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- EMDB-43735: Structure of a LGR dimer from Caenorhabditis elegans in apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43735
タイトルStructure of a LGR dimer from Caenorhabditis elegans in apo state
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: CeLGR
    • タンパク質・ペプチド: G-protein coupled receptors family 1 profile domain-containing protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードglycoprotein hormones / glycoprotein hormone receptors / leucine-rich-repeat-containing GPCRs (LGRs) / Caenorhabditis elegans / dimer / cryo-EM. / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-hormone receptor activity / G protein-coupled receptor activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoprotein hormone receptor family / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
G-protein coupled receptors family 1 profile domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Gong Z / Hendrickson WA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH P41 GM116799 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure of an LGR dimer, an evolutionary predecessor of glycoprotein hormone receptors.
著者: Zhen Gong / Shuobing Chen / Ziao Fu / Brian Kloss / Chi Wang / Jonathan Kim / Oliver B Clarke / Qing R Fan / Wayne A Hendrickson /
要旨: Glycoprotein hormones (GpHs) produced in the human pituitary act through receptors (GpHRs) in the gonads to support reproduction and in the thyroid for metabolism. GpHs are heterodimeric cystine-knot ...Glycoprotein hormones (GpHs) produced in the human pituitary act through receptors (GpHRs) in the gonads to support reproduction and in the thyroid for metabolism. GpHs are heterodimeric cystine-knot proteins; their receptors bind cognate hormones at an extracellular domain and signal through a transmembrane domain to heterotrimeric G proteins. GpHs and GpHRs have co-evolved from invertebrate counterparts. Structures of the human receptors as isolated for cryogenic electron microscopy (cryo-EM) are all monomeric despite compelling evidence for their functioning as dimers. Here we characterize the homologous receptor from Caenorhabditis elegans. Its biochemical properties are notably similar to those of the thyroid stimulating hormone receptor (TSHR) of humans. Structurally, it is an asymmetric dimer (protomers screw-transformed by 142°/4.1 Å), composed such that only one hormone could bind. This is compatible with the 1:2 asymmetry of negatively cooperative TSH:TSHR complexes and for the transactivation evident from functional complementation of binding-deficient and signaling-deficient GpHRs. By modeling, a symmetrized dimer can bind two hormones as in the 2:2 complexes that support TSHR switches in G-protein usage.
履歴
登録2024年2月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2026年1月14日-
現状2026年1月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43735.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43735.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0018056176 - 2.2186606
平均 (標準偏差)0.00092338765 (±0.022028051)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43735_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43735_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CeLGR

全体名称: CeLGR
要素
  • 細胞器官・細胞要素: CeLGR
    • タンパク質・ペプチド: G-protein coupled receptors family 1 profile domain-containing protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: CeLGR

超分子名称: CeLGR / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 79.3 kDa/nm

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分子 #1: G-protein coupled receptors family 1 profile domain-containing protein

分子名称: G-protein coupled receptors family 1 profile domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 79.362734 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDKQN ALSLAQTKHS CMALKAEDGE GCTCKQTKRY GQPECCCMGL IVSQLPTNLT ADVGYLYLHN TSISVITPNF FDKFPSIRE LEIDNSAHLE HIDGSSLSVL SKLRKLSVVK CPNLREISGK LLVNNTRIQN VILKNNGLAT MPSLRMTDAH H VLLDRIDL ...文字列:
DYKDDDDKQN ALSLAQTKHS CMALKAEDGE GCTCKQTKRY GQPECCCMGL IVSQLPTNLT ADVGYLYLHN TSISVITPNF FDKFPSIRE LEIDNSAHLE HIDGSSLSVL SKLRKLSVVK CPNLREISGK LLVNNTRIQN VILKNNGLAT MPSLRMTDAH H VLLDRIDL SGNKIKFISD SKVRNVKART VVLSENKLIE ISGYAFTESQ FLKLKLNNNP DLRSLSVDAF KNMAGLQTLD LS HTSIDTL PINGLKKLKT LILNDVPTLK SLPSVLSFTD LETAHFTYPH HCCLFKYVDD VTMNDNGKYQ RNAKEIHKRI CDK REQQKV ARRRKRETSG IDFLDMLLKE WTDNSTYTGP DDADDDELPP FVEIGAEPCQ SIGEEVQKYY SNITCYPQPD ALNP CENIV GYPFLRIAVW VVCLAAIVGN IIVWALLGIV YEKRMRMHYL YMINMSVADM VTGIYLAVLA IADAKMSDEY YRHAV WWQT GWGCRAAGFL AVFASELGII SMFLIAFEMS YNTRQSFRGR RLSPKVGVLL MIGGWLFAII MAILPWFDVS SYSESS VCL PLRAATIFDK SYLIFGLSFN FLAFAAMALS YGFIVKMLKE NETREEDRAL ITKMTVLVVT DLICWFPTLF FGFTATI GF PLLSLSSAKF VLVFFFPINA FANPFLYVFF TEVIQHRVRS KTLPVIRRAA ADYKDDDDK

UniProtKB: G-protein coupled receptors family 1 profile domain-containing protein

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 71.01 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 72220
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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