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- EMDB-43729: Structure of Selenomonas sp. Cascade (SsCascade) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43729
タイトルStructure of Selenomonas sp. Cascade (SsCascade)
マップデータ
試料
  • 複合体: Target DNA-bound SsCascade
    • タンパク質・ペプチド: Cas7
    • タンパク質・ペプチド: Cas8
    • タンパク質・ペプチド: Cas5
    • タンパク質・ペプチド: Cas6
    • DNA: Non-target strand DNA
    • RNA: crRNA
    • DNA: Target strand DNA
キーワードCRISPR-Cas / Genome engineering / RNA-guided DNA endonuclease / Non-coding RNA / HNH nuclease / IMMUNE SYSTEM
生物種Selenomonas sp. (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hirano S / Zhang F
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)5R01HG009761-07 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural determinants of precise DNA cleavage by a CRISPR HNH-Cascade system
著者: Hirano S / Altae-Tran H / Kannan S / Macrae RK / Zhang F
履歴
登録2024年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月7日-
マップ公開2024年8月7日-
更新2024年8月7日-
現状2024年8月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43729.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43729.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.202 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.32
最小 - 最大-1.3123261 - 2.2865336
平均 (標準偏差)0.0017494666 (±0.06191979)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 317.328 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43729_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43729_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Target DNA-bound SsCascade

全体名称: Target DNA-bound SsCascade
要素
  • 複合体: Target DNA-bound SsCascade
    • タンパク質・ペプチド: Cas7
    • タンパク質・ペプチド: Cas8
    • タンパク質・ペプチド: Cas5
    • タンパク質・ペプチド: Cas6
    • DNA: Non-target strand DNA
    • RNA: crRNA
    • DNA: Target strand DNA

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超分子 #1: Target DNA-bound SsCascade

超分子名称: Target DNA-bound SsCascade / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Selenomonas sp. (バクテリア)

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分子 #1: Cas7

分子名称: Cas7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Selenomonas sp. (バクテリア)
分子量理論値: 38.700172 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAANKKATNV TLKSRPENLS FARCLNTTEA KFWQTDFLKR HTFKLPLLIT DKAVLASKGH EMPPDKLEKE IMDPNPQKSQ SCTLSTECD TLRIDFGIKV LPVKESMYSC SDYNYRTAIY QKIDEYIAED GFLTLAKRYV NNIANARFLW RNRKGAEIIE T IVTIEDKE ...文字列:
MAANKKATNV TLKSRPENLS FARCLNTTEA KFWQTDFLKR HTFKLPLLIT DKAVLASKGH EMPPDKLEKE IMDPNPQKSQ SCTLSTECD TLRIDFGIKV LPVKESMYSC SDYNYRTAIY QKIDEYIAED GFLTLAKRYV NNIANARFLW RNRKGAEIIE T IVTIEDKE YPSFNSKSFN LDTFVEDNAT INEIAQQIAD TFAGKREYLN IYVTCFVKIG CAMEVYPSQE MTFDDDDKGK KL FKFEGSA GMHSQKINNA LRTIDTWYPD YTTYEFPIPV ENYGAARSIG IPFRPDTKSF YKLIDRMILK NEDLPIEDKH YVM AILIRG GMFSKKQEK

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分子 #2: Cas8

分子名称: Cas8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: This protein is histidine tagged at N-terminal region from residues 1 to 41. Residues 42 to 385 are derived from natural Cas8 protein sequences.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Selenomonas sp. (バクテリア)
分子量理論値: 43.706289 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLRSKHHHHS GHHHTGHHHH SGSHHHTGGS GENLYFQGSG GLRNKILAAI SQKIPEEQKI NKYIEGLFQS IDKNHLATHV AKFTETNSP GNIGAYDILS SDMNCGYLDT ANAGWKEPDI VTNDAKYKRP QGFVAMEMSD GRTVMEHLQE DSAELRHEME E LTDKYDEI ...文字列:
MLRSKHHHHS GHHHTGHHHH SGSHHHTGGS GENLYFQGSG GLRNKILAAI SQKIPEEQKI NKYIEGLFQS IDKNHLATHV AKFTETNSP GNIGAYDILS SDMNCGYLDT ANAGWKEPDI VTNDAKYKRP QGFVAMEMSD GRTVMEHLQE DSAELRHEME E LTDKYDEI RDGILNMPSM QPYRTNQFIK QVFFPVGGSY HLLSILPSTV LNYEVSDRLY RSKIPKIRLR LLSSNAASTT GS RLVSKNK WPLVFQALPP KFLEKNLAKA LDKEYLLPDI NIDELEGVDN GCLIDEALLP LIIDEGKRKG EGNYRPRHLR DER KEETVQ AFLDKYGYCN IPVGYEVHHI VPLSQGGADS IKNMIMLSIE HHERVTEAHA SYFKWRNT

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分子 #3: Cas5

分子名称: Cas5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Selenomonas sp. (バクテリア)
分子量理論値: 28.703135 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MMKGYILLEK VNIENANAFN NIIVGIPAIT SFLGFARALE RKLNAKEIAI RINGVGLEFH EYELKGYKNK RGQYVTSCPL PGSIPGQNE KKLDAHIMNQ AYIDLNMSFL LEVEGPHVDM STCKSIKSTM ETLRIAGGII RNYKKIRLID TLADIPYGYF L TLRQDNLN ...文字列:
MMKGYILLEK VNIENANAFN NIIVGIPAIT SFLGFARALE RKLNAKEIAI RINGVGLEFH EYELKGYKNK RGQYVTSCPL PGSIPGQNE KKLDAHIMNQ AYIDLNMSFL LEVEGPHVDM STCKSIKSTM ETLRIAGGII RNYKKIRLID TLADIPYGYF L TLRQDNLN DAAGDDMLDK MIHALQQEDT LVPIAVGFKA LSEVGHVEGQ RDPEKDHCFV ESIFSLGGFE CSKILEDINS CL WRYKTEE GLYLCTII

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分子 #4: Cas6

分子名称: Cas6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Selenomonas sp. (バクテリア)
分子量理論値: 20.735873 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MFSQILIIKP GTGISPNIII SEDIFPVLHS LFVEHDKKFG ITFPAYSFDK KGHLGNIIEV LSEDKEALAS LCLEEHLAEV TDYVKVKKE ITFTDDYVLF KRIREENQYE TTARRMRKRG HTELGRPLEM HIKKKNQQIF CHAYIKVKSA STGQSYNIFL A PTDIKHGS FSAYGLLRGD THA

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分子 #5: Non-target strand DNA

分子名称: Non-target strand DNA / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 20.484176 KDa
配列文字列: (DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DC) (DA)(DC)(DT)(DG)(DT) ...文字列:
(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DC) (DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DT) (DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)

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分子 #7: Target strand DNA

分子名称: Target strand DNA / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 20.20293 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC) (DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT) (DG) (DA)(DC)(DT)(DT)(DC) ...文字列:
(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC) (DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT) (DG) (DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC) (DT)(DG) (DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC)

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分子 #6: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 19.746777 KDa
配列文字列:
UUUAGAAGGA GAAGUCAUUU AAUAAGGCCA CUGUUAAAAA GUGUACCGCC GGAUAGGCGG U

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.05 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 80908
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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