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- EMDB-43572: Human Cullin-1 in complex with CAND2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43572
タイトルHuman Cullin-1 in complex with CAND2
マップデータ
試料
  • 複合体: CAND2-CUL1
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-1
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 2
キーワードComplex / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


SCF complex assembly / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / cullin-RING ubiquitin ligase complex / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Prolactin receptor signaling / protein monoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination ...SCF complex assembly / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / cullin-RING ubiquitin ligase complex / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Prolactin receptor signaling / protein monoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / TBP-class protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / animal organ morphogenesis / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Iron uptake and transport / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / G1/S transition of mitotic cell cycle / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RUNX2 expression and activity / Cyclin D associated events in G1 / : / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell population proliferation / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TATA-binding protein interacting (TIP20) / Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 1/2 / TATA-binding protein interacting (TIP20) / HEAT-like repeat / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin ...TATA-binding protein interacting (TIP20) / Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 1/2 / TATA-binding protein interacting (TIP20) / HEAT-like repeat / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 2 / Cullin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Kenny S / Liu X / Das C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM138016 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Human CAND2 in complex with Cullin-1
著者: Kenny S / Das C / Liu X
履歴
登録2024年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43572.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43572.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 243.2 Å		0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 243.2 Å		0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 243.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.65
最小 - 最大-4.6326394 - 7.570691
平均 (標準偏差)0.008118684 (±0.17707719)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 243.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43572_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43572_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CAND2-CUL1

全体名称: CAND2-CUL1
要素
  • 複合体: CAND2-CUL1
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-1
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 2

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超分子 #1: CAND2-CUL1

超分子名称: CAND2-CUL1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Cullin-1

分子名称: Cullin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 86.294484 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SKQIGLDQIW DDLRAGIQQV YTRQSMAKSR YMELYTHVYN YCTSVHQFVG LELYKRLKEF LKNYLTNLLK DGEDLMDESV LKFYTQQWE DYRFSSKVLN GICAYLNRHW VRRECDEGRK GIYEIYSLAL VTWRDCLFRP LNKQVTNAVL KLIEKERNGE T INTRLISG ...文字列:
SKQIGLDQIW DDLRAGIQQV YTRQSMAKSR YMELYTHVYN YCTSVHQFVG LELYKRLKEF LKNYLTNLLK DGEDLMDESV LKFYTQQWE DYRFSSKVLN GICAYLNRHW VRRECDEGRK GIYEIYSLAL VTWRDCLFRP LNKQVTNAVL KLIEKERNGE T INTRLISG VVQSYVELGL NEDDAFAKGP TLTVYKESFE SQFLADTERF YTRESTEFLQ QNPVTEYMKK AEARLLEEQR RV QVYLHES TQDELARKCE QVLIEKHLEI FHTEFQNLLD ADKNEDLGRM YNLVSRIQDG LGELKKLLET HIHNQGLAAI EKC GEAALN DPKMYVQTVL DVHKKYNALV MSAFNNDAGF VAALDKACGR FINNNAVTKM AQSSSKSPEL LARYCDSLLK KSSK NPEEA ELEDTLNQVM VVFKYIEDKD VFQKFYAKML AKRLVHQNSA SDDAEASMIS KLKQACGFEY TSKLQRMFQD IGVSK DLNE QFKKHLTNSE PLDLDFSIQV LSSGSWPFQQ SCTFALPSEL ERSYQRFTAF YASRHSGRKL TWLYQLSKGE LVTNCF KNR YTLQASTFQM AILLQYNTED AYTVQQLTDS TQIKMDILAQ VLQILLKSKL LVLEDENANV DEVELKPDTL IKLYLGY KN KKLRVNINVP MKTEQKQEQE TTHKNIEEDR KLLIQAAIVR IMKMRKVLKH QQLLGEVLTQ LSSRFKPRVP VIKKCIDI L IEKEYLERVD GEKDTYSYLA

UniProtKB: Cullin-1

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分子 #2: Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 2

分子名称: Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 136.6695 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SAGWSHPQFE KMSTAAFHIS SLLEKMTSSD KDFRFMATSD LMSELQKDSI QLDEDSERKV VKMLLRLLED KNGEVQNLAV KCLGPLVVK VKEYQVETIV DTLCTNMRSD KEQLRDIAGI GLKTVLSELP PAATGSGLAT NVCRKITGQL TSAIAQQEDV A VQLEALDI ...文字列:
SAGWSHPQFE KMSTAAFHIS SLLEKMTSSD KDFRFMATSD LMSELQKDSI QLDEDSERKV VKMLLRLLED KNGEVQNLAV KCLGPLVVK VKEYQVETIV DTLCTNMRSD KEQLRDIAGI GLKTVLSELP PAATGSGLAT NVCRKITGQL TSAIAQQEDV A VQLEALDI LSDMLSRLGV PLGAFHASLL HCLLPQLSSP RLAVRKRAVG ALGHLAAACS TDLFVELADH LLDRLPGPRV PT SPTAIRT LIQCLGSVGR QAGHRLGAHL DRLVPLVEDF CNLDDDELRE SCLQAFEAFL RKCPKEMGPH VPNVTSLCLQ YIK HDPNYN YDSDEDEEQM ETEDSEFSEQ ESEDEYSDDD DMSWKVRRAA AKCIAALISS RPDLLPDFHC TLAPVLIRRF KERE ENVKA DVFTAYIVLL RQTQPPKGWL EAMEEPTQTG SNLHMLRGQV PLVVKALQRQ LKDRSVRARQ GCFSLLTELA GVLPG SLAE HMPVLVSGII FSLADRSSSS TIRMDALAFL QGLLGTEPAE AFHPHLPILL PPVMACVADS FYKIAAEALV VLQELV RAL WPLHRPRMLD PEPYVGEMSA VTLARLRATD LDQEVKERAI SCMGHLVGHL GDRLGDDLEP TLLLLLDRLR NEITRLP AI KALTLVAVSP LQLDLQPILA EALHILASFL RKNQRALRLA TLAALDALAQ SQGLSLPPSA VQAVLAELPA LVNESDMH V AQLAVDFLAT VTQAQPASLV EVSGPVLSEL LRLLRSPLLP AGVLAAAEGF LQALVGTRPP CVDYAKLISL LTAPVYEQA VDGGPGLHKQ VFHSLARCVA ALSAACPQEA ASTASRLVCD ARSPHSSTGV KVLAFLSLAE VGQVAGPGHQ RELKAVLLEA LGSPSEDVR AAASYALGRV GAGSLPDFLP FLLEQIEAEP RRQYLLLHSL REALGAAQPD SLKPYAEDIW ALLFQRCEGA E EGTRGVVA ECIGKLVLVN PSFLLPRLRK QLAAGRPHTR STVITAVKFL ISDQPHPIDP LLKSFIGEFM ESLQDPDLNV RR ATLAFFN SAVHNKPSLV RDLLDDILPL LYQETKIRRD LIREVEMGPF KHTVDDGLDV RKAAFECMYS LLESCLGQLD ICE FLNHVE DGLKDHYDIR MLTFIMVARL ATLCPAPVLQ RVDRLIEPLR ATCTAKVKAG SVKQEFEKQD ELKRSAMRAV AALL TIPEV GKSPIMADFS SQIRSNPELA ALFESIQKDS ASAPSTDSME LS

UniProtKB: Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5333 / 平均露光時間: 4.56 sec. / 平均電子線量: 1.28 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4562541
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: AlphaFold model of CAND2 and Cul1
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 187280
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-Correlation Coefficient
得られたモデル

PDB-8vvy:
Human Cullin-1 in complex with CAND2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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