EMDB-43824: Tau(291-407)-4E QHF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-43824

タイトル

Tau(291-407)-4E QHF

マップデータ

試料

細胞: Tau(297-407_-4E

キーワード

Tau / amyloid fibrils / PHF / QHF / STRUCTURAL PROTEIN

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å

データ登録者

El Mammeri N / Duan P / Hong M

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of QHF Tau(297-407)-4E.
著者: El Mammeri N / Duan P / Hong M

履歴

登録	2024年2月26日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年6月5日	-
マップ公開	2024年6月5日	-
更新	2024年6月5日	-
現状	2024年6月5日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_43824.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_43824.map.gz	12.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-43824-v30.xml emd-43824.xml	13.7 KB 13.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_43824.png	68.7 KB
マスクデータ	emd_43824_msk_1.map	216 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-43824.cif.gz	3.9 KB
その他	emd_43824_additional_1.map.gz emd_43824_half_map_1.map.gz emd_43824_half_map_2.map.gz	171.6 MB 171.6 MB 171.5 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43824 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43824	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_43824_validation.pdf.gz	952.4 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_43824_full_validation.pdf.gz	952 KB	表示
XML形式データ	emd_43824_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	emd_43824_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43824 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43824	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bbl 9bbm

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_43824.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.06 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.003
最小 - 最大	-0.0059414953 - 0.012619701
平均 (標準偏差)	0.00005910736 (±0.0004977689)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_43824_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイル

emd_43824_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_43824_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_43824_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Tau(297-407_-4E

全体	名称: Tau(297-407_-4E
要素	細胞: Tau(297-407_-4E

-
超分子 #1: Tau(297-407_-4E

超分子	名称: Tau(297-407_-4E / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: tau construct with phospho-mimetic mutations
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	らせん対称体再構成法
試料の集合状態	filament

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
グリッド	モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.033 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.4 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 179.62 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C₁ (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 23575
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

精密化	プロトコル: AB INITIO MODEL

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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-超分子 #1: Tau(297-407_-4E

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