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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of Selenomonas sp. Cascade (SsCascade) | |||||||||
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![]() | CRISPR-Cas / Genome engineering / RNA-guided DNA endonuclease / Non-coding RNA / HNH nuclease / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
![]() | Hirano S / Zhang F | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural determinants of precise DNA cleavage by a CRISPR HNH-Cascade system 著者: Hirano S / Altae-Tran H / Kannan S / Macrae RK / Zhang F | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 66.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.9 KB 18.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 73.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 65.1 MB 65.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1004.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1004.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.202 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43729_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43729_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Target DNA-bound SsCascade
全体 | 名称: Target DNA-bound SsCascade |
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要素 |
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-超分子 #1: Target DNA-bound SsCascade
超分子 | 名称: Target DNA-bound SsCascade / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Cas7
分子 | 名称: Cas7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 38.700172 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAANKKATNV TLKSRPENLS FARCLNTTEA KFWQTDFLKR HTFKLPLLIT DKAVLASKGH EMPPDKLEKE IMDPNPQKSQ SCTLSTECD TLRIDFGIKV LPVKESMYSC SDYNYRTAIY QKIDEYIAED GFLTLAKRYV NNIANARFLW RNRKGAEIIE T IVTIEDKE ...文字列: MAANKKATNV TLKSRPENLS FARCLNTTEA KFWQTDFLKR HTFKLPLLIT DKAVLASKGH EMPPDKLEKE IMDPNPQKSQ SCTLSTECD TLRIDFGIKV LPVKESMYSC SDYNYRTAIY QKIDEYIAED GFLTLAKRYV NNIANARFLW RNRKGAEIIE T IVTIEDKE YPSFNSKSFN LDTFVEDNAT INEIAQQIAD TFAGKREYLN IYVTCFVKIG CAMEVYPSQE MTFDDDDKGK KL FKFEGSA GMHSQKINNA LRTIDTWYPD YTTYEFPIPV ENYGAARSIG IPFRPDTKSF YKLIDRMILK NEDLPIEDKH YVM AILIRG GMFSKKQEK |
-分子 #2: Cas8
分子 | 名称: Cas8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: This protein is histidine tagged at N-terminal region from residues 1 to 41. Residues 42 to 385 are derived from natural Cas8 protein sequences. コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 43.706289 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MLRSKHHHHS GHHHTGHHHH SGSHHHTGGS GENLYFQGSG GLRNKILAAI SQKIPEEQKI NKYIEGLFQS IDKNHLATHV AKFTETNSP GNIGAYDILS SDMNCGYLDT ANAGWKEPDI VTNDAKYKRP QGFVAMEMSD GRTVMEHLQE DSAELRHEME E LTDKYDEI ...文字列: MLRSKHHHHS GHHHTGHHHH SGSHHHTGGS GENLYFQGSG GLRNKILAAI SQKIPEEQKI NKYIEGLFQS IDKNHLATHV AKFTETNSP GNIGAYDILS SDMNCGYLDT ANAGWKEPDI VTNDAKYKRP QGFVAMEMSD GRTVMEHLQE DSAELRHEME E LTDKYDEI RDGILNMPSM QPYRTNQFIK QVFFPVGGSY HLLSILPSTV LNYEVSDRLY RSKIPKIRLR LLSSNAASTT GS RLVSKNK WPLVFQALPP KFLEKNLAKA LDKEYLLPDI NIDELEGVDN GCLIDEALLP LIIDEGKRKG EGNYRPRHLR DER KEETVQ AFLDKYGYCN IPVGYEVHHI VPLSQGGADS IKNMIMLSIE HHERVTEAHA SYFKWRNT |
-分子 #3: Cas5
分子 | 名称: Cas5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.703135 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MMKGYILLEK VNIENANAFN NIIVGIPAIT SFLGFARALE RKLNAKEIAI RINGVGLEFH EYELKGYKNK RGQYVTSCPL PGSIPGQNE KKLDAHIMNQ AYIDLNMSFL LEVEGPHVDM STCKSIKSTM ETLRIAGGII RNYKKIRLID TLADIPYGYF L TLRQDNLN ...文字列: MMKGYILLEK VNIENANAFN NIIVGIPAIT SFLGFARALE RKLNAKEIAI RINGVGLEFH EYELKGYKNK RGQYVTSCPL PGSIPGQNE KKLDAHIMNQ AYIDLNMSFL LEVEGPHVDM STCKSIKSTM ETLRIAGGII RNYKKIRLID TLADIPYGYF L TLRQDNLN DAAGDDMLDK MIHALQQEDT LVPIAVGFKA LSEVGHVEGQ RDPEKDHCFV ESIFSLGGFE CSKILEDINS CL WRYKTEE GLYLCTII |
-分子 #4: Cas6
分子 | 名称: Cas6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 20.735873 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MFSQILIIKP GTGISPNIII SEDIFPVLHS LFVEHDKKFG ITFPAYSFDK KGHLGNIIEV LSEDKEALAS LCLEEHLAEV TDYVKVKKE ITFTDDYVLF KRIREENQYE TTARRMRKRG HTELGRPLEM HIKKKNQQIF CHAYIKVKSA STGQSYNIFL A PTDIKHGS FSAYGLLRGD THA |
-分子 #5: Non-target strand DNA
分子 | 名称: Non-target strand DNA / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 20.484176 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DC) (DA)(DC)(DT)(DG)(DT) ...文字列: (DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DC) (DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DT) (DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC) |
-分子 #7: Target strand DNA
分子 | 名称: Target strand DNA / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 20.20293 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC) (DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT) (DG) (DA)(DC)(DT)(DT)(DC) ...文字列: (DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC) (DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT) (DG) (DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC) (DT)(DG) (DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC) |
-分子 #6: crRNA
分子 | 名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 19.746777 KDa |
配列 | 文字列: UUUAGAAGGA GAAGUCAUUU AAUAAGGCCA CUGUUAAAAA GUGUACCGCC GGAUAGGCGG U |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.05 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |