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- EMDB-43512: CryoEM structure of human GABAA receptor pi (GABRP) apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43512
タイトルCryoEM structure of human GABAA receptor pi (GABRP) apo state
マップデータsharpened cryo-EM map of GABRP in SMALP200.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: pentameric GABAA receptor pi subunit (GABRP)
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit pi
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードCryo-EM / GABAA receptor / Channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / GABA-A receptor activity / synaptic transmission, GABAergic / chloride channel complex / chloride transmembrane transport / apical plasma membrane / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric-acid A receptor pi subunit / : / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel ...Gamma-aminobutyric-acid A receptor pi subunit / : / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor subunit pi
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Wang Y / Klein D
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: GABA receptor π forms channels that stimulate ERK through a G-protein-dependent pathway.
著者: Yueyue Wang / Yalan Zhang / Wenxue Li / Barbora Salovska / Jianan Zhang / Tongqing Li / Hengyi Li / Yansheng Liu / Leonard K Kaczmarek / Lajos Pusztai / Daryl E Klein /
要旨: The rare γ-aminobutyric acid type-A receptor (GABAR) subunit π (GABRP) is highly expressed in certain cancers, where it stimulates growth through extracellular-regulated kinase (ERK) signaling by ...The rare γ-aminobutyric acid type-A receptor (GABAR) subunit π (GABRP) is highly expressed in certain cancers, where it stimulates growth through extracellular-regulated kinase (ERK) signaling by an uncharacterized pathway. To elucidate GABRP's signaling mechanism, we determined cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of GABRP embedded in native nanodiscs, both in the presence and absence of GABA. Structurally, GABRP homopentamers closely resemble heteropentameric GABAR anion channels, transitioning from a closed "resting" state to an open "active" state upon GABA binding. However, functional assays reveal that GABRP responds more like a type-B metabotropic receptor. At physiological concentrations of GABA, chloride flux is not detected. Rather, GABRP activates a G-protein-coupled pathway leading to ERK signaling. Ionotropic activity is only triggered at supraphysiological GABA concentrations, effectively decoupling it from GABRP's signaling functions. These findings provide a structural and functional blueprint for GABRP, opening new avenues for targeted inhibition of GABA growth signals in GABRP-positive cancers.
履歴
登録2024年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2026年1月7日-
現状2026年1月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43512.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43512.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened cryo-EM map of GABRP in SMALP200.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.5 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.5 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-1.496026 - 1.9704814
平均 (標準偏差)0.0037579045 (±0.039098646)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 247.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A of GABRP.

ファイルemd_43512_half_map_1.map
注釈Half_map_A of GABRP.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of GABRP.

ファイルemd_43512_half_map_2.map
注釈Half_map_B of GABRP.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : pentameric GABAA receptor pi subunit (GABRP)

全体名称: pentameric GABAA receptor pi subunit (GABRP)
要素
  • 細胞器官・細胞要素: pentameric GABAA receptor pi subunit (GABRP)
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit pi
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: pentameric GABAA receptor pi subunit (GABRP)

超分子名称: pentameric GABAA receptor pi subunit (GABRP) / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit pi

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit pi / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.685934 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNYSLHLAFV CLSLFTERMC IQGSQFNVEV GRSDKLSLPG FENLTAGYNK FLRPNFGGEP VQIALTLDIA SISSISESNM DYTATIYLR QRWMDQRLVF EGNKSFTLDA RLVEFLWVPD TYIVESKKSF LHEVTVGNRL IRLFSNGTVL YALRITTTVA C NMDLSKYP ...文字列:
MNYSLHLAFV CLSLFTERMC IQGSQFNVEV GRSDKLSLPG FENLTAGYNK FLRPNFGGEP VQIALTLDIA SISSISESNM DYTATIYLR QRWMDQRLVF EGNKSFTLDA RLVEFLWVPD TYIVESKKSF LHEVTVGNRL IRLFSNGTVL YALRITTTVA C NMDLSKYP MDTQTCKLQL ESWGYDGNDV EFTWLRGNDS VRGLEHLRLA QYTIERYFTL VTRSQQETGN YTRLVLQFEL RR NVLYFIL ETYVPSTFLV VLSWVSFWIS LDSVPARTCI GVTTVLSMTT LMIGSRTSLP NTNCFIKAID VYLGICFSFV FGA LLEYAV AHYSSLQQMA AKDRGTTKEV EEVSITNIIN SSISSFKRKI SFASIEISSD NVDYSDLTMK TSDKFKFVFR EKMG RIVDY FTIQNPSNVD HYSKLLFPLI FMLANVFYWA YYMYF

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit pi

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65740
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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