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- EMDB-43140: CyoEM structure of the TnsC(1-503)-TnsD(1-318)-DNA complex in a 6... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43140
タイトルCyoEM structure of the TnsC(1-503)-TnsD(1-318)-DNA complex in a 6:2:1 stoichiometry from E. coli Tn7 bound to ATPgS and ADP
マップデータ
試料
  • 複合体: CyoEM structure of the TnsC(1-503)-TnsD(1-318)-DNA complex in a 6:2:1 stoichiometry from E. coli Tn7 bound to ATPgS and ADP
    • 複合体: TnsC(1-503)-TnsD(1-318)
      • タンパク質・ペプチド: Transposon Tn7 transposition protein TnsC
      • タンパク質・ペプチド: Transposon Tn7 transposition protein TnsD
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (50-MER)
      • DNA: DNA (50-MER)
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードTransposon / AAA+ ATPase / Oligomer / Complex / DNA-binding protein DNA complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transposition / DNA recombination / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Transposon Tn7 transposition protein TnsD, C-termianl / Tn7-like transposition protein D / Tn7 transposition regulator TnsC / Tn7 transposition regulator TnsC / TniQ / TniQ / AAA domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Transposon Tn7 transposition protein TnsC / Transposon Tn7 transposition protein TnsD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å
データ登録者Shen Y / Guarne A
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-155941 カナダ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Assembly of the Tn7 targeting complex by a regulated stepwise process.
著者: Yao Shen / Shreya S Krishnan / Michael T Petassi / Mark A Hancock / Joseph E Peters / Alba Guarné /
要旨: The Tn7 family of transposons is notable for its highly regulated integration mechanisms, including programmable RNA-guided transposition. The targeting pathways rely on dedicated target selection ...The Tn7 family of transposons is notable for its highly regulated integration mechanisms, including programmable RNA-guided transposition. The targeting pathways rely on dedicated target selection proteins from the TniQ family and the AAA+ adaptor TnsC to recruit and activate the transposase at specific target sites. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of TnsC bound to the TniQ domain of TnsD from prototypical Tn7 and unveil key regulatory steps stemming from unique behaviors of ATP- versus ADP-bound TnsC. We show that TnsD recruits ADP-bound dimers of TnsC and acts as an exchange factor to release one protomer with exchange to ATP. This loading process explains how TnsC assembles a heptameric ring unidirectionally from the target site. This unique loading process results in functionally distinct TnsC protomers within the ring, providing a checkpoint for target immunity and explaining how insertions at programmed sites precisely occur in a specific orientation across Tn7 elements.
履歴
登録2023年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年7月31日-
現状2024年7月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43140.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43140.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 307.8 Å		0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 307.8 Å		0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 307.8 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-28.691224999999999 - 41.923701999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000002183 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 307.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43140_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43140_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CyoEM structure of the TnsC(1-503)-TnsD(1-318)-DNA complex in a 6...

全体名称: CyoEM structure of the TnsC(1-503)-TnsD(1-318)-DNA complex in a 6:2:1 stoichiometry from E. coli Tn7 bound to ATPgS and ADP
要素
  • 複合体: CyoEM structure of the TnsC(1-503)-TnsD(1-318)-DNA complex in a 6:2:1 stoichiometry from E. coli Tn7 bound to ATPgS and ADP
    • 複合体: TnsC(1-503)-TnsD(1-318)
      • タンパク質・ペプチド: Transposon Tn7 transposition protein TnsC
      • タンパク質・ペプチド: Transposon Tn7 transposition protein TnsD
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (50-MER)
      • DNA: DNA (50-MER)
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: CyoEM structure of the TnsC(1-503)-TnsD(1-318)-DNA complex in a 6...

