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- EMDB-43250: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43250
タイトルSARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, global refinement
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, global refinement
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer
    • 複合体: SC27 Fab
キーワードSARS-CoV-2 / coronavirus / S / spike / BA.1 / omicron / RBD / COVID-19 / antibody / SC27 / Fab / virus / viral protein
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Byrne PO / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI127521 米国
引用ジャーナル: Cell Rep Med / 年: 2024
タイトル: Hybrid immunity to SARS-CoV-2 arises from serological recall of IgG antibodies distinctly imprinted by infection or vaccination.
著者: William N Voss / Michael A Mallory / Patrick O Byrne / Jeffrey M Marchioni / Sean A Knudson / John M Powers / Sarah R Leist / Bernadeta Dadonaite / Douglas R Townsend / Jessica Kain / Yimin ...著者: William N Voss / Michael A Mallory / Patrick O Byrne / Jeffrey M Marchioni / Sean A Knudson / John M Powers / Sarah R Leist / Bernadeta Dadonaite / Douglas R Townsend / Jessica Kain / Yimin Huang / Ed Satterwhite / Izabella N Castillo / Melissa Mattocks / Chelsea Paresi / Jennifer E Munt / Trevor Scobey / Allison Seeger / Lakshmanane Premkumar / Jesse D Bloom / George Georgiou / Jason S McLellan / Ralph S Baric / Jason J Lavinder / Gregory C Ippolito /
要旨: We describe the molecular-level composition of polyclonal immunoglobulin G (IgG) anti-spike antibodies from ancestral severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection, ...We describe the molecular-level composition of polyclonal immunoglobulin G (IgG) anti-spike antibodies from ancestral severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection, vaccination, or their combination ("hybrid immunity") at monoclonal resolution. Infection primarily triggers S2/N-terminal domain (NTD)-reactive antibodies, whereas vaccination mainly induces anti-receptor-binding domain (RBD) antibodies. This imprint persists after secondary exposures wherein >60% of ensuing hybrid immunity derives from the original IgG pool. Monoclonal constituents of the original IgG pool can increase breadth, affinity, and prevalence upon secondary exposures, as exemplified by the plasma antibody SC27. Following a breakthrough infection, vaccine-induced SC27 gained neutralization breadth and potency against SARS-CoV-2 variants and zoonotic viruses (half-maximal inhibitory concentration [IC] ∼0.1-1.75 nM) and increased its binding affinity to the protective RBD class 1/4 epitope (dissociation constant [K] < 5 pM). According to polyclonal escape analysis, SC27-like binding patterns are common in SARS-CoV-2 hybrid immunity. Our findings provide a detailed molecular definition of immunological imprinting and show that vaccination can produce class 1/4 (SC27-like) IgG antibodies circulating in the blood.
履歴
登録2024年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_43250.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43250.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 432 pix.
= 406.08 Å		0.94 Å/pix.
x 432 pix.
= 406.08 Å		0.94 Å/pix.
x 432 pix.
= 406.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-2.055235 - 3.2710748
平均 (標準偏差)-0.0003055899 (±0.04113135)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 406.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_43250_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43250_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43250_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with...

全体名称: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, global refinement
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, global refinement
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer
    • 複合体: SC27 Fab

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超分子 #1: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with...

超分子名称: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, global refinement
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer

超分子名称: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: SC27 Fab

超分子名称: SC27 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
2.0 mMTris
200.0 mMsodium chloride
0.02 percent (w/v)sodium azide
グリッドモデル: Au-flat 1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3282579
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 888339
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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