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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43824 | |||||||||
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タイトル | Tau(291-407)-4E QHF | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Tau / amyloid fibrils / PHF / QHF / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å | |||||||||
データ登録者 | El Mammeri N / Duan P / Hong M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of QHF Tau(297-407)-4E. 著者: El Mammeri N / Duan P / Hong M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43824.map.gz | 12.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43824-v30.xml emd-43824.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_43824.png | 68.7 KB | ||
マスクデータ | emd_43824_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-43824.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_43824_additional_1.map.gz emd_43824_half_map_1.map.gz emd_43824_half_map_2.map.gz | 171.6 MB 171.6 MB 171.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43824 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43824 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43824_validation.pdf.gz | 952.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43824_full_validation.pdf.gz | 952 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43824_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43824_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43824 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43824 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43824.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_43824_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_43824_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43824_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43824_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tau(297-407_-4E
全体 | 名称: Tau(297-407_-4E |
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要素 |
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-超分子 #1: Tau(297-407_-4E
超分子 | 名称: Tau(297-407_-4E / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: tau construct with phospho-mimetic mutations |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.033 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.4 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 179.62 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 23575 |
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初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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