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- EMDB-43785: CryoEM structure of BoNT-NTNH-OrfX2 complex from Clostridium botu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43785
タイトルCryoEM structure of BoNT-NTNH-OrfX2 complex from Clostridium botulinum E1, minor class
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of M-PTC/E with OrfX2, minor class
    • タンパク質・ペプチド: Peptidase M27
    • タンパク質・ペプチド: Toxin
    • タンパク質・ペプチド: Botulinum neurotoxin
キーワードBotulinum neurotoxin / Progenitor toxin complex (PTC) / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Botulinum neurotoxin, helical domain / Clostridium P47 protein / Clostridium P-47 protein / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain ...Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Botulinum neurotoxin, helical domain / Clostridium P47 protein / Clostridium P-47 protein / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidase M27 / Toxin / Botulinum neurotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum E1 str. 'BoNT E Beluga' (ボツリヌス菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Gao L
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI139087 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI158503 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI163178 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Botulinum neurotoxins exploit host digestive proteases to boost their oral toxicity via activating OrfXs/P47.
著者: Linfeng Gao / Maria Barbara Nowakowska / Katja Selby / Adina Przykopanski / Baohua Chen / Maren Krüger / François Paul Douillard / Kwok-Ho Lam / Peng Chen / Ting Huang / Nigel Peter Minton ...著者: Linfeng Gao / Maria Barbara Nowakowska / Katja Selby / Adina Przykopanski / Baohua Chen / Maren Krüger / François Paul Douillard / Kwok-Ho Lam / Peng Chen / Ting Huang / Nigel Peter Minton / Martin Bernhard Dorner / Brigitte Gertrud Dorner / Andreas Rummel / Miia Lindström / Rongsheng Jin /
要旨: Botulinum neurotoxins (BoNTs) rank among the most potent toxins and many of them are produced by bacteria carrying the orfX gene cluster that also encodes four nontoxic proteins (OrfX1, OrfX2, OrfX3 ...Botulinum neurotoxins (BoNTs) rank among the most potent toxins and many of them are produced by bacteria carrying the orfX gene cluster that also encodes four nontoxic proteins (OrfX1, OrfX2, OrfX3 and P47). The orfX gene cluster is also found in the genomes of many non-BoNT-producing bacteria, often alongside genes encoding oral insecticidal toxins. However, the functions of these OrfXs and P47 remain elusive. Here, we demonstrate that the combined action of all four components (OrfXs and P47) drastically boosts the oral toxicity of BoNT in mice, following proteolytic activation by digestive proteases that oral toxins regularly confront. In particular, OrfX2 adopts a self-inhibiting state, engaging with BoNT through another clostridial protein, nontoxic non-hemagglutinin (NTNH), only after proteolytic activation. Cryo-electron microscopy studies unveil that two molecules of protease-activated OrfX2 simultaneously associate with NTNH, a binding mode crucial for boosting BoNT oral toxicity. Collectively, these studies offer novel insights into the physiological functions and regulatory mechanisms of OrfXs and P47 of BoNTs, shedding light on the pathogenesis of other bacterial toxins associated with homologous OrfXs and P47.
履歴
登録2024年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43785.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43785.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 512 pix.
= 403.456 Å		0.79 Å/pix.
x 512 pix.
= 403.456 Å		0.79 Å/pix.
x 512 pix.
= 403.456 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.788 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055
最小 - 最大-0.2718674 - 0.5260794
平均 (標準偏差)-0.000010389398 (±0.011883482)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 403.456 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43785_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43785_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of M-PTC/E with OrfX2, minor class

全体名称: Ternary complex of M-PTC/E with OrfX2, minor class
要素
  • 複合体: Ternary complex of M-PTC/E with OrfX2, minor class
    • タンパク質・ペプチド: Peptidase M27
    • タンパク質・ペプチド: Toxin
    • タンパク質・ペプチド: Botulinum neurotoxin

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超分子 #1: Ternary complex of M-PTC/E with OrfX2, minor class

超分子名称: Ternary complex of M-PTC/E with OrfX2, minor class / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3, #1
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum E1 str. 'BoNT E Beluga' (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 346 KDa

