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万見
- EMDB-43682: PbAbiF dimer bound to ncRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43682
タイトルPbAbiF dimer bound to ncRNA
マップデータSharpened map of PbAbiF (C2 symmetry)
試料
  • 複合体: AbiF RNP
    • タンパク質・ペプチド: Abi family protein
    • RNA: AbiF ncRNA
キーワードtoxin-antitoxin / RNP / RNA-binding protein / HEPN / TOXIN / TOXIN-RNA complex
生物種uncultured Prevotellaceae bacterium (環境試料)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Wilkinson ME / Zilberzwige-Tal S / Altae-Tran H / Zhang F
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01HG009761 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Emergence of a CRISPR RNA-guiding mechanism from a type III toxin-antitoxin system
著者: Zilberzwige-Tal S / Altae-Tran H / Kannan S / Wilkinson ME / Vo SC / Shmakov S / Yao CJ / Strebinger D / Edmonds KK / Mears KS / Makarova KS / Macrae RK / Koonin EV / Zhang F
履歴
登録2024年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年2月12日-
現状2025年2月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43682.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43682.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of PbAbiF (C2 symmetry)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.99 Å/pix.
x 240 pix.
= 238.68 Å		0.99 Å/pix.
x 240 pix.
= 238.68 Å		0.99 Å/pix.
x 240 pix.
= 238.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9945 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.050837386 - 0.09070917
平均 (標準偏差)0.000029140598 (±0.0036831172)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 238.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43682_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: PbAbiF refinement, half-map 1

ファイルemd_43682_half_map_1.map
注釈PbAbiF refinement, half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: PbAbiF refinement, half-map 2

ファイルemd_43682_half_map_2.map
注釈PbAbiF refinement, half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AbiF RNP

全体名称: AbiF RNP
要素
  • 複合体: AbiF RNP
    • タンパク質・ペプチド: Abi family protein
    • RNA: AbiF ncRNA

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超分子 #1: AbiF RNP

超分子名称: AbiF RNP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: uncultured Prevotellaceae bacterium (環境試料)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: Abi family protein

分子名称: Abi family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: uncultured Prevotellaceae bacterium (環境試料)
分子量理論値: 35.008711 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSNRIPFPKP YTSAHDLVSL LQSRGLTIAD TAKTERYLEF IGYYRLSAYM YPLLQMPKEQ HRYKPNTTFD QVMMLYRFDK KLRLLIFNE IEKIEVAVRS AIVNIGSDMI GSPFWMTDGS NFIDPRKFRH TMDLIDAELG RSREDFIVHF KQTYSDAYPP A WILAEVLP ...文字列:
MSNRIPFPKP YTSAHDLVSL LQSRGLTIAD TAKTERYLEF IGYYRLSAYM YPLLQMPKEQ HRYKPNTTFD QVMMLYRFDK KLRLLIFNE IEKIEVAVRS AIVNIGSDMI GSPFWMTDGS NFIDPRKFRH TMDLIDAELG RSREDFIVHF KQTYSDAYPP A WILAEVLP FGVITNIFSN IKTARIKKSI ARKFGLQVAP FESWLTIVAL TRNSCCHHAR VWNKQNTIRP MIPNRMTGRW II LPTDALR IYFNLCIIKY FLDIISPQND MKAKIDALLS SYSSIDINAM GFPRGWESEP LWQ

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分子 #2: AbiF ncRNA

分子名称: AbiF ncRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: uncultured Prevotellaceae bacterium (環境試料)
分子量理論値: 15.954489 KDa
配列文字列:
ACUAGAACCC GCCAAGCCUC UCAACGAUGC UCAAAUGUGC GGGUCGUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
詳細: 10 mM HEPES-KOH pH 7.9, 250 mM potassium acetate, 2.5 mM magnesium acetate, 5 mM beta-mercaptoethanol, 5 mM desthiobiotin
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4272 / 平均露光時間: 0.69 sec. / 平均電子線量: 42.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1142600
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 12790
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 36000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8vz6:
PbAbiF dimer bound to ncRNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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