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- EMDB-43109: Asymmetric unit of bacteriophage PhiM1 mature capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43109
タイトルAsymmetric unit of bacteriophage PhiM1 mature capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Pectobacterium phage PhiM1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein (gp38)
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-claw decoration protein (gp44)
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-paw decoration protein (gp43)
キーワードMature capsid / Bacteriophage / Decoration protein / alpha-claw / VIRUS
機能・相同性Putative capsid protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Pectobacterium phage PhiM1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Eruera A / Hodgkinson-Bean J
資金援助 ニュージーランド, 1件
OrganizationGrant number国
Other private ニュージーランド
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2024
タイトル: Ejectosome of bacteriophage ΦM1.
著者: Alice-Roza Eruera / James Hodgkinson-Bean / Georgia L Rutter / Francesca R Hills / Rosheny Kumaran / Alexander J M Crowe / Nickhil Jadav / Fangfang Chang / Klemens McJarrow-Keller / Fátima ...著者: Alice-Roza Eruera / James Hodgkinson-Bean / Georgia L Rutter / Francesca R Hills / Rosheny Kumaran / Alexander J M Crowe / Nickhil Jadav / Fangfang Chang / Klemens McJarrow-Keller / Fátima Jorge / Jaekyung Hyun / Hyejin Kim / Bumhan Ryu / Mihnea Bostina /
要旨: Podophages that infect gram-negative bacteria, such as pathogen ΦM1, encode tail assemblies too short to extend across the complex gram-negative cell wall. To overcome this, podophages encode a ...Podophages that infect gram-negative bacteria, such as pathogen ΦM1, encode tail assemblies too short to extend across the complex gram-negative cell wall. To overcome this, podophages encode a large protein complex (ejectosome) packaged inside the viral capsid and correspondingly ejected during infection to form a transient channel that spans the periplasmic space. Here, we describe the ejectosome of bacteriophage ΦM1 to a resolution of 3.32 Å by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). The core consists of tetrameric and octameric ejection proteins which form a ∼1.5-MDa ejectosome that must transition through the ∼30 Å aperture created by the short tail nozzle assembly that acts as the conduit for the passage of DNA during infection. The ejectosome forms several grooves into which coils of genomic DNA are fit before the DNA sharply turns and goes down the tunnel and into the portal. In addition, we reconstructed the icosahedral capsid and hybrid tail apparatus to resolutions between 3.04 and 3.23 Å, and note an uncommon fold adopted by the dimerized decoration proteins which further emphasize the structural diversity of podophages. These reconstructions have allowed the generation of a complete atomic model of the ΦM1, uncovering two distinct decoration proteins and highlighting the exquisite structural diversity of tailed bacteriophages.
履歴
登録2023年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月23日-
マップ公開2024年10月23日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43109.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43109.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 700 pix.
= 980. Å		1.4 Å/pix.
x 700 pix.
= 980. Å		1.4 Å/pix.
x 700 pix.
= 980. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.5830078 - 3.284967
平均 (標準偏差)0.0077206264 (±0.16179699)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ700700700
Spacing700700700
セルA=B=C: 980.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43109_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43109_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pectobacterium phage PhiM1

全体名称: Pectobacterium phage PhiM1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Pectobacterium phage PhiM1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein (gp38)
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-claw decoration protein (gp44)
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-paw decoration protein (gp43)

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超分子 #1: Pectobacterium phage PhiM1

超分子名称: Pectobacterium phage PhiM1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Phage sample produced from natural infection of Pectobacterium atrosepticum
NCBI-ID: 1211386 / 生物種: Pectobacterium phage PhiM1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 635.0 Å / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: Major capsid protein (gp38)

分子名称: Major capsid protein (gp38) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage PhiM1 (ファージ)
分子量理論値: 36.44877 KDa
配列文字列: MSDTPYKADL SRVHWAGSNS DVDIHLEIFE GDVDSGFMYN SFFRGNSSYV SVQDQSNQAR IDRMNTVTIK GRTPGQKLDR ESVKNDKLV ITVDTVTYAS TVMDWQDDWT SPDRWAEIGA QHGYQHARLF DTAHLIQIIK ARKWIAPADL KPAFFDGKEY T AAYNADRE ...文字列:
MSDTPYKADL SRVHWAGSNS DVDIHLEIFE GDVDSGFMYN SFFRGNSSYV SVQDQSNQAR IDRMNTVTIK GRTPGQKLDR ESVKNDKLV ITVDTVTYAS TVMDWQDDWT SPDRWAEIGA QHGYQHARLF DTAHLIQIIK ARKWIAPADL KPAFFDGKEY T AAYNADRE LFAANIIDAH RQGIEEMVRR DLGGSLTEFI TVVSPYVFGL LLDSKKLVNV DYSAGNGNFA ERRVGMVNGV RI VESARFP AAAGTSPLGA AFTVDADDVA CQMVVYHPKM TLVTVEAKPL ATNKYPDNPN FSDILDSFTL YTVGQRRPDT SFA VKLTNL P

UniProtKB: Putative capsid protein

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分子 #2: Alpha-claw decoration protein (gp44)

分子名称: Alpha-claw decoration protein (gp44) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage PhiM1 (ファージ)
分子量理論値: 6.334274 KDa
配列文字列:
MAITTGTTEA QALNMTMRDA VLKVAPGVQQ LVQNSSQLTA AEIAIIQTNI TALKAAFTAA GA

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #3: Alpha-paw decoration protein (gp43)

分子名称: Alpha-paw decoration protein (gp43) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage PhiM1 (ファージ)
分子量理論値: 17.263197 KDa
配列文字列:
MSLVTATAAQ RIALRNTATN LSEQTQVYAQ SATAPTAAEA AIVQPYIDAA QAAITAVGAG GATVANGATV AVVNSASADS HNATATVTG TTLTNVKLAA TVAFVDNADT ITVQNSAGTA VAGTHTATVA AGVISNVKLA ATIAPVASGL ALTGVTPTGT Y TNTVTFTV AAGVITAIVL S

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, 10 mM MgSO4, 0.01% w/v gelatine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: 45 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5279
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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