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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43893
タイトルStructure of the auto-fluorescent membrane-bound red body organelle from Nannochloropsis oceanica in situ
マップデータTomographic reconstruction of a cryo-lamella through a Nannochloropsis oceanica cell showing a red body within its cellular context.
試料
  • 細胞: Nannochloropsis oceanica CCMP1779
キーワードOrganelle / Algae / Intracellular Transport / Carotenoid / LIPID TRANSPORT
生物種Nannochloropsis oceanica (真核生物)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Grob P / Danielle J / Gee CW
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE 1106400 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Implicating the red body of Nannochloropsis in forming the recalcitrant cell wall polymer algaenan.
著者: Christopher W Gee / Johan Andersen-Ranberg / Ethan Boynton / Rachel Z Rosen / Danielle Jorgens / Patricia Grob / Hoi-Ying N Holman / Krishna K Niyogi /
要旨: Stramenopile algae contribute significantly to global primary productivity, and one class, Eustigmatophyceae, is increasingly studied for applications in high-value lipid production. Yet much about ...Stramenopile algae contribute significantly to global primary productivity, and one class, Eustigmatophyceae, is increasingly studied for applications in high-value lipid production. Yet much about their basic biology remains unknown, including the nature of an enigmatic, pigmented globule found in vegetative cells. Here, we present an in-depth examination of this "red body," focusing on Nannochloropsis oceanica. During the cell cycle, the red body forms adjacent to the plastid, but unexpectedly it is secreted and released with the autosporangial wall following cell division. Shed red bodies contain antioxidant ketocarotenoids, and overexpression of a beta-carotene ketolase results in enlarged red bodies. Infrared spectroscopy indicates long-chain, aliphatic lipids in shed red bodies and cell walls, and UHPLC-HRMS detects a C32 alkyl diol, a potential precursor of algaenan, a recalcitrant cell wall polymer. We propose that the red body transports algaenan precursors from plastid to apoplast to be incorporated into daughter cell walls.
履歴
登録2024年2月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年8月7日-
現状2024年8月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43893.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43893.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 558.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomographic reconstruction of a cryo-lamella through a Nannochloropsis oceanica cell showing a red body within its cellular context.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
22.13 Å/pix.
x 190 pix.
= 4204.7 Å		22.13 Å/pix.
x 809 pix.
= 17903.17 Å		22.13 Å/pix.
x 953 pix.
= 21089.889 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 22.13 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.35291177 - 0.42991072
平均 (標準偏差)0.022530546 (±0.046284698)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin53947-77
サイズ809953190
Spacing953809190
セルA: 21089.889 Å / B: 17903.17 Å / C: 4204.6997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nannochloropsis oceanica CCMP1779

全体名称: Nannochloropsis oceanica CCMP1779
要素
  • 細胞: Nannochloropsis oceanica CCMP1779

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超分子 #1: Nannochloropsis oceanica CCMP1779

超分子名称: Nannochloropsis oceanica CCMP1779 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Tomographic reconstruction of a red body organelle from Nannochloropsis oceanica in situ
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica (真核生物) / 株: CCMP1779

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 8.1
構成要素:
濃度式名称
2.0 mMNaH4Clammonium chloride
0.083 mMNaH2PO4monosodium phosphate
10.0 mMTRIS-HClTRIS hydrochloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.027 kPa / 詳細: the grid was soaked in chloroform before use
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotted manually from opposite side of the grid.
詳細Nannochloropsis oceanica CCMP1779 cells were grown in artificial seawater and f-media enrichment entrained to a 12-12 light-dark photoperiod and sampled in mid-log phase (~1x10^7 cells/ml), shortly after subjective dark when cells are undergoing division.
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.037 / 集束イオンビーム - 時間: 600 / 集束イオンビーム - 温度: 123 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 380
集束イオンビーム - 詳細: Grids were transfered to a Leica Ace 900 (Leica Microsystems) for coating with 5nm of platinum prior to being transferred to the Zeiss Crossbeam 540 (Zeiss, Germany) ...集束イオンビーム - 詳細: Grids were transfered to a Leica Ace 900 (Leica Microsystems) for coating with 5nm of platinum prior to being transferred to the Zeiss Crossbeam 540 (Zeiss, Germany). The Zeiss Crossbeam 540 operated with a Leica CryoStage (Leica Microsystems, GmbH) cooled to -150 deg. C was used for milling and imaging of the frozen cells. To create lamellae used for cryo-tomography, milling was performed with a gallium ion source at an energy of 37 pA and a working distance of 5mm. Imaging of the grid and milled lamellae was done using an Everhart-Thornley detector at 2.0 kV.. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Zeiss Crossbeam 540. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 35 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
詳細: images were collected in movie mode and super resolution
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 15000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細the movie frames were aligned with MotionCor2 and binned to normal resolution
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11.24) / ソフトウェア - 詳細: Etomo / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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