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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of doubly-bound SNF2h-nucleosome complex | |||||||||||||||
![]() | Double-bound SNF2h-nucleosome structure (cryoSPARC local refinement) | |||||||||||||||
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![]() | nucleosome / chromatin remodeler / ISWI / SNF2h / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() histone octamer slider activity / RSF complex / ACF complex / WICH complex / negative regulation of mitotic chromosome condensation / CHRAC / NoRC complex / : / B-WICH complex / NURF complex ...histone octamer slider activity / RSF complex / ACF complex / WICH complex / negative regulation of mitotic chromosome condensation / CHRAC / NoRC complex / : / B-WICH complex / NURF complex / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of DNA replication / ATP-dependent activity, acting on DNA / pericentric heterochromatin / heterochromatin formation / nucleosome binding / condensed chromosome / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / helicase activity / positive regulation of DNA replication / cellular response to leukemia inhibitory factor / DNA-templated transcription initiation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / fibrillar center / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / site of double-strand break / histone binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||||||||
![]() | Chio US / Palovcak E / Armache JP / Narlikar GJ / Cheng Y | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Functionalized graphene-oxide grids enable high-resolution cryo-EM structures of the SNF2h-nucleosome complex without crosslinking. 著者: Un Seng Chio / Eugene Palovcak / Anton A A Smith / Henriette Autzen / Elise N Muñoz / Zanlin Yu / Feng Wang / David A Agard / Jean-Paul Armache / Geeta J Narlikar / Yifan Cheng / ![]() ![]() 要旨: Single-particle cryo-EM is widely used to determine enzyme-nucleosome complex structures. However, cryo-EM sample preparation remains challenging and inconsistent due to complex denaturation at the ...Single-particle cryo-EM is widely used to determine enzyme-nucleosome complex structures. However, cryo-EM sample preparation remains challenging and inconsistent due to complex denaturation at the air-water interface (AWI). Here, to address this issue, we develop graphene-oxide-coated EM grids functionalized with either single-stranded DNA (ssDNA) or thiol-poly(acrylic acid-co-styrene) (TAASTY) co-polymer. These grids protect complexes between the chromatin remodeler SNF2h and nucleosomes from the AWI and facilitate collection of high-quality micrographs of intact SNF2h-nucleosome complexes in the absence of crosslinking. The data yields maps ranging from 2.3 to 3 Å in resolution. 3D variability analysis reveals nucleotide-state linked conformational changes in SNF2h bound to a nucleosome. In addition, the analysis provides structural evidence for asymmetric coordination between two SNF2h protomers acting on the same nucleosome. We envision these grids will enable similar detailed structural analyses for other enzyme-nucleosome complexes and possibly other protein-nucleic acid complexes in general. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 108.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 30.8 KB 30.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 106.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 200.2 MB 200.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8v6vMC ![]() 8v4yC ![]() 8v7lC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Double-bound SNF2h-nucleosome structure (cryoSPARC local refinement) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8468 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_43002_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_43002_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : ATP-dependent chromatin remodeler SNF2h in complex with nucleosome
+超分子 #1: ATP-dependent chromatin remodeler SNF2h in complex with nucleosome
+超分子 #2: Nucleosome with Xenopus laevis histones
+超分子 #3: SNF2h
+分子 #1: Histone H3.2
+分子 #2: Histone H4
+分子 #3: Histone H2A type 1
+分子 #4: Histone H2B
+分子 #7: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of ch...
+分子 #5: Widom 601 DNA (147-mer) with 60 base pairs flanking DNA (reverse ...
+分子 #6: Widom 601 DNA (147-mer) with 60 base pairs flanking DNA (forward ...
+分子 #8: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #9: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol | ||||||||||||||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1 | ||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||||||||||||||
詳細 | 100 nM nucleosome with 500 nM SNF2h |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |