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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43260 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, local refinement | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SARS-CoV-2 / coronavirus / S / spike / BA.1 / omicron / RBD / COVID-19 / antibody / SC27 / Fab / virus / viral protein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Byrne PO / McLellan JS | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, global refinement 著者: Byrne PO / McLellan JS | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43260.map.gz | 290.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43260-v30.xml emd-43260.xml | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_43260_fsc.xml | 14.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_43260.png | 77.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43260.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_43260_additional_1.map.gz emd_43260_half_map_1.map.gz emd_43260_half_map_2.map.gz | 154.2 MB 285.8 MB 285.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43260 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43260 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43260_validation.pdf.gz | 847.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43260_full_validation.pdf.gz | 847 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43260_validation.xml.gz | 23.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43260_validation.cif.gz | 30.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43260 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43260 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8vifMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43260.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.94 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_43260_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43260_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43260_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, global refinement |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, global refinement タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #3: SC27 Fab
超分子 | 名称: SC27 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: SC27 Fab heavy chain
分子 | 名称: SC27 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.120829 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: VTLKESGPVL LKPTETLTLT CTVSGFSLSN VGMGVSWIRQ PPGKALEWLA DIFSNDEKSY STSLKSRLTI SRDTSKSQVV LSMTNMDPV DTATYYCARL ANYDFWSGYS RFSAQFDNWG QGTLVTVSS |
-分子 #2: SC27 Fab light chain
分子 | 名称: SC27 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.742804 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVHWYQQ LPGTAPKLLI YDNNNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSFDSSSLT GSRVFGGGTK LTVL |
-分子 #3: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: omicron (BA.1) variant / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 144.927859 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DMFVFLVLLP LVSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPFF SNVTWFHVI SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASIEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF L DHKNNKSW ...文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DMFVFLVLLP LVSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPFF SNVTWFHVI SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASIEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF L DHKNNKSW MESEFRVYSS ANNCTFEYVS QPFLMDLEGK QGNFKNLREF VFKNIDGYFK IYSKHTPIIV REPEDLPQGF SA LEPLVDL PIGINITRFQ TLLALHRSYL TPGDSSSGWT AGAAAYYVGY LQPRTFLLKY NENGTITDAV DCALDPLSET KCT LKSFTV EKGIYQTSNF RVQPTESIVR FPNITNLCPF DEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNLAPFFTFK CYGV SPTKL NDLCFTNVYA DSFVIRGDEV RQIAPGQTGN IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNKLDSKVSG NYNYLYRLFR KSNLK PFER DISTEIYQAG NKPCNGVAGF NCYFPLRSYS FRPTYGVGHQ PYRVVVLSFE LLHAPATVCG PKKSTNLVKN KCVNFN FNG LKGTGVLTES NKKFLPFQQF GRDIADTTDA VRDPQTLEIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLYQGV NCTEVPV AI HADQLTPTWR VYSTGSNVFQ TRAGCLIGAE YVNNSYECDI PIGAGICASY QTQTKSHGSA SSVASQSIIA YTMSLGAE N SVAYSNNSIA IPTNFTISVT TEILPVSMTK TSVDCTMYIC GDSTECSNLL LQYGSFCTQL KRALTGIAVE QDKNTQEVF AQVKQIYKTP PIKYFGGFNF SQILPDPSKP SKRSPIEDLL FNKVTLADAG FIKQYGDCLG DIAARDLICA QKFKGLTVLP PLLTDEMIA QYTSALLAGT ITSGWTFGAG PALQIPFPMQ MAYRFNGIGV TQNVLYENQK LIANQFNSAI GKIQDSLSST P SALGKLQD VVNHNAQALN TLVKQLSSKF GAISSVLNDI FSRLDPPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SA NLAATKM SECVLGQSKR VDFCGKGYHL MSFPQSAPHG VVFLHVTYVP AQEKNFTTAP AICHDGKAHF PREGVFVSNG THW FVTQRN FYEPQIITTD NTFVSGNCDV VIGIVNNTVY DPLQPELDSF KEELDKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVN IQKE IDRLN EVAKNLNESL IDLQELGKYE QGSGYIPEAP RDGQAYVRKD GEWVLLSTFL GRSLEVLFQG PGHHHHHHHH SAWSH PQFE KGGGSGGGGS GGSAWSHPQF EK UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.0 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |