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- EMDB-43110: C4 pre-infection ejectosome of the mature bacteriophage PhiM1 particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43110
タイトルC4 pre-infection ejectosome of the mature bacteriophage PhiM1 particle
マップデータPhiM1 ejectosome C4 reconstruction, full map.
試料
  • ウイルス: Pectobacterium phage PhiM1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Tetrameric ejection protein (gp48)
    • タンパク質・ペプチド: Octameric ejection protein (gp49)
    • タンパク質・ペプチド: Ejection protein 3 (gp50)
キーワードejectosome / internal core / internal proteins / core / mature phage / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Putative internal core protein / Internal virion protein B / Putative internal virion protein
機能・相同性情報
生物種Pectobacterium phage PhiM1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Hodgkinson-Bean J / Eruera A
資金援助 ニュージーランド, 1件
OrganizationGrant number国
Other private ニュージーランド
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2024
タイトル: Ejectosome of bacteriophage ΦM1.
著者: Alice-Roza Eruera / James Hodgkinson-Bean / Georgia L Rutter / Francesca R Hills / Rosheny Kumaran / Alexander J M Crowe / Nickhil Jadav / Fangfang Chang / Klemens McJarrow-Keller / Fátima ...著者: Alice-Roza Eruera / James Hodgkinson-Bean / Georgia L Rutter / Francesca R Hills / Rosheny Kumaran / Alexander J M Crowe / Nickhil Jadav / Fangfang Chang / Klemens McJarrow-Keller / Fátima Jorge / Jaekyung Hyun / Hyejin Kim / Bumhan Ryu / Mihnea Bostina /
要旨: Podophages that infect gram-negative bacteria, such as pathogen ΦM1, encode tail assemblies too short to extend across the complex gram-negative cell wall. To overcome this, podophages encode a ...Podophages that infect gram-negative bacteria, such as pathogen ΦM1, encode tail assemblies too short to extend across the complex gram-negative cell wall. To overcome this, podophages encode a large protein complex (ejectosome) packaged inside the viral capsid and correspondingly ejected during infection to form a transient channel that spans the periplasmic space. Here, we describe the ejectosome of bacteriophage ΦM1 to a resolution of 3.32 Å by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). The core consists of tetrameric and octameric ejection proteins which form a ∼1.5-MDa ejectosome that must transition through the ∼30 Å aperture created by the short tail nozzle assembly that acts as the conduit for the passage of DNA during infection. The ejectosome forms several grooves into which coils of genomic DNA are fit before the DNA sharply turns and goes down the tunnel and into the portal. In addition, we reconstructed the icosahedral capsid and hybrid tail apparatus to resolutions between 3.04 and 3.23 Å, and note an uncommon fold adopted by the dimerized decoration proteins which further emphasize the structural diversity of podophages. These reconstructions have allowed the generation of a complete atomic model of the ΦM1, uncovering two distinct decoration proteins and highlighting the exquisite structural diversity of tailed bacteriophages.
履歴
登録2023年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月23日-
マップ公開2024年10月23日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43110.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43110.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PhiM1 ejectosome C4 reconstruction, full map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 384 pix.
= 537.6 Å		1.4 Å/pix.
x 384 pix.
= 537.6 Å		1.4 Å/pix.
x 384 pix.
= 537.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.28
最小 - 最大-0.6630469 - 1.1423712
平均 (標準偏差)0.010856176 (±0.057683967)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 537.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: PhiM1 ejectosome C4 reconstruction, Half map B.

ファイルemd_43110_half_map_1.map
注釈PhiM1 ejectosome C4 reconstruction, Half map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: PhiM1 ejectosome C4 reconstruction, Half map A.

ファイルemd_43110_half_map_2.map
注釈PhiM1 ejectosome C4 reconstruction, Half map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pectobacterium phage PhiM1

全体名称: Pectobacterium phage PhiM1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Pectobacterium phage PhiM1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Tetrameric ejection protein (gp48)
    • タンパク質・ペプチド: Octameric ejection protein (gp49)
    • タンパク質・ペプチド: Ejection protein 3 (gp50)

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超分子 #1: Pectobacterium phage PhiM1

超分子名称: Pectobacterium phage PhiM1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Virus cultured through infection of host Pectobactrium atrocepticum strain SCRI1043.
NCBI-ID: 1211386 / 生物種: Pectobacterium phage PhiM1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Pectobactrium atrocepticum / 株: SCRI1043
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 635.0 Å / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: Tetrameric ejection protein (gp48)

分子名称: Tetrameric ejection protein (gp48) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage PhiM1 (ファージ)
分子量理論値: 135.391469 KDa
配列文字列: MIHLRPDSTA YARSAAVSAN PAVGGYVTPD NTVLEGQNPS ALVQAMQKPV ASVTDSFKAT LSESIGAKAL RGVEYASIPT EAGFEPSKA LGDSVSQYTA DELEFLSDAR SSAELAQRRS QVQDTRNNYD AMGQNMLTTV AASMLDVDMV IGGGVGALSK V SRATRLAV ...文字列:
MIHLRPDSTA YARSAAVSAN PAVGGYVTPD NTVLEGQNPS ALVQAMQKPV ASVTDSFKAT LSESIGAKAL RGVEYASIPT EAGFEPSKA LGDSVSQYTA DELEFLSDAR SSAELAQRRS QVQDTRNNYD AMGQNMLTTV AASMLDVDMV IGGGVGALSK V SRATRLAV GLSANAALLG TASYGGTITP LDVVGTSVGI AMSAIPGIRK VAKAEQVQQG AVRGGVNAAE DAAGTVVPPK DV TVPPVRE VPEVQPIKTV ADEDYPKIDI DTYSNKEHIE VGRTGGAKTG SLKTTVQNAV LAVTALGDDL PEGVRALGRA LGA SLEADA DVPVVFRSRT GANAQARSAV ITEAETGATR AEIFNPAVGG TLSDHVRGMS TYEKTILLHE AAHAKTGRSI RAVE SGAVS DGVVYEAVQR IKEIQWYVKA NVELPPLGKG AKYNVDYGLS DTHEFISQLF NSEHFRDALR SVKMPGSDGT LLSNL MKRV VTLFTGKAPE GNAFDATLQA FDNLLSQPTT PADVFLNAPK ATPDLQSKVL QAPNVIEMNN KVMGALNRNF SLYERL KSF GYKASTLADQ LVVDATGTEA NSAAHHARAA HLASNVSIVQ VDDAFRQALS ADWPLVQRLR HPVLYREAQR DLSQKVY QQ LAENHDRFLK GQSIQPSNDP RVNSMVDAFV NSNWAKDELA RVKGAGINGA DAVRESPYYL PRQHSGNKLN DFMRNNRQ V TKDDIVGMYT EQFSRMFQQN GITPETARKL GAKMFDNMQD QAAHVQGYRQ SIAGMSYDDI ENTLEALGAS DPTITAFLD AVKGSGEQAN KVRNLRGRAE FDMTAQYTTK SGDMISPSMF VNNDVMGLME GYSRRMSGRV GLAKAGFPDL RDAVKAIDEA AAEAQDPAA ALHAFDNTMN QILGYPTGED VPDILRSASI IGGALNLANS GIYQLADMSL MLQQFGITKT LKAFGSTAFG R NAMDVAKS AEFGSRLQDV IEARHVLSGK YRSVLTHLED NRDIGSLGVA HRYVQQMGQG TRFVNGMEFI RRGQAKLVSG LI ADTVDDA IAGNASAVTA MERFGLNQQL LDELRKATAA NPDMRKWPDS VRMDIEAVTH NMADSIVLEN RLGEIPAWMQ FSS VGKVIL PYMTFVAGAW NKILRRTAKL DGATGVAIAL AYQMPLVTLS SATSIAISGK PVTPESVAQR ALVQVPMMSW AGFA VDFWA NGASNNLAAL ALVDRMHAAM SSIASGETNP ESLIKAVPFL SILPGMRLMG ASLADDDE

UniProtKB: Putative internal core protein

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分子 #2: Octameric ejection protein (gp49)

分子名称: Octameric ejection protein (gp49) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage PhiM1 (ファージ)
分子量理論値: 98.011359 KDa
配列文字列: MPVRQPTQGG VQVPGLTGYQ SAGVAQPVYR APQEEAQGVS QFWQNLLPAS VKTAQAAQQT ASAKGYLEGQ QDSQQGREKQ VRNFFTKEA YEQGYNSASV NSALASFQLG LQNTAQQYVN SGKTPEEFNV HVQQQTNQLL QEAGAQGLNL NDKDWQAWLG S VEHSRNTA ...文字列:
MPVRQPTQGG VQVPGLTGYQ SAGVAQPVYR APQEEAQGVS QFWQNLLPAS VKTAQAAQQT ASAKGYLEGQ QDSQQGREKQ VRNFFTKEA YEQGYNSASV NSALASFQLG LQNTAQQYVN SGKTPEEFNV HVQQQTNQLL QEAGAQGLNL NDKDWQAWLG S VEHSRNTA NASYQDLNLK RAAVLQEQSW GARGNAAIAD FVTAQQSGDT EQALQNVNSF ISSVTHDDSI TAENKIKYTS QF VVNAFAN ANSTGDMQAL TGYVQSLSEF KNMPTDVQTQ IMGSAQQYYQ QRASDESVQL YEYNSRVNSV TDYKTLNEAY PMA QYIGTV MQAVQQKKLS PGTGYGMVDA ESQRRLKMQK AEQGQLAYTN GVTISDIAAG TGESLDKVKG ELTKMYATIG QGYS GGGLQ LMQRGLKSGA QDITGVGIEM MQQDAQSLSG IDWRNLKTDA DGKPLYPAAV VGSLGNLQAA YQSALAAGNQ VQANQ LLSG LPDPVVYGIR QNVDARDLAD VVGKRAQDIA SGKVLALPAN MPADVSITQA DVTAGIFDLG LGKDARNRNM LGIQSW VFT SDADEKAAQA RVSQVNSAMN NEYVYNQQRG SLPALVGDDL KSWLMGKVAS RTVRVKDGTD NGALLVLPEV GDKQKVF GS TDNGIIESAL TESVTNFKKQ YPQATTVQMD YDPLTQELIF QGVNAENQLG TTRASIPAAD FRNTVRGVQN TLTQNGSG T TQGNLNVPGA GFVSFNAGNS FGIQKNVVMG AVNQLVSYEG YTPSKGFSVL GVHPTTGAKL NEDKYVKQAT DTPQVAADK FNMYLNDKVY PLVMPKMEQY KNLPGYIQNN IYNALVETTY HSGNSDVFDK YIQTALYGNV QEIPTFKDTP LFKDAGAGSR RNVDRYQLL GSLVTYRTNN PNLSK

UniProtKB: Internal virion protein B

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分子 #3: Ejection protein 3 (gp50)

分子名称: Ejection protein 3 (gp50) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage PhiM1 (ファージ)
分子量理論値: 21.537678 KDa
配列文字列: MIWMFAAAAA QMIQGGLQYA QDAKNQRRQN KADQKYNEAV RSASARQITE INTQRSVSRA QTAQALDAAR RQGAGESSAR NLQAAATDT MGASVEQNLQ EVGVQLAAAE GNLMQNAELT ELSLDSSVMN TVDQARNSIR ELSNPLGTDW AATGSAVGQI G TSMVANKL ...文字列:
MIWMFAAAAA QMIQGGLQYA QDAKNQRRQN KADQKYNEAV RSASARQITE INTQRSVSRA QTAQALDAAR RQGAGESSAR NLQAAATDT MGASVEQNLQ EVGVQLAAAE GNLMQNAELT ELSLDSSVMN TVDQARNSIR ELSNPLGTDW AATGSAVGQI G TSMVANKL GGQGWFGGNS GTQQPAPISQ AAPPTRSNNL STRLNV

UniProtKB: Putative internal virion protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度20 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 10 mM Tris HCl pH 7.4, 10 mM MgSO4 and 0.01% w/v gelatin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: -ve charging.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample had a tendency to sit at the edges of holes, or where ice was slightly thicker.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 4429 / 平均露光時間: 12.02 sec. / 平均電子線量: 53.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 36765 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.1) / 使用した粒子像数: 17729
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Initial models were developed using AlphaFold-2, and were docked into EM maps. Models were then flexibly fit using chimeraX, followed by manual refinement using a combination of ISOLDE (ChimeraX) and coot. Automatic refinements were performed in PHENIX real space refine.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8vb2:
C4 pre-infection ejectosome of the mature bacteriophage PhiM1 particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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