit ID: 2474)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

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超分子 #2: Rabbit Polyclonal Antibodies - V1/V3, V2, C3/V5, Base and Anti-Im...

超分子名称: Rabbit Polyclonal Antibodies - V1/V3, V2, C3/V5, Base and Anti-Immune Complex Epitope pAbs
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#6
詳細: Additional Map 1 - gp120-Interface, V1/V3, C3/V5, Base Epitope pAbs Additional Map 2 - N611, V1/V3, C3/V5, Base Epitope pAbs
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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超分子 #3: HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env

超分子名称: HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
詳細: Chimeric antigen composed of CH505 and BG505 HIV-1 strains.
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 - Env

分子名称: HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 - Env / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The sequence contains engineered SOSIP mutations and is a chimeric antigen composed of CH505 and BG505 HIV-1 strains.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK RNVWATHCCV PTDPNPQEIH LENVTEEFNM WKNNMVEQMH EDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLNCTNAT ASNSSIIEGM KNCSFNITTE LRDKREKKNA ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK RNVWATHCCV PTDPNPQEIH LENVTEEFNM WKNNMVEQMH EDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLNCTNAT ASNSSIIEGM KNCSFNITTE LRDKREKKNA LFYKLDIVQL DGNSSQYRLI NCNTSAITQA CPKVSFEPIP IHYCAPAGFA ILKCNNKTFT GTGPCNNVST VQCTHGIKPV VSTQLLLNGS LAEGEIIIRS ENITNNVKTI LVHLNESVKI ECTRPNNKTV TSIRIGPGQW FYAYGQVIGD IREAYCNINE STWNETLGKV VKQLRKHFGN NTIIRFQPSS GGDLEVTTHS FNCGGEFFYC NTSGLFNSTW ISNTSVQGSN STGSNDSITL PCRIKQIINM WQRVGQAMYA PPIQGVIRCV SNITGLILTR DGGKNNTETF RPGGGDMRDN WRSELYKYKV VKIEPLGVAP TRCKRRVVGR RRRRRAVGIG AVSLGFLGAA GSTMGAASMT LTVQARNLLS GIVQQQSNLL RAPECQQHLL KDTHWGIKQL QARVLAVEHY LRDQQLLGIW GCSGKLICCT NVPWNSSWSN RNLSEIWDNM TWLQWDKEIS NYTQIIYGLL EESQNQQEKN EQDLLALD

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

20396


詳細: Low pass filtered to 40 angstroms.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: Additional Map 1 - 6101 Particles Additional Map 2 - 5288 Particles
使用した粒子像数: 3586
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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