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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Myxococcus xanthus HEnc-K417N(A) protein shell with icosahedral T=3 symmetry | |||||||||
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![]() | encapsulin / nanocompartment / nanoparticle / cage / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.91 Å | |||||||||
![]() | Hernandez C / Jenkins MC / Kopylov M | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Heterologous Prime-Boost with Immunologically Orthogonal Protein Nanoparticles for Peptide Immunofocusing 著者: Bhattacharya S / Jenkins MC / Keshavarz-Joud P / Bourque AR / White K / Alvarez Barkane AM / Bryksin A / Hernandez C / Kopylov M / Finn MG | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 30.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 109.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 58.9 MB 58.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 802 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 801.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.408 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43036_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43036_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Myxococcus xanthus EncA protein modified with a his-tag and K417N...
全体 | 名称: Myxococcus xanthus EncA protein modified with a his-tag and K417N(A) insertion: icosahedral T1 shell |
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要素 |
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-超分子 #1: Myxococcus xanthus EncA protein modified with a his-tag and K417N...
超分子 | 名称: Myxococcus xanthus EncA protein modified with a his-tag and K417N(A) insertion: icosahedral T1 shell タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 6.094 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 10 second wait, 1 second blot. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2971 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: NYSBC session m23aug21f, px size 1.204 A, 25 frames |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |