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万見
- EMDB-43500: Cryo-electron tomography of wildtype LAF-1 RGG domain protein con... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43500
タイトルCryo-electron tomography of wildtype LAF-1 RGG domain protein condensates with fibrous necks
マップデータCryo-Electron Tomography of wildtype RGG condensates with fibrous necks
試料
  • 複合体: Wildtype LAF-1 RGG condensate
キーワードbiomolecular condensate / phase separation / LLPS / intrinsic disorder / fibers / RNA BINDING PROTEIN
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Jaber N / Dai W / Schuster BS / Patterson JP
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-2011967 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM142903 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-2046180 米国
引用ジャーナル: Nanoscale / 年: 2024
タイトル: Revealing nanoscale structure and interfaces of protein and polymer condensates cryo-electron microscopy.
著者: Aoon Rizvi / Bruna Favetta / Nora Jaber / Yun-Kyung Lee / Jennifer Jiang / Nehal S Idris / Benjamin S Schuster / Wei Dai / Joseph P Patterson /
要旨: Liquid-liquid phase separation (LLPS) is a ubiquitous demixing phenomenon observed in various molecular solutions, including in polymer and protein solutions. Demixing of solutions results in ...Liquid-liquid phase separation (LLPS) is a ubiquitous demixing phenomenon observed in various molecular solutions, including in polymer and protein solutions. Demixing of solutions results in condensed, phase separated droplets which exhibit a range of liquid-like properties driven by transient intermolecular interactions. Understanding the organization within these condensates is crucial for deciphering their material properties and functions. This study explores the distinct nanoscale networks and interfaces in the condensate samples using a modified cryo-electron microscopy (cryo-EM) method. The method involves initiating condensate formation on electron microscopy grids to limit droplet growth as large droplet sizes are not ideal for cryo-EM imaging. The versatility of this method is demonstrated by imaging three different classes of condensates. We further investigate the condensate structures using cryo-electron tomography which provides 3D reconstructions, uncovering porous internal structures, unique core-shell morphologies, and inhomogeneities within the nanoscale organization of protein condensates. Comparison with dry-state transmission electron microscopy emphasizes the importance of preserving the hydrated structure of condensates for accurate structural analysis. We correlate the internal structure of protein condensates with their amino acid sequences and material properties by performing viscosity measurements that support that more viscous condensates exhibit denser internal assemblies. Our findings contribute to a comprehensive understanding of nanoscale condensate structure and its material properties. Our approach here provides a versatile tool for exploring various phase-separated systems and their nanoscale structures for future studies.
履歴
登録2024年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年9月25日-
現状2024年9月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43500.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43500.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 174.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-Electron Tomography of wildtype RGG condensates with fibrous necks
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
17.2 Å/pix.
x 95 pix.
= 1633.905 Å		17.2 Å/pix.
x 747 pix.
= 12847.652 Å		17.2 Å/pix.
x 645 pix.
= 11093.354 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 17.199 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-9.050846 - 35.545760000000001
平均 (標準偏差)-0.07662783 (±1.0960096)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-68-557-125
サイズ74764595
Spacing64574795
セルA: 11093.3545 Å / B: 12847.652 Å / C: 1633.9049 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Wildtype LAF-1 RGG condensate

全体名称: Wildtype LAF-1 RGG condensate
要素
  • 複合体: Wildtype LAF-1 RGG condensate

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超分子 #1: Wildtype LAF-1 RGG condensate

超分子名称: Wildtype LAF-1 RGG condensate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blot time: 4 seconds.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: EMS / 直径: 6 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 41 / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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