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万見
- EMDB-42983: Structure of the Human Respirovirus 3 Fusion Protein Bound to Cam... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42983
タイトルStructure of the Human Respirovirus 3 Fusion Protein Bound to Camelid Nanobodies 4C03 and 4C06
マップデータFinal refinement volume. DeepEMhancer sharpened. Used for building coordinates.
試料
  • 複合体: Prefusion Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to Camelid nanobodies 4C03 and 4C06
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: Camelid Nanobody 4C03
    • タンパク質・ペプチド: Camelid Nanobody 4C06
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードviral fusion protein / camelid nanobodies / viral glycoprotein / membrane fusion / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Human respirovirus 3 (ウイルス) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Johnson NV / Ramamohan AR / McLellan JS
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for potent neutralization of human respirovirus type 3 by protective single-domain camelid antibodies.
著者: Nicole V Johnson / Revina C van Scherpenzeel / Mark J G Bakkers / Ajit R Ramamohan / Daan van Overveld / Lam Le / Johannes P M Langedijk / Joost A Kolkman / Jason S McLellan /
要旨: Respirovirus 3 is a leading cause of severe acute respiratory infections in vulnerable human populations. Entry into host cells is facilitated by the attachment glycoprotein and the fusion ...Respirovirus 3 is a leading cause of severe acute respiratory infections in vulnerable human populations. Entry into host cells is facilitated by the attachment glycoprotein and the fusion glycoprotein (F). Because of its crucial role, F represents an attractive therapeutic target. Here, we identify 13 F-directed heavy-chain-only antibody fragments that neutralize recombinant respirovirus 3. High-resolution cryo-EM structures of antibody fragments bound to the prefusion conformation of F reveal three distinct, previously uncharacterized epitopes. All three antibody fragments bind quaternary epitopes on F, suggesting mechanisms for neutralization that may include stabilization of the prefusion conformation. Studies in cotton rats demonstrate the prophylactic efficacy of these antibody fragments in reducing viral load in the lungs and nasal passages. These data highlight the potential of heavy-chain-only antibody fragments as effective interventions against respirovirus 3 infection and identify neutralizing epitopes that can be targeted for therapeutic development.
履歴
登録2023年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月22日-
マップ公開2024年5月22日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42983.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42983.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final refinement volume. DeepEMhancer sharpened. Used for building coordinates.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 320 pix.
= 300.8 Å		0.94 Å/pix.
x 320 pix.
= 300.8 Å		0.94 Å/pix.
x 320 pix.
= 300.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.035332188 - 1.5254257
平均 (標準偏差)0.0010358801 (±0.021555087)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 300.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Final refined volume. Sharpened map. Not DeepEMhancer sharpened.

ファイルemd_42983_additional_1.map
注釈Final refined volume. Sharpened map. Not DeepEMhancer sharpened.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_42983_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_42983_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Prefusion Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to Camelid na...

全体名称: Prefusion Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to Camelid nanobodies 4C03 and 4C06
要素
  • 複合体: Prefusion Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to Camelid nanobodies 4C03 and 4C06
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: Camelid Nanobody 4C03
    • タンパク質・ペプチド: Camelid Nanobody 4C06
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Prefusion Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to Camelid na...

超分子名称: Prefusion Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to Camelid nanobodies 4C03 and 4C06
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 277 KDa

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 55.364965 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QIDITKLQHV GVLVNSPKGM KISQNFETRY LILSLIPKIE DSNSCGDQQI KQYKRLLDRL IIPLYDGLRL QKDVIVTNQE SNENTDPRT ERFFGGVIGT IALGVATSAQ ITAAVALVEA KQARSDIEKL KEAIRDTNKA VQSVQSSPGN LIVAIKSVQD Y VNKEIVPC ...文字列:
QIDITKLQHV GVLVNSPKGM KISQNFETRY LILSLIPKIE DSNSCGDQQI KQYKRLLDRL IIPLYDGLRL QKDVIVTNQE SNENTDPRT ERFFGGVIGT IALGVATSAQ ITAAVALVEA KQARSDIEKL KEAIRDTNKA VQSVQSSPGN LIVAIKSVQD Y VNKEIVPC IARLGCEACG LLLGLALDQH YSELTNIFGD NIGSLQEKGI KLQGIASLYR TNITEIFTTS TVDKYDIYDL LF TESIKVR VIDVDLNDYS ITLQVRLPLL TRLLNTQIYK VDSISYNIQN REWYIPLPSH IMTKGAFLGG ADVKECIEAF SSY ICPSDP GFVLNHEMES CLSGNISQCP RTTVTSDIVP RYAFVNGGVV ANCITTTCTC NGIGNRINQP PDQGVKIITH KECN TIGIN GMLFNTNKEG TLAFYTPDDI TLNNSVALNP IDISIELNKA KSDLEESKEW IRRSNQKLDS IEDKIEEILS KIYHI ENEI ARIKKLIGEA EPEA

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #2: Camelid Nanobody 4C03

分子名称: Camelid Nanobody 4C03 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.726373 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVRAGGSLRL SCAASLRDLH TRTFYMGWFR QDPGKEREFV AAIDWNTGAA SYPDSVKGRF TISKDNARNA VYLQMNNLK PEDTAVYYCA VGRPPLNRPT LAYYWGQGTQ VTVSS

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分子 #3: Camelid Nanobody 4C06

分子名称: Camelid Nanobody 4C06 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 12.487816 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCSASGSLST IKALGWYRRA PGRERELVAS ITSAGETNYA DSAKGRFTVS TDNAKNTVDL RMNSLKPED TAVYYCYAES FVLNIYWGQG TQVTVSSG

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 336418
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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