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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43428 | |||||||||
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タイトル | Tomogram 6 - Thickness measurement | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ER-HOXB8 cells / neutrophils / cytoplasm / RIBOSOME | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Elferich J / Kong L / Zottig X / Grigorieff N | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2024 タイトル: CTFFIND5 provides improved insight into quality, tilt and thickness of TEM sample 著者: Elferich J / Kong L / Zottig X / Grigorieff N | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43428.map.gz | 756.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43428-v30.xml emd-43428.xml | 7.6 KB 7.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_43428.png | 134.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43428.cif.gz | 3.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43428 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43428 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43428_validation.pdf.gz | 582.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43428_full_validation.pdf.gz | 581.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43428_validation.xml.gz | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43428_validation.cif.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43428 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43428 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43428.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.349 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ER-HOXB8 sample prepared by FIB_SEM milling
全体 | 名称: ER-HOXB8 sample prepared by FIB_SEM milling |
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要素 |
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-超分子 #1: ER-HOXB8 sample prepared by FIB_SEM milling
超分子 | 名称: ER-HOXB8 sample prepared by FIB_SEM milling / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA PLUNGER |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 / 集束イオンビーム - 時間: 60 / 集束イオンビーム - 温度: 273 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 33 |
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