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万見
- EMDB-43227: DNA origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43227
タイトルDNA origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer
マップデータPrimary map of the (10,0) monomer.
試料
  • 複合体: DNA origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer
キーワードDNA origami / synthetic construct / self-assembly / DNA
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.88 Å
データ登録者Videbaek TE / Rogers WB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-2011846 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Economical routes to size-specific assembly of self-closing structures.
著者: Thomas E Videbæk / Daichi Hayakawa / Gregory M Grason / Michael F Hagan / Seth Fraden / W Benjamin Rogers /
要旨: Programmable self-assembly has seen an explosion in the diversity of synthetic crystalline materials, but developing strategies that target "self-limiting" assemblies has remained a challenge. Among ...Programmable self-assembly has seen an explosion in the diversity of synthetic crystalline materials, but developing strategies that target "self-limiting" assemblies has remained a challenge. Among these, self-closing structures, in which the local curvature defines the finite global size, are prone to polymorphism due to thermal bending fluctuations, a problem that worsens with increasing target size. Here, we show that assembly complexity can be used to eliminate this source of polymorphism in the assembly of tubules. Using many distinct components, we prune the local density of off-target geometries, increasing the selectivity of the tubule width and helicity to nearly 100%. We further show that by reducing the design constraints to target either the pitch or the width alone, fewer components are needed to reach complete selectivity. Combining experiments with theory, we reveal an economical limit, which determines the minimum number of components required to create arbitrary assembly sizes with full selectivity.
履歴
登録2023年12月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月17日-
マップ公開2024年1月17日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43227.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43227.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map of the (10,0) monomer.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.023 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.018350853 - 0.05404278
平均 (標準偏差)0.00046717282 (±0.006223483)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 728.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43227_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map of the structure.

ファイルemd_43227_half_map_1.map
注釈Half-map of the structure.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map of the structure.

ファイルemd_43227_half_map_2.map
注釈Half-map of the structure.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DNA origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer

全体名称: DNA origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer
要素
  • 複合体: DNA origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer

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超分子 #1: DNA origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer

超分子名称: DNA origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
分子量理論値: 5.2 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TUNDRA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 775 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 69.8 e/Å2
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3808 / 詳細: Manual selection
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 2153
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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