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- EMDB-43428: Tomogram 6 - Thickness measurement -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43428
タイトルTomogram 6 - Thickness measurement
マップデータ
試料
  • 細胞: ER-HOXB8 sample prepared by FIB_SEM milling
キーワードER-HOXB8 cells / neutrophils / cytoplasm / RIBOSOME
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Elferich J / Kong L / Zottig X / Grigorieff N
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: CTFFIND5 provides improved insight into quality, tilt, and thickness of TEM samples.
著者: Johannes Elferich / Lingli Kong / Ximena Zottig / Nikolaus Grigorieff /
要旨: Images taken by transmission electron microscopes are usually affected by lens aberrations and image defocus, among other factors. These distortions can be modeled in reciprocal space using the ...Images taken by transmission electron microscopes are usually affected by lens aberrations and image defocus, among other factors. These distortions can be modeled in reciprocal space using the contrast transfer function (CTF). Accurate estimation and correction of the CTF is essential for restoring the high-resolution signal in cryogenic electron microscopy (cryoEM). Previously, we described the implementation of algorithms for this task in the TEM software package (Grant et al., 2018). Here we show that taking sample characteristics, such as thickness and tilt, into account can improve CTF estimation. This is particularly important when imaging cellular samples, where measurement of sample thickness and geometry derived from accurate modeling of the Thon ring pattern helps judging the quality of the sample. This improved CTF estimation has been implemented in CTFFIND5, a new version of the TEM program CTFFIND. We evaluated the accuracy of these estimates using images of tilted aquaporin crystals and eukaryotic cells thinned by focused ion beam milling. We estimate that with micrographs of sufficient quality CTFFIND5 can measure sample tilt with an accuracy of 3° and sample thickness with an accuracy of 5 nm.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: CTFFIND5 provides improved insight into quality, tilt and thickness of TEM sample
著者: Elferich J / Kong L / Zottig X / Grigorieff N
履歴
登録2024年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2025年1月1日-
現状2025年1月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43428.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43428.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.35 Å/pix.
x 1440 pix.
= 12022.56 Å		8.35 Å/pix.
x 625 pix.
= 5218.125 Å		8.35 Å/pix.
x 1024 pix.
= 8549.376 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.349 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-85.0 - 92.0
平均 (標準偏差)6.0640793 (±11.324092)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-312208-209
サイズ62510241440
Spacing10246251440
セルA: 8549.376 Å / B: 5218.125 Å / C: 12022.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ER-HOXB8 sample prepared by FIB_SEM milling

全体名称: ER-HOXB8 sample prepared by FIB_SEM milling
要素
  • 細胞: ER-HOXB8 sample prepared by FIB_SEM milling

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超分子 #1: ER-HOXB8 sample prepared by FIB_SEM milling

超分子名称: ER-HOXB8 sample prepared by FIB_SEM milling / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA PLUNGER
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 / 集束イオンビーム - 時間: 60 / 集束イオンビーム - 温度: 273 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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