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万見
- EMDB-43796: Structure of the guideless DtCmr Type III CRISPR complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43796
タイトルStructure of the guideless DtCmr Type III CRISPR complex
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Guideless type III CRISPR complex from Dissulfurispira thermophila
    • タンパク質・ペプチド: CSD domain-containing protein Cmr6
    • タンパク質・ペプチド: Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2
    • タンパク質・ペプチド: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5
    • タンパク質・ペプチド: Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3
  • リガンド: ZINC ION
キーワードCRISPR / complex / guideless / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / nucleic acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1793 / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / AF1862-like domain superfamily / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal ...CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1793 / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / AF1862-like domain superfamily / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / : / Cas10/Cmr2, second palm domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3 / CSD domain-containing protein / CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5 / Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4 / Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2
類似検索 - 構成要素
生物種Dissulfurispira thermophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Burman N / Henriques WH / Pandey S / Wiedenheft B
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM134867-01 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
履歴
登録2024年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43796.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 73.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.13 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.0028607463 - 2.0755112
平均 (標準偏差)0.002465624 (±0.037203223)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ268268268
Spacing268268268
セルA=B=C: 302.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Guideless type III CRISPR complex from Dissulfurispira thermophila

全体名称: Guideless type III CRISPR complex from Dissulfurispira thermophila
要素
  • 複合体: Guideless type III CRISPR complex from Dissulfurispira thermophila
    • タンパク質・ペプチド: CSD domain-containing protein Cmr6
    • タンパク質・ペプチド: Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2
    • タンパク質・ペプチド: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5
    • タンパク質・ペプチド: Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Guideless type III CRISPR complex from Dissulfurispira thermophila

超分子名称: Guideless type III CRISPR complex from Dissulfurispira thermophila
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Dissulfurispira thermophila (バクテリア) / 株: T55J

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分子 #1: CSD domain-containing protein Cmr6

分子名称: CSD domain-containing protein Cmr6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dissulfurispira thermophila (バクテリア) / 株: T55J
分子量理論値: 42.396605 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MSEKGKIKTF KKAKGFGFIK YSGGEIFFHI NDVIASDSDK IKEGIDVEFE IGKGKEGKPA AKKIKVKSLY RQQNIPINDD ISGINYFLP KDTYAAVKPE QIDNFNLLLN KIPYFDGKKF NFYKKDKKRN EILNLARRFN YNASFIKRLS ERHKNSISQL L GSGSITST ...文字列:
MSEKGKIKTF KKAKGFGFIK YSGGEIFFHI NDVIASDSDK IKEGIDVEFE IGKGKEGKPA AKKIKVKSLY RQQNIPINDD ISGINYFLP KDTYAAVKPE QIDNFNLLLN KIPYFDGKKF NFYKKDKKRN EILNLARRFN YNASFIKRLS ERHKNSISQL L GSGSITST TLSPDWRFII GIGNESVYET SITLHHIYGI PYIPGQAVKG VVRSWIITEV FGQDEKKALK DALFCHIFGS PK ESAIGEH QGSVIFFDAL PITLPQLEVD VMNPHYGDYY QGKEKSNKPV PPADYLNPNP IPFLTVGKDT KFEFTVGMKK LKQ AREVLK NGSSRLISEC EGLTAEKNLH EIAISWLKKA LTEHGIGAKT AVGYGYFEKT

UniProtKB: CSD domain-containing protein

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分子 #2: Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2

分子名称: Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dissulfurispira thermophila (バクテリア) / 株: T55J
分子量理論値: 70.288859 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHLE VLFQGPMENK FLFLFTITPV QSFINQARKA QDLYAGSFML SHFSKAAANK LKMEFDCEII FPDIANNSIP NRFAAVVNV NENEAQAVGD SLQKAVEAEI KRIGDSVING LKINKPNGFD EQLSSYFTVS YLFVPYNEDD YKQCYSELES L MGAIKSVR ...文字列:
MGHHHHHHLE VLFQGPMENK FLFLFTITPV QSFINQARKA QDLYAGSFML SHFSKAAANK LKMEFDCEII FPDIANNSIP NRFAAVVNV NENEAQAVGD SLQKAVEAEI KRIGDSVING LKINKPNGFD EQLSSYFTVS YLFVPYNEDD YKQCYSELES L MGAIKSVR AFSQYPDSER GRKCSICGER NVKFYRMAEN EKDIERIKKL KLFSNDVYAV KNSDYRELGP RYLQAGEGLC GV CFTKRGL DRAGIPEYKA KFPSTSKIAL FDAFKQLREK RGDLGTIIDS DNYEPQGIFA LKNNKNLDDF PELSEMEKKN TRE LYEAME DYKISYSPYY AVMLFDGDSM GEWLSGNKIK DEKLKEFHKE LTKKLGEFAN AVRDTIKEPL GVTVYAGGED FLGF FNIKY LLEGMKHLRN KFNELVNLPL KDFYADNTYN MTFSAGAVIA HIKTPLSEVL NWARKVEQEA KDIDDTKDAF AIAVL KHSG EIEKTVFKWR VNDTYTTDLM SKIVTEINND RLSNTFIKKL NQELIKLLDK DGNYRDDNII KAEIKRLLMR SFMKTK DED EDAFKKRKAE TAKELQLHNL LIHSNGVRNF LNFLNITDFI ARQAKGGAA

