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万見
- EMDB-4335: Clathrin Coated Vesicle of 850 angstrom from mouse brain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4335
タイトルClathrin Coated Vesicle of 850 angstrom from mouse brain
マップデータClathrin Coated Vesicle from mouse brain
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Clathrin-coated Vesicles
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic endocytic zone cytoplasmic component / RHOV GTPase cycle / Formation of annular gap junctions / RHOU GTPase cycle / Gap junction degradation / presynaptic endocytic zone membrane / clathrin vesicle coat / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / LDL clearance / Myb complex ...postsynaptic endocytic zone cytoplasmic component / RHOV GTPase cycle / Formation of annular gap junctions / RHOU GTPase cycle / Gap junction degradation / presynaptic endocytic zone membrane / clathrin vesicle coat / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / LDL clearance / Myb complex / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / clathrin coat / postsynaptic endocytic zone / Retrograde neurotrophin signalling / Lysosome Vesicle Biogenesis / clathrin light chain binding / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / clathrin complex / VLDLR internalisation and degradation / Recycling pathway of L1 / clathrin coat of coated pit / clathrin heavy chain binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / clathrin coat disassembly / photoreceptor ribbon synapse / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / membrane coat / clathrin-dependent endocytosis / MHC class II antigen presentation / clathrin-coated vesicle / mitotic spindle assembly / clathrin-coated pit / peptide binding / intracellular protein transport / autophagy / spindle / synaptic vesicle membrane / melanosome / myelin sheath / double-stranded RNA binding / GTPase binding / cytoplasmic vesicle / cell division / protein-containing complex binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / structural molecule activity / protein-containing complex / mitochondrion / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clathrin light chain / Clathrin light chain signature 1. / Clathrin light chain signature 2. / Clathrin light chain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS ...Clathrin light chain / Clathrin light chain signature 1. / Clathrin light chain signature 2. / Clathrin light chain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Clathrin light chain A / Clathrin heavy chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculoides (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Milosevic I / Mim C
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Clathrin coat controls synaptic vesicle acidification by blocking vacuolar ATPase activity.
著者: Zohreh Farsi / Sindhuja Gowrisankaran / Matija Krunic / Burkhard Rammner / Andrew Woehler / Eileen M Lafer / Carsten Mim / Reinhard Jahn / Ira Milosevic /
要旨: Newly-formed synaptic vesicles (SVs) are rapidly acidified by vacuolar adenosine triphosphatases (vATPases), generating a proton electrochemical gradient that drives neurotransmitter loading. ...Newly-formed synaptic vesicles (SVs) are rapidly acidified by vacuolar adenosine triphosphatases (vATPases), generating a proton electrochemical gradient that drives neurotransmitter loading. Clathrin-mediated endocytosis is needed for the formation of new SVs, yet it is unclear when endocytosed vesicles acidify and refill at the synapse. Here, we isolated clathrin-coated vesicles (CCVs) from mouse brain to measure their acidification directly at the single vesicle level. We observed that the ATP-induced acidification of CCVs was strikingly reduced in comparison to SVs. Remarkably, when the coat was removed from CCVs, uncoated vesicles regained ATP-dependent acidification, demonstrating that CCVs contain the functional vATPase, yet its function is inhibited by the clathrin coat. Considering the known structures of the vATPase and clathrin coat, we propose a model in which the formation of the coat surrounds the vATPase and blocks its activity. Such inhibition is likely fundamental for the proper timing of SV refilling.
履歴
登録2018年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月25日-
マップ公開2018年4月25日-
更新2018年4月25日-
現状2018年4月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0187
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0187
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4335.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4335.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Clathrin Coated Vesicle from mouse brain
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.25 Å/pix.
x 380 pix.
= 1235. Å		3.25 Å/pix.
x 380 pix.
= 1235. Å		3.25 Å/pix.
x 380 pix.
= 1235. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0187 / ムービー #1: 0.0187
最小 - 最大-0.011789018 - 0.07444754
平均 (標準偏差)0.0014637086 (±0.007527677)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 1235.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.253.253.25
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1235.0001235.0001235.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-0.0120.0740.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Clathrin-coated Vesicles

全体名称: Clathrin-coated Vesicles
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Clathrin-coated Vesicles

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超分子 #1: Clathrin-coated Vesicles

超分子名称: Clathrin-coated Vesicles / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ) / 器官: Brain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.65 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度名称式
100.0 mM2-N-morpholino-ethanesulfonic acid
1.0 mMEGTA
magnesium chlorideMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Clathrin coated vesicles isolated from mouse brains.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2836 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 23.8 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 43711 / 詳細: manually picked particles
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
アルゴリズム: ALGEBRAIC (ARTS) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: 2 / 使用した粒子像数: 6114
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: 2
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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