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- EMDB-42981: Prefusion-stabilized Respirovirus type 3 Fusion protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42981
タイトルPrefusion-stabilized Respirovirus type 3 Fusion protein
マップデータFinal refinement volume. DeepEMhancer sharpened. Used to build coordinates.
試料
  • 複合体: Trimeric Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to 3 copies of nanobody 4C06
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: Camelid nanobody 4C06
キーワードfusion protein / viral glycoprotein / membrane fusion / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Human respirovirus 3 (ウイルス) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Johnson NV / McLellan JS
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Universal paramyxovirus vaccine design by stabilizing regions involved in structural transformation of the fusion protein.
著者: Johannes P M Langedijk / Freek Cox / Nicole V Johnson / Daan van Overveld / Lam Le / Ward van den Hoogen / Richard Voorzaat / Roland Zahn / Leslie van der Fits / Jarek Juraszek / Jason S ...著者: Johannes P M Langedijk / Freek Cox / Nicole V Johnson / Daan van Overveld / Lam Le / Ward van den Hoogen / Richard Voorzaat / Roland Zahn / Leslie van der Fits / Jarek Juraszek / Jason S McLellan / Mark J G Bakkers /
要旨: The Paramyxoviridae family encompasses medically significant RNA viruses, including human respiroviruses 1 and 3 (RV1, RV3), and zoonotic pathogens like Nipah virus (NiV). RV3, previously known as ...The Paramyxoviridae family encompasses medically significant RNA viruses, including human respiroviruses 1 and 3 (RV1, RV3), and zoonotic pathogens like Nipah virus (NiV). RV3, previously known as parainfluenza type 3, for which no vaccines or antivirals have been approved, causes respiratory tract infections in vulnerable populations. The RV3 fusion (F) protein is inherently metastable and will likely require prefusion (preF) stabilization for vaccine effectiveness. Here we used structure-based design to stabilize regions involved in structural transformation to generate a preF protein vaccine antigen with high expression and stability, and which, by stabilizing the coiled-coil stem region, does not require a heterologous trimerization domain. The preF candidate induces strong neutralizing antibody responses in both female naïve and pre-exposed mice and provides protection in a cotton rat challenge model (female). Despite the evolutionary distance of paramyxovirus F proteins, their structural transformation and local regions of instability are conserved, which allows successful transfer of stabilizing substitutions to the distant preF proteins of RV1 and NiV. This work presents a successful vaccine antigen design for RV3 and provides a toolbox for future paramyxovirus vaccine design and pandemic preparedness.
履歴
登録2023年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42981.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42981.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final refinement volume. DeepEMhancer sharpened. Used to build coordinates.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.024504988 - 1.5457215
平均 (標準偏差)0.00072672433 (±0.01850146)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 311.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Final refinement volume. Sharpened map, not DeepEMhancer sharpened.

ファイルemd_42981_additional_1.map
注釈Final refinement volume. Sharpened map, not DeepEMhancer sharpened.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_42981_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_42981_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trimeric Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to 3 copies of...

全体名称: Trimeric Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to 3 copies of nanobody 4C06
要素
  • 複合体: Trimeric Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to 3 copies of nanobody 4C06
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: Camelid nanobody 4C06

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超分子 #1: Trimeric Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to 3 copies of...

超分子名称: Trimeric Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to 3 copies of nanobody 4C06
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 232.5 KDa

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 54.147891 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPISILLIIT TMIMASHCQI DITKLQHVGV LVNSPKGMKI PQNFETRYLI LSLIPKIEDS NSCGDQQIKQ YKRLLDRLII PLYDGLRLM KDVIVTNQES NENTDPRTER FFGGVIGTIA LGVATSAQIT AAVALVEAKQ ARSDIEKLKE AIRDTNKAVQ S VQSSVGPP ...文字列:
MPISILLIIT TMIMASHCQI DITKLQHVGV LVNSPKGMKI PQNFETRYLI LSLIPKIEDS NSCGDQQIKQ YKRLLDRLII PLYDGLRLM KDVIVTNQES NENTDPRTER FFGGVIGTIA LGVATSAQIT AAVALVEAKQ ARSDIEKLKE AIRDTNKAVQ S VQSSVGPP IVAIKSVQDY VNKEIVPSIA RLGCEAAGLQ LGIALTQHYS ELTNIFGDNI GSLIEKGIKL QGIASLYRTN IT EIFTTST VDKYDIYDLL FTESIKVRVI DVDLNDYSIT LQVRLPLLTR LLNTQIYKVD SISYNIQNRE WYIPLPSHIM TKG AFLGGA DVKECIEAPS SYICPSDPGF VLNHEMESCL SGNISQCPRT TVTSDIVPRY AFVNGGVVAN CITTTCTCNG IGNR INQPP DQGVKIITHK ECNTIGINGM LFNTNKEGTL AFYTPDDITL NNSVALNPID ISIELNKAKS DLEEVKEWIR RVNQK LDSI GSGEPEA

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #2: Camelid nanobody 4C06

分子名称: Camelid nanobody 4C06 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 12.487816 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCSASGSLST IKALGWYRRA PGRERELVAS ITSAGETNYA DSAKGRFTVS TDNAKNTVDL RMNSLKPED TAVYYCYAES FVLNIYWGQG TQVTVSSG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6mjz

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 193265
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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