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- EMDB-43253: Cryo-EM structure of GPR119-Gs-Nb35 complex with small molecule a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43253
タイトルCryo-EM structure of GPR119-Gs-Nb35 complex with small molecule agonist MBX-2982 (Receptor-focused map)
マップデータ
試料
  • 複合体: GPR119-Gs-Nb35 complex
    • 複合体: Glucose-dependent insulinotropic receptor
      • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Glucose-dependent insulinotropic receptor,LgBiT
    • 複合体: G-protein complex
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,HiBiT
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • 複合体: Nanobody35
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody35
キーワードCryoEM / GPCR / Orphan / G protein complex / Active / Agonist / MEMBRANE PROTEIN / Diabetes / Native Mass Spectrometry
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Kim D-G / Cherezov V
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127086 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Native mass spectrometry prescreening of G protein-coupled receptor complexes for cryo-EM structure determination.
著者: Donggyun Kim / Weijing Liu / Rosa Viner / Vadim Cherezov /
要旨: G protein-coupled receptors (GPCRs) are essential transmembrane proteins playing key roles in human health and disease. Understanding their atomic-level molecular structure and conformational states ...G protein-coupled receptors (GPCRs) are essential transmembrane proteins playing key roles in human health and disease. Understanding their atomic-level molecular structure and conformational states is imperative for advancing drug development. Recent breakthroughs in single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) have propelled the structural biology of GPCRs into a new era. Nevertheless, the preparation of suitable GPCR samples and their complexes for cryo-EM analysis remains challenging due to their poor stability and highly dynamic nature. Here, we present our online buffer exchange-native MS method combined with Direct Mass Technology (OBE-nMS+DMT) which facilitates high-throughput analysis and guides sample preparation. We applied this method to optimize the GPR119-G complex sample prior to cryo-EM analysis, leading to a 3.51 Å resolution structure from only 396 movies collected on a 200 kV Glacios. This study suggests that the OBE-nMS+DMT method emerges as a powerful tool for prescreening sample conditions in cryo-EM studies of GPCRs and other membrane protein complexes.
履歴
登録2024年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43253.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43253.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 324 pix.
= 298.08 Å		0.92 Å/pix.
x 324 pix.
= 298.08 Å		0.92 Å/pix.
x 324 pix.
= 298.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.17
最小 - 最大-0.8758604 - 1.3089254
平均 (標準偏差)0.00040961392 (±0.013710598)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 298.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43253_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: original map

ファイルemd_43253_additional_1.map
注釈original map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43253_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43253_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GPR119-Gs-Nb35 complex

全体名称: GPR119-Gs-Nb35 complex
要素
  • 複合体: GPR119-Gs-Nb35 complex
    • 複合体: Glucose-dependent insulinotropic receptor
      • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Glucose-dependent insulinotropic receptor,LgBiT
    • 複合体: G-protein complex
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,HiBiT
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • 複合体: Nanobody35
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody35

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超分子 #1: GPR119-Gs-Nb35 complex

超分子名称: GPR119-Gs-Nb35 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: GPR119 receptor-focused map

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超分子 #2: Glucose-dependent insulinotropic receptor

超分子名称: Glucose-dependent insulinotropic receptor / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 67 KDa

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超分子 #3: G-protein complex

超分子名称: G-protein complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: Nanobody35

超分子名称: Nanobody35 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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分子 #1: Soluble cytochrome b562,Glucose-dependent insulinotropic receptor...

分子名称: Soluble cytochrome b562,Glucose-dependent insulinotropic receptor,LgBiT
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: PGADLEDNWE TLNDNLKVIE KADNAAQVKD ALTKMRAAAL DAQKATPPKL EDKSPDSPEM KDFRHGFDIL VGQIDDALKL ANEGKVKEAQ AAAEQLKTTR NAYIQKYLGS PIMESSFSFG VILAVLASLI IATNTLVAVA VLLLIHKNDG VSLCFTLNLA VADTLIGVAI ...文字列:
PGADLEDNWE TLNDNLKVIE KADNAAQVKD ALTKMRAAAL DAQKATPPKL EDKSPDSPEM KDFRHGFDIL VGQIDDALKL ANEGKVKEAQ AAAEQLKTTR NAYIQKYLGS PIMESSFSFG VILAVLASLI IATNTLVAVA VLLLIHKNDG VSLCFTLNLA VADTLIGVAI SGLLTDQLSS PSRPTQKTLC SLRMAFVTSS AAASVLTVML ITFDRYLAIK QPFRYLKIMS GFVAGACIAG LWLVSYLIGF LPLGIPMFQQ TAYKGQCSFF AVFHPHFVLT LSCVGFFPAM LLFVFFYCDM LKIASMHSQQ IRKMEHAGAM AGGYRSPRTP SDFKALRTVS VLIGSFALSW TPFLITGIVQ VACQECHLYL VLERYLWLLG VGNSLLNPLI YAYWQKEVRL QLYHMALGVK KVLTSFLLFL SARNCGPERP RESSCHIVTI SSSEFDGVFT LEDFVGDWEQ TAAYNLDQVL EQGGVSSLLQ NLAVSVTPIQ RIVRSGENAL KIDIHVIIPY EGLSADQMAQ IEEVFKVVYP VDDHHFKVIL PYGTLVIDGV TPNMLNYFGR PYEGIAVFDG KKITVTGTLW NGNKIIDERL ITPDGSMLFR VTINSGGSLE VLFQG

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,HiBiT

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,HiBiT
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHHHH HLEVLFQGPG SSGSELDQLR QEAEQLKNQI RDARKACADA TLSQITNNID PVGRIQMRTR RTLRGHLAKI YAMHWGTDS RLLVSASQDG KLIIWDSYTT NKVHAIPLRS SWVMTCAYAP SGNYVACGGL DNICSIYNLK TREGNVRVSR E LAGHTGYL ...文字列:
MHHHHHHHHH HLEVLFQGPG SSGSELDQLR QEAEQLKNQI RDARKACADA TLSQITNNID PVGRIQMRTR RTLRGHLAKI YAMHWGTDS RLLVSASQDG KLIIWDSYTT NKVHAIPLRS SWVMTCAYAP SGNYVACGGL DNICSIYNLK TREGNVRVSR E LAGHTGYL SCCRFLDDNQ IVTSSGDTTC ALWDIETGQQ TTTFTGHTGD VMSLSLAPDT RLFVSGACDA SAKLWDVREG MC RQTFTGH ESDINAICFF PNGNAFATGS DDATCRLFDL RADQELMTYS HDNIICGITS VSFSKSGRLL LAGYDDFNCN VWD ALKADR AGVLAGHDNR VSCLGVTDDG MAVATGSWDS FLKIWNGSSG GGGSGGGGSS GVSGWRLFKK IS

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE ...文字列:
MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE YQLIDCAQYF LDKIDVIKQA DYVPSDQDLL RCRVLTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGAQR DERRKWIQCF ND VTAIIFV VASSSYNMVI REDNQTNRLQ AALKLFDSIW NNKWLRDTSV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK IEDYFPEFAR YTT PEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCA VDTENIRRVF NDCRDIIQRM HLRQYELL

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分子 #5: Nanobody35

分子名称: Nanobody35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSSH HHHHHEPEA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 396 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 150000

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 57653
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7wcm


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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