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分子 #1: Botulinum neurotoxin

分子名称: Botulinum neurotoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum E1 str. 'BoNT E Beluga' (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 143.587938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPKINSFNYN DPVNDRTILY IKPGGCQEFY KSFNIMKNIW IIPERNVIGT TPQDFHPPTS LKNGDSSYYD PNYLQSDEEK DRFLKIVTK IFNRINNNLS GGILLEELSK ANPYLGNDNT PDNQFHIGDA SAVEIKFSNG SQDILLPNVI IMGAEPDLFE T NSSNISLR ...文字列:
MPKINSFNYN DPVNDRTILY IKPGGCQEFY KSFNIMKNIW IIPERNVIGT TPQDFHPPTS LKNGDSSYYD PNYLQSDEEK DRFLKIVTK IFNRINNNLS GGILLEELSK ANPYLGNDNT PDNQFHIGDA SAVEIKFSNG SQDILLPNVI IMGAEPDLFE T NSSNISLR NNYMPSNHGF GSIAIVTFSP EYSFRFNDNS MNEFIQDPAL TLMAALIASL HGLYGAKGIT TKYTITQKQN PL ITNIRGT NIEEFLTFGG TDLNIITSAQ SNDIYTNLLA DYKKIASKLS KVQVSNPLLN PYKDVFEAKY GLDKDASGIY SVN INKFND IFKKLYSFTE FDLATKFQVK CRQTYIGQYK YFKLSNLLND SIYNISEGYN INNLKVNFRG QNANLNPRII TPIT GRGLV KKIIRFCKNI VSVKGIRKSI CIEINNGELF FVASENSYND DNINTPKEID DTVTSNNNYE NDLDQVILNF NSESA PGLS DEKLNLTIQN DAYIPKYDSN GTSDIEQHDV NELNVFFYLD AQKVPEGENN VNLTSSIDTA LLEQPKIYTF FSSEFI NNV NKPVQAALFV SWIQQVLVDF TTEANQKSTV DKIADISIVV PYIGLALNIG NEAQKGNFKD ALELLGAGIL LEFEPEL LI PTILVFTIKS FLGSSDNKNK VIKAINNALK ERDEKWKEVY SFIVSNWMTK INTQFNKRKE QMYQALQNQV NAIKTIIE S KYNSYTLEEK NELTNKYDIK QIENELNQKV SIAMNNIDRF LTESSISYLM KLINEVKINK LREYDENVKT YLLNYIIQH GSILGESQQE LNSMVTDTLN NSIPFKLSSY TDDKILISYF NKFFKRIKSS SVLNMRYKND KYVDTSGYDS NININGDVYK YPTNKNQFG IYNDKLSEVN ISQNDYIIYD NKYKNFSISF WVRIPNYDNK IVNVNNEYTI INCMRDNNSG WKVSLNHNEI I WTLQDNAG INQKLAFNYG NANGISDYIN KWIFVTITND RLGDSKLYIN GNLIDQKSIL NLGNIHVSDN ILFKIVNCSY TR YIGIRYF NIFDKELDET EIQTLYSNEP NTNILKDFWG NYLLYDKEYY LLNVLKPNNF IDRRKDSTLS INNIRSTILL ANR LYSGIK VKIQRVNNSS TNDNLVRKND QVYINFVASK THLFPLYADT ATTNKEKTIK ISSSGNRFNQ VVVMNSVGNN CTMN FKNNN GNNIGLLGFK ADTVVASTWY YTHMRDHTNS NGCFWNFISE EHGWQEK