UniProtKB: Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2

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分子 #3: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4

分子名称: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dissulfurispira thermophila (バクテリア) / 株: T55J
分子量理論値: 34.96666 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MFKKARPFFI ICETPLHCGS GNDIGNVDLP IQRERHTDFP KIEASSLKGG IREAFEEADK DIKVGSLTIN ISDKSTISLA FGPEQGSDH AGALGFTDAR ILLFPVKSMK GVFAWVTCPQ VLERFKSDLN LCGVNLGFEM PQANTAPKDC SLFINGNKIV L EEYTFEIA ...文字列:
MFKKARPFFI ICETPLHCGS GNDIGNVDLP IQRERHTDFP KIEASSLKGG IREAFEEADK DIKVGSLTIN ISDKSTISLA FGPEQGSDH AGALGFTDAR ILLFPVKSMK GVFAWVTCPQ VLERFKSDLN LCGVNLGFEM PQANTAPKDC SLFINGNKIV L EEYTFEIA RDRDESGNCT SLANWLSENL FLANSGIQFW KEKIKKDIVV ISDDEFRDFV TLSTEVITRT KINNETGTVQ SG ALFTEEY LPTDTVLYSL ALTTPVFKEK DEEKGIFKQD SANEEDMVME FFTTGLPEII QLGGNATIGK GIARVKIL

UniProtKB: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4

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分子 #4: CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5

分子名称: CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dissulfurispira thermophila (バクテリア) / 株: T55J
分子量理論値: 15.953378 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MTDNNLTIQK SIERQRAAFA YKCAEAGKSI TKSKEYKAYV KNIPMLIKTN GIGATFAFVK AKSEADVDKS GYAYKLIYEQ TTEWLKQEP KGLIYEKLNN TDMVKALVEL DSDKYRAVTN EVLALFVWLK RFAEGLIEGE K

UniProtKB: CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5

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分子 #5: Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3

分子名称: Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dissulfurispira thermophila (バクテリア) / 株: T55J
分子量理論値: 40.201371 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MKRITINALD VLFLRDGKPF TMGSDTWGSG ISLPYPSMIY GVLRSLYFSH NISMLKHAAP IDELNHNDPT RNLKIKGIYL KRASDLLFP VPMDCVVLKN SRDEKLIPLM PVKAQCISNC KTSAVLRPEK GEQIESAEDG WIDKAAMEEY LNGIYENMSY S KLSDFVLS ...文字列:
MKRITINALD VLFLRDGKPF TMGSDTWGSG ISLPYPSMIY GVLRSLYFSH NISMLKHAAP IDELNHNDPT RNLKIKGIYL KRASDLLFP VPMDCVVLKN SRDEKLIPLM PVKAQCISNC KTSAVLRPEK GEQIESAEDG WIDKAAMEEY LNGIYENMSY S KLSDFVLS EAKIGIARNN KTHIAEDSML YRVGMKRLKD TTIVVDIDGL EIPDAGIIKI GGEGRPASFK AIDIDETSIL QP AINSNKI EKIKLYIATP AIFKKGWLPQ TIDDRDLEGE INGIGLKLIT AAIGRPLYVG GFDIKKGPKP MKRAVPAGSV YYF EIHGQY SNEQIINALH DKAISDREQD RQQGFGIAYV GKWE

UniProtKB: Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.13 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMKClPotassium Chloride
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
50.0 mL/LC3H8O3Glycerol
1.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3251401
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF-Correction / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / ソフトウェア - 詳細: Non-Uniform Refinement / 使用した粒子像数: 305242
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / ソフトウェア - 詳細: Ab Initio Reconstruction
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / ソフトウェア - 詳細: Non-Uniform Refinement
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / ソフトウェア - 詳細: Ab Initio Reconstruction

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細
chain_id: A, residue_range: 1-596, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelInitial model generated using Alphafold (purification tag not included)
chain_id: B, residue_range: 1-360, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelInitial model generated using Alphafold
chain_id: C, residue_range: 1-315, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelInitial model generated using Alphafold
chain_id: D, residue_range: 1-315, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelInitial model generated using Alphafold
chain_id: E, residue_range: 1-315, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelInitial model generated using Alphafold
chain_id: F, residue_range: 1-140, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelInitial model generated using Alphafold
chain_id: G, residue_range: 1-140, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelInitial model generated using Alphafold
chain_id: H, residue_range: 75-376, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelInitial model generated using Alphafold (after trimming N-terminal domain)
ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX (ver. 1.6.1)
詳細: Fit in Map command was used to dock individual subunits
詳細Initial local fitting was done using ChimeraX.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9arw:
Structure of the guideless DtCmr Type III CRISPR complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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