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万見
- EMDB-43526: Cryo-EM structure of MPL bound to TPO -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43526
タイトルCryo-EM structure of MPL bound to TPO
マップデータ
試料
  • 複合体: Thrombopoietin bound to thrombopoietin receptor
    • タンパク質・ペプチド: Thrombopoietin
    • タンパク質・ペプチド: Thrombopoietin receptor
キーワードReceptor / cytokine / complex / platelet synthesis / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


thrombopoietin receptor activity / regulation of chemokine production / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / regulation of stem cell division / megakaryocyte differentiation / positive regulation of megakaryocyte differentiation / thrombopoietin-mediated signaling pathway / regulation of stem cell proliferation / myeloid cell differentiation / definitive hemopoiesis ...thrombopoietin receptor activity / regulation of chemokine production / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / regulation of stem cell division / megakaryocyte differentiation / positive regulation of megakaryocyte differentiation / thrombopoietin-mediated signaling pathway / regulation of stem cell proliferation / myeloid cell differentiation / definitive hemopoiesis / platelet formation / homeostasis of number of cells / cytokine activity / hormone activity / positive regulation of protein phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / cell surface / Golgi apparatus / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombopoietin / Erythropoietin/thrombopoietin / Erythropoietin/thrombopoeitin, conserved site / Erythropoietin/thrombopoietin / Erythropoietin / thrombopoeitin signature. / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Four-helical cytokine-like, core ...Thrombopoietin / Erythropoietin/thrombopoietin / Erythropoietin/thrombopoeitin, conserved site / Erythropoietin/thrombopoietin / Erythropoietin / thrombopoeitin signature. / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Thrombopoietin / Thrombopoietin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Bratkowski M / Hao Q / Paddock M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Blood Vessels, Thrombosis & Hemostasis / 年: 2024
タイトル: Structural basis of MPL activation by thrombopoietin
著者: Mafi A / Bratkowski M / Geng J / Brito AA / Sridar J / Hu D / Darcy AT / Nanavati D / Brown NJ / Rathinaswamy MK / Kutskova Y / Eaton D / Hao Q / Paddock M
履歴
登録2024年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43526.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43526.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.08 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.08 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.819 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.112
最小 - 最大-0.9299605 - 1.6195757
平均 (標準偏差)-0.0003228938 (±0.018341277)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 262.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43526_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43526_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43526_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Thrombopoietin bound to thrombopoietin receptor

全体名称: Thrombopoietin bound to thrombopoietin receptor
要素
  • 複合体: Thrombopoietin bound to thrombopoietin receptor
    • タンパク質・ペプチド: Thrombopoietin
    • タンパク質・ペプチド: Thrombopoietin receptor

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超分子 #1: Thrombopoietin bound to thrombopoietin receptor

超分子名称: Thrombopoietin bound to thrombopoietin receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 122 KDa

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分子 #1: Thrombopoietin

分子名称: Thrombopoietin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 18.365381 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SPVAPACDPR LLNKLLRDSH LLHSRLSQCP DVDPLSIPVL LPAVDFSLGE WKTQTEQSKA QDILGAVSLL LEGVMAARGQ LEPSCLSSL LGQLSGQVRL LLGALQGLLG TQLPLQGRTT AHKDPNALFL SLQQLLRGKV RFLLLVEGPT LCVRRTLPTT A VPSENLYF QG

UniProtKB: Thrombopoietin

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分子 #2: Thrombopoietin receptor

分子名称: Thrombopoietin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 52.030488 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QDVFLLALGT EPLNCFSQTF EDLTCFWDEE EAAPSGTYQL LYAYRGEKPR ACPLYSQSVP TFGTRYVCQF PAQDEVRLFF PLHLWVKNV SLNQTLIQRV LFVDSVGLPA PPRVIKARGG SQPGELQIHW EAPAPEISDF LRHELRYGPT DSSNATAPSV I QLLSTETC ...文字列:
QDVFLLALGT EPLNCFSQTF EDLTCFWDEE EAAPSGTYQL LYAYRGEKPR ACPLYSQSVP TFGTRYVCQF PAQDEVRLFF PLHLWVKNV SLNQTLIQRV LFVDSVGLPA PPRVIKARGG SQPGELQIHW EAPAPEISDF LRHELRYGPT DSSNATAPSV I QLLSTETC CPTLWMPNPV PVLDQPPCVH PTASQPHGPA PFLTVKGGSC LVSGLQAGKS YWLQLRSQPD GVSLRGSWGP WS FPVTVDL PGDAVTIGLQ CFTLDLKMVT CQWQQQDRTS SQGFFRHSRT RCCPTDRDPT WEKCEEEEPR PGSQPALVSR CHF KSRNDS VIHILVEVTT AQGAVHSYLG SPFWIHQAVL LPTPSLHWRE VSSGRLELEW QHQSSWAAQE TCYQLRYTGE GRED WKVLE PSLGARGGTL ELRPRARYSL QLRARLNGPT YQGPWSAWSP PARVSTGSET AWENLYFQ

UniProtKB: Thrombopoietin receptor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.18 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 207077
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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