EMDB-43554: In vitro reconstituted human chromatin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-43554

タイトル

In vitro reconstituted human chromatin

マップデータ

Tomogram of in vitro reconsituted chromatin

試料

複合体: In vitro reconstituted chromatin from human histones with a 3631 bp DNA sequence derived from the human ATOH1 gene
- 複合体: Histone Octamer

キーワード

Chromatin structure / Polycomb / transcriptional regulation / repressive chromatin modifier / GENE REGULATION

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法

データ登録者

Uckelmann M / Taveneau C / Levina V / Trepout S / de Marco A / Davidovich C

資金援助

オーストラリア, 5件

Organization	Grant number	国
Australian Research Council (ARC)	DE210101669	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP190103407	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	APP1162921	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	APP1184637	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	APP2011767	オーストラリア

引用

ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Dynamic PRC1-CBX8 stabilizes a porous structure of chromatin condensates.
著者: Michael Uckelmann / Vita Levina / Cyntia Taveneau / Xiao Han Ng / Varun Pandey / Jasmine Martinez / Shweta Mendiratta / Justin Houx / Marion Boudes / Hari Venugopal / Sylvain Trépout / Alex ...
要旨: The compaction of chromatin is a prevalent paradigm in gene repression. Chromatin compaction is commonly thought to repress transcription by restricting chromatin accessibility. However, the spatial ...

履歴

登録	2024年1月30日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年2月19日	-
マップ公開	2025年2月19日	-
更新	2025年6月25日	-
現状	2025年6月25日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_43554.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_43554.map.gz	711.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-43554-v30.xml emd-43554.xml	12.6 KB 12.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_43554.png	52 KB
Filedesc metadata	emd-43554.cif.gz	4.5 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43554 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43554	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_43554_validation.pdf.gz	461 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_43554_full_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示
XML形式データ	emd_43554_validation.xml.gz	4.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_43554_validation.cif.gz	5.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43554 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43554	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	29022C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_43554.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 769 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Tomogram of in vitro reconsituted chromatin

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	6.52 Å/pix. x 166 pix. = 1082.32 Å	6.52 Å/pix. x 1186 pix. = 7732.72 Å	6.52 Å/pix. x 1024 pix. = 6676.48 Å
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 6.52 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

最小 - 最大	-96.275925000000001 - 79.844210000000004
平均 (標準偏差)	1.062511 (±4.7556915)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : In vitro reconstituted chromatin from human histones with a 3631 ...

全体	名称: In vitro reconstituted chromatin from human histones with a 3631 bp DNA sequence derived from the human ATOH1 gene
要素	複合体: In vitro reconstituted chromatin from human histones with a 3631 bp DNA sequence derived from the human ATOH1 gene 複合体: Histone Octamer

-
超分子 #1: In vitro reconstituted chromatin from human histones with a 3631 ...

超分子	名称: In vitro reconstituted chromatin from human histones with a 3631 bp DNA sequence derived from the human ATOH1 gene タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #2: Histone Octamer

超分子	名称: Histone Octamer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 詳細: Histone octamer from human histones H2A, H2B, H3, H4
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	3D array

-
試料調製

緩衝液

pH: 7.5
構成要素:

濃度	式	名称
4.17 mM	C₈H₁₈N₂O₄S	HEPES ((4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid))
8.3 mM	C₄H₁₁NO₃	Tris
25.0 mM	NaCl	Sodium Chloride
8.3 mM	KCl	Potassium Chloride
1.0 mM	C₄H₁₀O₂S₂	Dithiothreitol

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

切片作成

その他: NO SECTIONING

位置合わせマーカー

直径: 5 nm

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 41 / 平均電子線量: 3.9 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 53000
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11.15) / 使用した粒子像数: 41
CTF補正	ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11.15) 詳細: CTF correction was done on the final aligned stack. Defocus was estimated using emClarity and CTF correction was done in IMOD using the expected defocus from emClarity. タイプ: PHASE FLIPPING ONLY

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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