超分子名称: CyoEM structure of the TnsC(1-503)-TnsD(1-318)-DNA complex in a 6:2:1 stoichiometry from E. coli Tn7 bound to ATPgS and ADP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: TnsC(1-503)-TnsD(1-318)

超分子名称: TnsC(1-503)-TnsD(1-318) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / Synthetically produced: Yes

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分子 #1: Transposon Tn7 transposition protein TnsC

分子名称: Transposon Tn7 transposition protein TnsC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 59.318926 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGATRIQAVY RDTGVEAYRD NPFIEALPPL QESVNSAASL KSSLQLTSSD LQKSRVIRAH TICRIPDDYF QPLGTHLLLS ERISVMIRG GYVGRNPKTG DLQKHLQNGY ERVQTGELET FRFEEARSTA QSLLLIGCSG SGKTTSLHRI LATYPQVIYH R ELNVEQVV ...文字列:
MGATRIQAVY RDTGVEAYRD NPFIEALPPL QESVNSAASL KSSLQLTSSD LQKSRVIRAH TICRIPDDYF QPLGTHLLLS ERISVMIRG GYVGRNPKTG DLQKHLQNGY ERVQTGELET FRFEEARSTA QSLLLIGCSG SGKTTSLHRI LATYPQVIYH R ELNVEQVV YLKIDCSHNG SLKEICLNFF RALDRALGSN YERRYGLKRH GIETMLALMS QIANAHALGL LVIDEIQHLS RS RSGGSQE MLNFFVTMVN IIGVPVMLIG TPKAREIFEA DLRSARRGAG FGAIFWDPIQ QTQRGKPNQE WIAFTDNLWQ LQL LQRKDA LLSDEVRDVW YELSQGVMDI VVKLFVLAQL RALALGNERI TAGLLRQVYQ DELKPVHPML EALRSGIPER IARY SDLVV PEIDKRLIQL QLDIAAIQEQ TPEEKALQEL DTEDQRHLYL MLKEDYDSSL LIPTIKKAFS QNPTMTRQKL LPLVL QWLM EGETVVSELE KPSKSKKVSP NSSSVDKLAA ALEHHHHHH

UniProtKB: Transposon Tn7 transposition protein TnsC

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分子 #2: Transposon Tn7 transposition protein TnsD

分子名称: Transposon Tn7 transposition protein TnsD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 36.63602 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRNFPVPYSN ELIYSTIARA GVYQGIVSPK QLLDEVYGNR KVVATLGLPS HLGVIARHLH QTGRYAVQQL IYEHTLFPLY APFVGKERR DEAIRLMEYQ AQGAVHLMLG VAASRVKSDN RFRYCPDCVA LQLNRYGEAF WQRDWYLPAL PYCPKHGALV F FDRAVDDH ...文字列:
MRNFPVPYSN ELIYSTIARA GVYQGIVSPK QLLDEVYGNR KVVATLGLPS HLGVIARHLH QTGRYAVQQL IYEHTLFPLY APFVGKERR DEAIRLMEYQ AQGAVHLMLG VAASRVKSDN RFRYCPDCVA LQLNRYGEAF WQRDWYLPAL PYCPKHGALV F FDRAVDDH RHQFWALGHT ELLSDYPKDS LSQLTALAAY IAPLLDAPRA QELSPSLEQW TLFYQRLAQD LGLTKSKHIR HD LVAERVR QTFSDEALEK LDLKLAENKD TCWLKSIFRK HRKAFSYLQH SIVWQALLPK LTVIEALQQA SALTEHSITT R

UniProtKB: Transposon Tn7 transposition protein TnsD

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分子 #3: DNA (50-MER)

分子名称: DNA (50-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.438931 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA) (DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT) (DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA) (DC)(DG)

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分子 #4: DNA (50-MER)

分子名称: DNA (50-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.366818 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT) (DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG) (DG) (DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DA)(DT)

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分子 #5: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #8: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッド材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 82254
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8vct:
CyoEM structure of the TnsC(1-503)-TnsD(1-318)-DNA complex in a 6:2:1 stoichiometry from E. coli Tn7 bound to ATPgS and ADP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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