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- EMDB-43172: Cryo-EM structure of antibody T5-1E08 UCA (unmutated common ances... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43172
タイトルCryo-EM structure of antibody T5-1E08 UCA (unmutated common ancestor) in complex with stabilized H1N1 Influenza Hemagglutinin Trimer (A/Kiev/1/57)
マップデータ
試料
  • 複合体: Antibody T5-1E08 UCA Fab in complex with influenza hemagglutinin trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: T5-1E08 UCA Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: T5-1E08 UCA Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードGroup 1 / influenza / unmutated common ancestor / UCA / antibody maturation / cryo-EM / Fab / trimer / spike / hemagglutinin / IMMUNE SYSTEM / viral protein / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Cerutti G / Shapiro L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Distinct binding modes drive the broad neutralization profile of two persistent influenza hemagglutinin stem-specific antibody lineages.
著者: Grace E Mantus / Gabriele Cerutti / Michael Chambers / Rebecca A Gillespie / Geoffrey D Shimberg / Abby Spangler / Jason Gorman / Tongqing Zhou / Chen-Hsiang Shen / Masaru Kanekiyo / Peter D ...著者: Grace E Mantus / Gabriele Cerutti / Michael Chambers / Rebecca A Gillespie / Geoffrey D Shimberg / Abby Spangler / Jason Gorman / Tongqing Zhou / Chen-Hsiang Shen / Masaru Kanekiyo / Peter D Kwong / Lawrence Shapiro / Sarah F Andrews /
要旨: Elicitation of antibodies to the influenza hemagglutinin stem is a critical part of universal influenza vaccine strategies. While numerous broadly reactive stem antibodies have been isolated, our ...Elicitation of antibodies to the influenza hemagglutinin stem is a critical part of universal influenza vaccine strategies. While numerous broadly reactive stem antibodies have been isolated, our understanding of how these antibodies mature within the human B cell repertoire is limited. Here, we isolated and tracked two stem-specific antibody lineages over a decade in a single participant that received multiple seasonal and pandemic influenza vaccinations. Despite similar binding and neutralization profiles, antibodies from these lineages utilized fundamentally different interactions to engage the central epitope on the influenza stem. Structural analysis of an unmutated common ancestor from one lineage identified critical residues that were the main drivers of increased affinity and breadth to group 1 influenza subtypes. These observations demonstrate the heterogeneous pathways by which stem-specific antibodies can mature within the human B cell repertoire.
履歴
登録2023年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43172.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43172.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324.9 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324.9 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-1.7193056 - 2.4718668
平均 (標準偏差)0.0024977778 (±0.05855839)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_43172_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43172_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43172_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Antibody T5-1E08 UCA Fab in complex with influenza hemagglutinin ...

全体名称: Antibody T5-1E08 UCA Fab in complex with influenza hemagglutinin trimer
要素
  • 複合体: Antibody T5-1E08 UCA Fab in complex with influenza hemagglutinin trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: T5-1E08 UCA Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: T5-1E08 UCA Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Antibody T5-1E08 UCA Fab in complex with influenza hemagglutinin ...

超分子名称: Antibody T5-1E08 UCA Fab in complex with influenza hemagglutinin trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 64.431961 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKAKLLILLC ALSATDADTI CIGYHANNST DTVDTVCEKN VTVTHSVNLL EDSHNGKLCR LKGKAPLQLG NCNIAGWVLG NPECESLLS NRSWSYIAET PNSENGTCFP GDFADYEELR EQLSSVSSFE RFEIFPKERS WPNHTTRGVT AACPHAMKSS F YKNLVWLT ...文字列:
MKAKLLILLC ALSATDADTI CIGYHANNST DTVDTVCEKN VTVTHSVNLL EDSHNGKLCR LKGKAPLQLG NCNIAGWVLG NPECESLLS NRSWSYIAET PNSENGTCFP GDFADYEELR EQLSSVSSFE RFEIFPKERS WPNHTTRGVT AACPHAMKSS F YKNLVWLT EANGSYPNLS RSYVNNQEKE VLVLWGVHHP SNIEDQRTLY RKDNAYVSVV SSNYNRRFTP EIAKRPKVRG QS GRINYYW TLLEPGDTII FEATGNLIAP WYAFALSRGP GSGIITSNAP LDECDTKCQT PQGAINSSLP FQNIHPVTIG ECP KYVRST KLRMVTGLRN IPSFQSRGLF GAIAGFIEGG WTGMMDGWYG YHHQNEQGSG YAADQKSTQN AINCITNKVN SVIE KMNTQ FTAVGKEFNK LEKRMENLNK KVDDGFLDIW TYNAELLVLL ENERTLDFHD SNVKNLYEKV KNQLRNNAKE LGNGC FEFY HKCDNECMES VKNGTYDYPK YSEESKLNRE KIDGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGSGLNDIF EAQKIE WHE GHHHHHH

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分子 #2: T5-1E08 UCA Fab heavy chain

分子名称: T5-1E08 UCA Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.447307 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQESGPG LVKPSQTLSL TCTVSGGSIS SGGYYWSWIR QHPGKGLEWI GYIYYSGSTY YNPSLKSRVT ISVDTSKNQF SLKLSSVTA ADTAVYYCAR VPFYYDSSGY YYGNADDAFD IWGQGTMVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列:
QVQLQESGPG LVKPSQTLSL TCTVSGGSIS SGGYYWSWIR QHPGKGLEWI GYIYYSGSTY YNPSLKSRVT ISVDTSKNQF SLKLSSVTA ADTAVYYCAR VPFYYDSSGY YYGNADDAFD IWGQGTMVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCDKTH

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分子 #3: T5-1E08 UCA Fab light chain

分子名称: T5-1E08 UCA Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.473014 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGIR NDLGWYQQKP GKAPKRLIYA ASSLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYYCL QHNSYQWTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGIR NDLGWYQQKP GKAPKRLIYA ASSLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYYCL QHNSYQWTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 7 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.21 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 200212
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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