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- EMDB-43552: CCHFV GP38 bound with ADI-58062 and ADI-63530 Fabs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43552
タイトルCCHFV GP38 bound with ADI-58062 and ADI-63530 Fabs
マップデータ
試料
  • 複合体: CCHFV GP38 bound with ADI-58062 Fab and ADI-63530 Fab
    • 複合体: ADI-58062 Fab
      • タンパク質・ペプチド: ADI-58062 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: ADI-58062 Fab Light Chain
    • 複合体: ADI-63530 Fab
      • タンパク質・ペプチド: ADI-63530 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: ADI-63530 Fab Light Chain
    • 複合体: CCHFV GP38
      • タンパク質・ペプチド: CCHFV GP38
キーワードCCHFV / GP38 / Antibody / Immunology / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc ...Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å
データ登録者Hjorth CK / McLellan JS
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI152246 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI142777 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Crimean-Congo hemorrhagic fever survivors elicit protective non-neutralizing antibodies that target 11 overlapping regions on glycoprotein GP38.
著者: Olivia S Shin / Stephanie R Monticelli / Christy K Hjorth / Vladlena Hornet / Michael Doyle / Dafna Abelson / Ana I Kuehne / Albert Wang / Russell R Bakken / Akaash K Mishra / Marissa ...著者: Olivia S Shin / Stephanie R Monticelli / Christy K Hjorth / Vladlena Hornet / Michael Doyle / Dafna Abelson / Ana I Kuehne / Albert Wang / Russell R Bakken / Akaash K Mishra / Marissa Middlecamp / Elizabeth Champney / Lauran Stuart / Daniel P Maurer / Jiannan Li / Jacob Berrigan / Jennifer Barajas / Stephen Balinandi / Julius J Lutwama / Leslie Lobel / Larry Zeitlin / Laura M Walker / John M Dye / Kartik Chandran / Andrew S Herbert / Noel T Pauli / Jason S McLellan /
要旨: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus can cause lethal disease in humans yet there are no approved medical countermeasures. Viral glycoprotein GP38, exclusive to Nairoviridae, is a target of ...Crimean-Congo hemorrhagic fever virus can cause lethal disease in humans yet there are no approved medical countermeasures. Viral glycoprotein GP38, exclusive to Nairoviridae, is a target of protective antibodies and is a key antigen in preclinical vaccine candidates. Here, we isolate 188 GP38-specific antibodies from human survivors of infection. Competition experiments show that these antibodies bind across 5 distinct antigenic sites, encompassing 11 overlapping regions. Additionally, we show structures of GP38 bound with 9 of these antibodies targeting different antigenic sites. Although these GP38-specific antibodies are non-neutralizing, several display protective efficacy equal to or better than murine antibody 13G8 in two highly stringent rodent models of infection. Together, these data expand our understanding regarding this important viral protein and may inform the development of broadly effective CCHFV antibody therapeutics.
履歴
登録2024年1月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月24日-
マップ公開2024年7月24日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43552.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43552.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 416 pix.
= 346.611 Å		0.83 Å/pix.
x 416 pix.
= 346.611 Å		0.83 Å/pix.
x 416 pix.
= 346.611 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8332 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.22026746 - 0.3271958
平均 (標準偏差)-0.0003019735 (±0.0081865685)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 346.6112 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43552_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43552_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CCHFV GP38 bound with ADI-58062 Fab and ADI-63530 Fab

全体名称: CCHFV GP38 bound with ADI-58062 Fab and ADI-63530 Fab
要素
  • 複合体: CCHFV GP38 bound with ADI-58062 Fab and ADI-63530 Fab
    • 複合体: ADI-58062 Fab
      • タンパク質・ペプチド: ADI-58062 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: ADI-58062 Fab Light Chain
    • 複合体: ADI-63530 Fab
      • タンパク質・ペプチド: ADI-63530 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: ADI-63530 Fab Light Chain
    • 複合体: CCHFV GP38
      • タンパク質・ペプチド: CCHFV GP38

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超分子 #1: CCHFV GP38 bound with ADI-58062 Fab and ADI-63530 Fab

超分子名称: CCHFV GP38 bound with ADI-58062 Fab and ADI-63530 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

-
超分子 #2: ADI-58062 Fab

超分子名称: ADI-58062 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: ADI-63530 Fab

超分子名称: ADI-63530 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: CCHFV GP38

超分子名称: CCHFV GP38 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
株: IbAr10200

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分子 #1: CCHFV GP38

分子名称: CCHFV GP38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
株: IbAr10200
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NLKMEIILTL SQGLKKYYGK ILRLLQLTLE EDTEGLLEWC KRNLGLDCDD TFFQKRIEEF FITGEGHFNE VLQFRTPGTL STTESTPAGL PTAEPFKSYF AKGFLSIDSG YYSAKCYSGT SNSGLQLINI TRHSTRIVDT PGPKITNLKT INCINLKASI FKEHREVEIN ...文字列:
NLKMEIILTL SQGLKKYYGK ILRLLQLTLE EDTEGLLEWC KRNLGLDCDD TFFQKRIEEF FITGEGHFNE VLQFRTPGTL STTESTPAGL PTAEPFKSYF AKGFLSIDSG YYSAKCYSGT SNSGLQLINI TRHSTRIVDT PGPKITNLKT INCINLKASI FKEHREVEIN VLLPQVAVNL SNCHVVIKSH VCDYSLDIDG AVRLPHIYHE GVFIPGTYKI VIDKKNKLND RCTLFTDCVI KGREVRKGQS VLRQYKTEIR IGKASTGS

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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分子 #2: ADI-58062 Fab Heavy Chain

分子名称: ADI-58062 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG VVRPGGSLRL SCAASGFSFD DYGMSWVRQG PGKGPEWVSG ISWNGGVTGY ADSVKGRFII SRDNAKNSLY LEMNSLRAED TALYYCARDP SYGSENYNAV LDYFDLWGRG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS ...文字列:
EVQLVESGGG VVRPGGSLRL SCAASGFSFD DYGMSWVRQG PGKGPEWVSG ISWNGGVTGY ADSVKGRFII SRDNAKNSLY LEMNSLRAED TALYYCARDP SYGSENYNAV LDYFDLWGRG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC DKG

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分子 #3: ADI-58062 Fab Light Chain

分子名称: ADI-58062 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT MTCRASQSIS SYLHWYQKKS GKAPKLLIYA AASLESGVPS RFSGSVSGTE FTLTISSLQP EDFATYYCQQ SYSSPRTFGP GTKVDIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD ...文字列:
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分子 #4: ADI-63530 Fab Heavy Chain

分子名称: ADI-63530 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
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分子 #5: ADI-63530 Fab Light Chain

分子名称: ADI-63530 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SYVLTQPPSV SVAPGQTARI TCGGNNIGSK SVHWYQQKPG QAPVLVVYDD TDRPSGIPER ISGSTSGNTA TLTISRVEAG DEADYYCQAW DRSNDLQYVF GTGTKVTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA GVETTTPSKQ ...文字列:
SYVLTQPPSV SVAPGQTARI TCGGNNIGSK SVHWYQQKPG QAPVLVVYDD TDRPSGIPER ISGSTSGNTA TLTISRVEAG DEADYYCQAW DRSNDLQYVF GTGTKVTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA GVETTTPSKQ SNNKYAASSY LSLTPEQWKS HRSYSCQVTH EGSTVEKTVA PTECS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2962 / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 176340
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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