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万見
- EMDB-43499: Engineered peptide-specific binder in complex with HLA-DR1/CLIP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43499
タイトルEngineered peptide-specific binder in complex with HLA-DR1/CLIP
マップデータ
試料
  • 複合体: Engineered peptide-specific binder in complex with HLA-DR1/CLIP
    • タンパク質・ペプチド: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Superantigen
    • タンパク質・ペプチド: c44H10 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: c44H10 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Class-II-associated invariant chain peptide
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードcomplex / engineered protein / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of T cell differentiation / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization ...negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of T cell differentiation / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / T cell activation involved in immune response / autolysosome membrane / positive regulation of type 2 immune response / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of T-helper cell differentiation / T cell selection / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / negative thymic T cell selection / negative regulation of viral entry into host cell / MHC class II receptor activity / MHC class II protein binding / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / negative regulation of mature B cell apoptotic process / positive regulation of memory T cell differentiation / positive thymic T cell selection / positive regulation of kinase activity / CD4 receptor binding / positive regulation of monocyte differentiation / vacuole / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of neutrophil chemotaxis / cytokine receptor activity / prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of T cell differentiation / regulation of macrophage activation / polysaccharide binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / transport vesicle membrane / nitric-oxide synthase binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / response to type II interferon / cytokine binding / antigen processing and presentation / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / chaperone cofactor-dependent protein refolding / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / immunoglobulin mediated immune response / T cell receptor binding / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of chemokine production / protein folding chaperone / MHC class II antigen presentation / multivesicular body / lysosomal lumen / trans-Golgi network membrane / negative regulation of cell migration / positive regulation of interleukin-8 production / Cell surface interactions at the vascular wall / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / cognition / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / endocytic vesicle membrane / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of T cell activation / late endosome / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / amyloid-beta binding / early endosome membrane / protein-containing complex assembly / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / protein stabilization / endosome membrane / immune response
類似検索 - 分子機能
Mycoplasma arthritidis-derived mitogen / Superantigen MAM / Mycoplasma arthritidis-derived mitogen, C-terminal / Mycoplasma arthritidis-derived mitogen / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain ...Mycoplasma arthritidis-derived mitogen / Superantigen MAM / Mycoplasma arthritidis-derived mitogen, C-terminal / Mycoplasma arthritidis-derived mitogen / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen gamma chain / Superantigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Metamycoplasma arthritidis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Jude KM / Yang X / Du H / Kassardjian A / Julien J-P / Huang P / Garcia KC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)r01gm147893 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Differentiating MHC-II antigens with a single loop
著者: Du H / Liu J / Jude KM / Yang X / Li Y / Bell B / Yang H / Kassardjian A / Mobedi A / Parekh U / Sperberg A / Julien J-P / Mellins E / Garcia KC / Huang P-S
履歴
登録2024年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43499.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43499.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 320 pix.
= 237.76 Å		0.74 Å/pix.
x 320 pix.
= 237.76 Å		0.74 Å/pix.
x 320 pix.
= 237.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.743 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0767
最小 - 最大-0.28634056 - 0.5309422
平均 (標準偏差)-0.0003951363 (±0.009823044)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 237.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43499_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMHancer sharpened map used for interactive rebuilding of model

ファイルemd_43499_additional_1.map
注釈DeepEMHancer sharpened map used for interactive rebuilding of model
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: phenix autosharpened map used in real space refinement of model

ファイルemd_43499_additional_2.map
注釈phenix autosharpened map used in real space refinement of model
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43499_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43499_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Engineered peptide-specific binder in complex with HLA-DR1/CLIP

全体名称: Engineered peptide-specific binder in complex with HLA-DR1/CLIP
要素
  • 複合体: Engineered peptide-specific binder in complex with HLA-DR1/CLIP
    • タンパク質・ペプチド: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Superantigen
    • タンパク質・ペプチド: c44H10 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: c44H10 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Class-II-associated invariant chain peptide
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Engineered peptide-specific binder in complex with HLA-DR1/CLIP

超分子名称: Engineered peptide-specific binder in complex with HLA-DR1/CLIP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

分子名称: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.400178 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
IKEEHVIIQA EFYLNPDQSG EFMFDFDGDE IFHVDMAKKE TVWRLEEFGR FASFEAQGAL ANIAVDKANL EIMTKRSNYT PITNVPPEV TVLTNSPVEL REPNVLICFI DKFTPPVVNV TWLRNGKPVT TGVSETVFLP REDHLFRKFH YLPFLPSTED V YDCRVEHW GLDEPLLKHW EFDASR

UniProtKB: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

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分子 #2: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain

分子名称: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.324938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GDTRPRFLWQ LKFECHFFNG TERVRLLERC IYNQEESVRF DSDVGEYRAV TELGRPDAEY WNSQKDLLEQ RRAAVDTYCR HNYGVGESF TVQRRVEPKV TVYPSKTQPL QHHNLLVCSV SGFYPGSIEV RWFRNGQEEK AGVVSTGLIQ NGDWTFQTLV M LETVPRSG ...文字列:
GDTRPRFLWQ LKFECHFFNG TERVRLLERC IYNQEESVRF DSDVGEYRAV TELGRPDAEY WNSQKDLLEQ RRAAVDTYCR HNYGVGESF TVQRRVEPKV TVYPSKTQPL QHHNLLVCSV SGFYPGSIEV RWFRNGQEEK AGVVSTGLIQ NGDWTFQTLV M LETVPRSG EVYTCQVEHP SVTSPLTVEW RASR

UniProtKB: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain

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分子 #3: Superantigen

分子名称: Superantigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Metamycoplasma arthritidis (バクテリア)
分子量理論値: 15.544818 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKLRCENPKK ASIYLAQNLN NVVFTNKELE DIYDLSNKEE TKEVLKKFKE KVNQFYRHAF DIINKYGDKE VFNMMFLKLS VVFDIQRKE ANNVEQIKRN IATLDEIMAK ADNDLCYFIS QWLEHHHHHH

UniProtKB: Superantigen

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分子 #4: c44H10 Fab heavy chain

分子名称: c44H10 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.668643 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLT SYGVHWVRQP PGKGLEWLGV IWAGGSINYN SALMSRLSIS KDNFKSQVFL KMSSLQTDD TAMYYCARAY GDYVHYAMDY WGQGTSVTAS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLT SYGVHWVRQP PGKGLEWLGV IWAGGSINYN SALMSRLSIS KDNFKSQVFL KMSSLQTDD TAMYYCARAY GDYVHYAMDY WGQGTSVTAS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSC

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分子 #5: c44H10 Fab light chain

分子名称: c44H10 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.505068 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASLGQRVS LTCRASQEIS GYLTWLQQKP DGTIKRLVYA ASTLDSGVPK RFSGSRSGSD YSLTISSLES EDFADYYCL QYTNYPLTFG AGTKLELKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASLGQRVS LTCRASQEIS GYLTWLQQKP DGTIKRLVYA ASTLDSGVPK RFSGSRSGSD YSLTISSLES EDFADYYCL QYTNYPLTFG AGTKLELKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #6: Class-II-associated invariant chain peptide

分子名称: Class-II-associated invariant chain peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.676118 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
PVSKMRMATP LLMQA

UniProtKB: HLA class II histocompatibility antigen gamma chain

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度式名称
0.15 MNaClsodium chloride
0.01 MHEPES
0.01 %fluorinated octylmaltoside
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.00039000000000000005 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 21332 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 / 詳細: eer images
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 18639350 / 詳細: template based picks
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio model calculated in cryosparc
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3706646
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 2
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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