UniProtKB: Botulinum neurotoxin

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分子 #2: Peptidase M27

分子名称: Peptidase M27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum E1 str. 'BoNT E Beluga' (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 136.967375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKINGNLNID SPVDNKNVAI VRSRKSDVFF KAFQVAPNIW IVPERYYGES LKINEDQKFD GGIYDSNFLS TNNEKDDFLQ ATIKLLQRI NNNVVGAKLL SLISTAIPFP YENNTEDYRQ TNYLSSKNNE HYYTANLVIF GPGSNIIKNN VIYYKKEYAE S GMGTMLEI ...文字列:
MKINGNLNID SPVDNKNVAI VRSRKSDVFF KAFQVAPNIW IVPERYYGES LKINEDQKFD GGIYDSNFLS TNNEKDDFLQ ATIKLLQRI NNNVVGAKLL SLISTAIPFP YENNTEDYRQ TNYLSSKNNE HYYTANLVIF GPGSNIIKNN VIYYKKEYAE S GMGTMLEI WFQPFLTHKY DEFYVDPALE LIKCLIKSLY YLYGIKPNDN LNIPYRLRNE FNSLEYSELD MIDFLISGGI DY KLLNTNP YWFIDKYFID TSKNFEKYKN DYEIKIKNNN YIANSIKLYL EQKFKINVKD IWELNLSYFS KEFQIMMPER YNN ALNHYY RKEYYVIDYF KNYNINGFKN GQIKTKLPLS KYNKEIINKP ELIVNLINQN NTVLMKSNIY GDGLKGTVDN FYSN YIIPY NLNYEHSINY SYLDNVNIEE IEKIPPINDE DIYPYRKNAD TFIPVYNITK AKEINTTTPL PVNYLQAQMI DSNDI NLSS DFLKVISSKG SLVYSFLNNT MDYLEFIKYD KPIDTDKKYY KWLKAIFRNY SLDITETQEI SNQFGDTKII PWIGRA LNI LNTNNSFVEE FKNLGPISLI NKKENITIPK IKIDEIPSSM LNFSFKDLSE NLFNIYCKNN FYLKKIYYNF LDQWWTQ YY SQYFDLICMA SKSVLAQEKL IKKLIQKQLR YLMENSNISS TNLILINLTT TNTLRDISNQ SQIAINNIDK FFNNAAMC V FENNIYPKFT SFMEQCIKNI NKSTKEFILK CTNINETEKS HLIMQNSFSN LDFDFLDIQN MKNLFNSYTE LLIKEQTSP YELSLYAFQE QDNNVIGDTS GKNTLVEYPK DIGLVYGINN NAIHLTGANQ NIKFTNDYFE NGLTNNFSIY FWLRNLKQNT IKSKLIGSK EDNCGWEIYF ENDGLVFNII DSNGNEKNIY LSNISNNSWH YIVISINRLK DQLLIFIDNI LVANEDIKEI L NIYSSDII SLLSDNNNVY IEGLSVLNKT INSNEILTDY FSDLNNSYIR NFDEEILQYN RTYELFNYVF PEIAINKIEQ NN NIYLSIN NENNLNFKPL KFKLLNTNPN KQYVQKWDEV IFSVLDGTEK YLDISTTNNR IQLVDNKNNA QIFIINNDIF ISN CLTLTY NNVNIYLSIK NQDYNWVICD LNHDIPKKSY LWILKNI

UniProtKB: Peptidase M27

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分子 #3: Toxin

分子名称: Toxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum E1 str. 'BoNT E Beluga' (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 84.690398 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTNLKPYIIY DWKETILKNS KDNYSINESI PKIFSKKICG GRFFNSTLSG NWKSWTLTDE GEGPHPVLKC TIDNGYLEIY SNTSSEKHS LKDIEIKVCM SIKPNSDGTH SLCKNSFYIK TNSLKLSEDR LILSHCLDKL ILAWFKDNHK YIELFINRSR I QTRVEGDL ...文字列:
MTNLKPYIIY DWKETILKNS KDNYSINESI PKIFSKKICG GRFFNSTLSG NWKSWTLTDE GEGPHPVLKC TIDNGYLEIY SNTSSEKHS LKDIEIKVCM SIKPNSDGTH SLCKNSFYIK TNSLKLSEDR LILSHCLDKL ILAWFKDNHK YIELFINRSR I QTRVEGDL SLLGWDIESS VSYKTMNEFI KKDNLYEKKF HQYMEVRRNE YTIDGEFGPW QMTTGADGQN IRFLCPIKSA TY KINDDVY IAKPDNFIII QVDLKYFDSK TTIIDPSGLN NGQQFNLKVK TDSTDEINAV ILVGSRITDV NEDLYPGDDV SLE IVFKTW FNANIQKFTQ IFSYILLNET SKIPEYQWLK PTQISYGSAS VTMPDPSNPN KELSNLDAST FAAMAMVENH KNDR PNHAV DNRFLELSKT PAAFAISMPE FLKHFLVTGL QAMQIDNLDA FEVSSENLVI TNKKKINFGK IQDQNRQVDA LIEPN NFKL AIQNNQVVVE IVDATWQQVV GVTGHFGYRQ AYNLILKNEN NVYKPMLEES GDVTISYMVT EEAWKTTQDA IISATV GLV VGTIIGTAFS KLSDKLYKFL KSKFIVKNKK ASLKISGKDI NEVIEMSDIS KPQLLSIKKA NAKISTEEVG LISQNGS TS LENLAIFKNK PRPIGERVQI LGLKLVSGLI TTFGWSIGFV LPDILKDVIN ANINNNFEVL PGIQQFTQQC IGSIQWPD N SELKIDFAKL QGVYLLGGNL VKIPESN

UniProtKB: Toxin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度式名称
0.2 MMESMES
0.1 MNaClsodium chloride
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 61340
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9ark:
CryoEM structure of BoNT-NTNH-OrfX2 complex from Clostridium botulinum E1, minor class

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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