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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||
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タイトル | Inactivated-state cryo-EM structure of human TRPV3 in presence of tetrahydrocannabivarin (THCV) in cNW30 nanodiscs | ||||||||||||||||||
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![]() | transient receptor potential V family member 3 / TRP / channel / TRPV3 / TRP channels / membrane protein / tetrahydrocannabivarin / THCV | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of hair cycle / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / receptor complex / lysosome / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Nadezhdin KD / Neuberger A / Sobolevsky AI | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: TRPV3 activation by different agonists accompanied by lipid dissociation from the vanilloid site. 著者: Kirill D Nadezhdin / Arthur Neuberger / Lena S Khosrof / Irina A Talyzina / Jeffrey Khau / Maria V Yelshanskaya / Alexander I Sobolevsky / ![]() 要旨: TRPV3 represents both temperature- and ligand-activated transient receptor potential (TRP) channel. Physiologically relevant opening of TRPV3 channels by heat has been captured structurally, while ...TRPV3 represents both temperature- and ligand-activated transient receptor potential (TRP) channel. Physiologically relevant opening of TRPV3 channels by heat has been captured structurally, while opening by agonists has only been observed in structures of mutant channels. Here, we present cryo-EM structures that illuminate opening and inactivation of wild-type human TRPV3 in response to binding of two types of agonists: either the natural cannabinoid tetrahydrocannabivarin (THCV) or synthetic agonist 2-aminoethoxydiphenylborane (2-APB). We found that THCV binds to the vanilloid site, while 2-APB binds to the S1-S4 base and ARD-TMD linker sites. Despite binding to distally located sites, both agonists induce similar pore opening and cause dissociation of a lipid that occupies the vanilloid site in their absence. Our results uncover different but converging allosteric pathways through which small-molecule agonists activate TRPV3 and provide a framework for drug design and understanding the role of lipids in ion channel function. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 91.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.2 MB 59.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42996_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42996_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : full-length human TRPV3 in complex with THCV
全体 | 名称: full-length human TRPV3 in complex with THCV |
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要素 |
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-超分子 #1: full-length human TRPV3 in complex with THCV
超分子 | 名称: full-length human TRPV3 in complex with THCV / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 370 KDa |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 92.680016 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKAHPKEMVP LMGKRVAAPS GNPAILPEKR PAEITPTKKS AHFFLEIEGF EPNPTVAKTS PPVFSKPMDS NIRQCISGNC DDMDSPQSP QDDVTETPSN PNSPSAQLAK EEQRRKKRRL KKRIFAAVSE GCVEELVELL VELQELCRRR HDEDVPDFLM H KLTASDTG ...文字列: MKAHPKEMVP LMGKRVAAPS GNPAILPEKR PAEITPTKKS AHFFLEIEGF EPNPTVAKTS PPVFSKPMDS NIRQCISGNC DDMDSPQSP QDDVTETPSN PNSPSAQLAK EEQRRKKRRL KKRIFAAVSE GCVEELVELL VELQELCRRR HDEDVPDFLM H KLTASDTG KTCLMKALLN INPNTKEIVR ILLAFAEEND ILGRFINAEY TEEAYEGQTA LNIAIERRQG DIAALLIAAG AD VNAHAKG AFFNPKYQHE GFYFGETPLA LAACTNQPEI VQLLMEHEQT DITSRDSRGN NILHALVTVA EDFKTQNDFV KRM YDMILL RSGNWELETT RNNDGLTPLQ LAAKMGKAEI LKYILSREIK EKRLRSLSRK FTDWAYGPVS SSLYDLTNVD TTTD NSVLE ITVYNTNIDN RHEMLTLEPL HTLLHMKWKK FAKHMFFLSF CFYFFYNITL TLVSYYRPRE EEAIPHPLAL THKMG WLQL LGRMFVLIWA MCISVKEGIA IFLLRPSDLQ SILSDAWFHF VFFIQAVLVI LSVFLYLFAY KEYLACLVLA MALGWA NML YYTRGFQSMG MYSVMIQKVI LHDVLKFLFV YIVFLLGFGV ALASLIEKCP KDNKDCSSYG SFSDAVLELF KLTIGLG DL NIQQNSKYPI LFLFLLITYV ILTFVLLLNM LIALMGETVE NVSKESERIW RLQRARTILE FEKMLPEWLR SRFRMGEL C KVAEDDFRLC LRINEVKWTE WKTHVSFLNE DPGPVRRTAD FNKIQDSSRN NSKTTLNAFE EVEEFPETSV LVPRGSAAA WSHPQFEK UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 |
-分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-POV: |
-分子 #3: Tetrahydrocannabivarin
分子 | 名称: Tetrahydrocannabivarin / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: I8E |
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分子量 | 理論値: 286.409 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-I8E: |
-分子 #4: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | human TRPV3 in cNW30 nanodiscs |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9938 / 平均露光時間: 3.4 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8v6m: |