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- EMDB-43198: Cryo-EM structure of FoxA1 and GATA4 in complex with H14 chromatosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43198
タイトルCryo-EM structure of FoxA1 and GATA4 in complex with H14 chromatosome
マップデータMain class, linker DNA bended by FoxA1
試料
  • 複合体: FoxA1 and GATA4 in complex with H1.4 chromatosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • DNA: DNA (196-MER)
    • DNA: DNA (196-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
    • タンパク質・ペプチド: Histone H1.4
キーワードnucleosome / pioneer transcription factors / DNA binding proteins / transcription / chromatin / NUCLEAR PROTEIN / Linker histones / chromatosome / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alveolar secondary septum development / respiratory basal cell differentiation / positive regulation of dopaminergic neuron differentiation / prostate gland stromal morphogenesis / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / anatomical structure formation involved in morphogenesis / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / neuron fate specification / lung epithelial cell differentiation ...alveolar secondary septum development / respiratory basal cell differentiation / positive regulation of dopaminergic neuron differentiation / prostate gland stromal morphogenesis / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / anatomical structure formation involved in morphogenesis / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / neuron fate specification / lung epithelial cell differentiation / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / dorsal/ventral neural tube patterning / negative regulation of DNA recombination / prostate gland epithelium morphogenesis / dopaminergic neuron differentiation / Formation of axial mesoderm / Apoptosis induced DNA fragmentation / positive regulation of smoothened signaling pathway / hormone metabolic process / chromosome condensation / nucleosomal DNA binding / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / smoothened signaling pathway / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / microvillus / anatomical structure morphogenesis / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / heterochromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Notch signaling pathway / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere organization / Interleukin-7 signaling / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / positive regulation of mitotic cell cycle / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / epigenetic regulation of gene expression / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / innate immune response in mucosa / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation by small RNAs / chromatin DNA binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / euchromatin / G2/M DNA damage checkpoint / Metalloprotease DUBs / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of miRNA transcription / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / histone deacetylase binding / fibrillar center / Transcriptional regulation of granulopoiesis / UCH proteinases / HCMV Early Events / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / sequence-specific double-stranded DNA binding / structural constituent of chromatin / antibacterial humoral response / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / nucleosome / glucose homeostasis / heterochromatin formation
類似検索 - 分子機能
Forkhead box protein, C-terminal / HNF3 C-terminal domain / Fork-head N-terminal / Forkhead N-terminal region / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. ...Forkhead box protein, C-terminal / HNF3 C-terminal domain / Fork-head N-terminal / Forkhead N-terminal region / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Linker histone H1/H5 / linker histone H1 and H5 family / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Histone H1.4 / Hepatocyte nuclear factor 3-alpha / Histone H4 / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Zhou BR / Bai Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of FoxA1 and GATA4 in complex with H14 chromatosome
著者: Zhou BR / Bai Y
履歴
登録2023年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月7日-
マップ公開2024年8月7日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43198.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43198.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main class, linker DNA bended by FoxA1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 270.336 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 270.336 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 270.336 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.056 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.016932417 - 0.039347075
平均 (標準偏差)0.00006946742 (±0.001053221)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 270.336 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Minor class, linker DNA less bent

ファイルemd_43198_additional_1.map
注釈Minor class, linker DNA less bent
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_43198_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_43198_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FoxA1 and GATA4 in complex with H1.4 chromatosome

全体名称: FoxA1 and GATA4 in complex with H1.4 chromatosome
要素
  • 複合体: FoxA1 and GATA4 in complex with H1.4 chromatosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • DNA: DNA (196-MER)
    • DNA: DNA (196-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
    • タンパク質・ペプチド: Histone H1.4

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超分子 #1: FoxA1 and GATA4 in complex with H1.4 chromatosome

超分子名称: FoxA1 and GATA4 in complex with H1.4 chromatosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.437167 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEACEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

-
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #3: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.165551 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY SERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHHKAKG K

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

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分子 #4: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.935239 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSAK

UniProtKB: Histone H2B type 1-J

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分子 #7: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha

分子名称: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.022562 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLGTVKMEGH ETSDWNSYYA DTQEAYSSVP VSNMNSGLGS MNSMNTYMTM NTMTTSGNMT PASFNMSYAN PGLGAGLSPG AVAGMPGGS AGAMNSMTAA GVTAMGTALS PSGMGAMGAQ QAASMNGLGP YAAAMNPCMS PMAYAPSNLG RSRAGGGGDA K TFKRSYPH ...文字列:
MLGTVKMEGH ETSDWNSYYA DTQEAYSSVP VSNMNSGLGS MNSMNTYMTM NTMTTSGNMT PASFNMSYAN PGLGAGLSPG AVAGMPGGS AGAMNSMTAA GVTAMGTALS PSGMGAMGAQ QAASMNGLGP YAAAMNPCMS PMAYAPSNLG RSRAGGGGDA K TFKRSYPH AKPPYSYISL ITMAIQQAPS KMLTLSEIYQ WIMDLFPYYR QNQQRWQNSI RHSLSFNDCF VKVARSPDKP GK GSYWTLH PDSGNMFENG CYLRRQKRFK CEKQPGAGGG GGSGSGGSGA KGGPESRKDP SGASNPSADS PLHRGVHGKT GQL EGAPAP GPAASPQTLD HSGATATGGA SELKTPASST APPISSGPGA LASVPASHPA HGLAPHESQL HLKGDPHYSF NHPF SINNL MSSSEQQHKL DFKAYEQALQ YSPYGSTLPA SLPLGSASVT TRSPIEPSAL EPAYYQGVYS RPVLNTSHHH HHH

UniProtKB: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha

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分子 #8: Histone H1.4

分子名称: Histone H1.4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.760404 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSETAPAAPA APAPAEKTPV KKKARKSAGA AKRKASGPPV SELITKAVAA SKERSGVSLA ALKKALAAAG YDVEKNNSRI KLGLKSLVS KGTLVQTKGT GASGSFKLNK KAASGEAKPK AKKAGAAKAK KPAGAAKKPK KATGAATPKK SAKKTPKKAK K PAAAAGAK ...文字列:
MSETAPAAPA APAPAEKTPV KKKARKSAGA AKRKASGPPV SELITKAVAA SKERSGVSLA ALKKALAAAG YDVEKNNSRI KLGLKSLVS KGTLVQTKGT GASGSFKLNK KAASGEAKPK AKKAGAAKAK KPAGAAKKPK KATGAATPKK SAKKTPKKAK K PAAAAGAK KAKSPKKAKA AKPKKAPKSP AKAKAVKPKA AKPKTAKPKA AKPKKAAAKK KHHHHHH

UniProtKB: Histone H1.4

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分子 #5: DNA (196-MER)

分子名称: DNA (196-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 64.918344 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA) (DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA) (DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA) (DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC) (DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA) (DT)

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分子 #6: DNA (196-MER)

分子名称: DNA (196-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 65.368727 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA) (DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA) (DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC) (DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DA) (DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA) (DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1) / 使用した粒子像数: 317286
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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