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- EMDB-42949: Microtubule inner proteins in the 48-nm doublet microtubule from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42949
タイトルMicrotubule inner proteins in the 48-nm doublet microtubule from the proximal region of Tetrahymena thermophila strain K40R
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: 48-nm proximal repeat unit of microtubule doublet from Tetrahymena thermophila strain K40R
    • タンパク質・ペプチド: CCDC81B
    • タンパク質・ペプチド: BMIP1
キーワードCilia / Axoneme / Doublet Microtubule / Microtubule Inner Protein / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
CCDC81, HU domain 1 / CCDC81, HU domain 2 / CCDC81 eukaryotic HU domain 1 / CCDC81 eukaryotic HU domain 2 / : / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. ...CCDC81, HU domain 1 / CCDC81, HU domain 2 / CCDC81 eukaryotic HU domain 1 / CCDC81 eukaryotic HU domain 2 / : / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
EF-hand protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Legal T / Bui KH / Yang SK
資金援助 カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-190195 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2022-04774 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 48-nm doublet microtubule from the proximal region of Tetrahymena thermophila strain K40R
著者: Bui KH
履歴
登録2023年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42949.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42949.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 512 pix.
= 701.44 Å		1.37 Å/pix.
x 512 pix.
= 701.44 Å		1.37 Å/pix.
x 512 pix.
= 701.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0526
最小 - 最大-0.010882882 - 2.2891333
平均 (標準偏差)0.010175973 (±0.06653601)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 701.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42949_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_42949_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_42949_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 48-nm proximal repeat unit of microtubule doublet from Tetrahymen...

全体名称: 48-nm proximal repeat unit of microtubule doublet from Tetrahymena thermophila strain K40R
要素
  • 細胞器官・細胞要素: 48-nm proximal repeat unit of microtubule doublet from Tetrahymena thermophila strain K40R
    • タンパク質・ペプチド: CCDC81B
    • タンパク質・ペプチド: BMIP1

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超分子 #1: 48-nm proximal repeat unit of microtubule doublet from Tetrahymen...

超分子名称: 48-nm proximal repeat unit of microtubule doublet from Tetrahymena thermophila strain K40R
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Single Particle Analysis of the proximal 48-nm repeating unit of the axoneme from intact cilia purified from Tetrahymena strain K40R
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: K40R / Organelle: Cilia
分子量理論値: 7.6 MDa

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分子 #1: CCDC81B

分子名称: CCDC81B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: K40R
分子量理論値: 179.311766 KDa
配列文字列: MRSVISEQSL ASTKTQKLFN NLISKGQSKI PLLEGQLDEE SLTKTWGAFG LYLSRQLRMG RGTNIPHFGT FTFSAPECNL TGVTNPIER DKQFRVPVFL VSKEFVLGQP IKTGIFIDKH IRPYNVQTSG SISVTKINFT EIAQYADQNK EAVKISFERI I RQLADQTR ...文字列:
MRSVISEQSL ASTKTQKLFN NLISKGQSKI PLLEGQLDEE SLTKTWGAFG LYLSRQLRMG RGTNIPHFGT FTFSAPECNL TGVTNPIER DKQFRVPVFL VSKEFVLGQP IKTGIFIDKH IRPYNVQTSG SISVTKINFT EIAQYADQNK EAVKISFERI I RQLADQTR QKRVVDMEIP GIGVFQVRNN IAAVHFDEYL IQNIKGVPKR PLSERKQKGD MNLTADRLSM LENTSRIGAD AE QYLKTKL GIDIDNISTK SRPLTAVRNA STSNLLQPNN KTLQRPATST TLRQSAINLK QPELGPLEFG LKRLKFWIRQ NCF NAQDAF LEMCNCALGR TRAQRVKVDY KQFFEAINKM ELDLNEEQIQ ELFKQLDANK DGYINYTDWR NTIKDDNDHL QYIK DVIYK RQLHTDDVLK TMGLDREHPP INKYQLKDAL KKLDLTLTDI KAIRVAQTLL GHEEYISMYD LARSFETIEE DDKIF DPSW FKDILYKIKQ KIMALENPNE IRESFENYDE HNEGILDTAN FKTCLMRSQL KLTVKEINRI VRYLPKVKVN NIDYYN FLK LVERVDINAS APDAVSDISE FAVKLGKFIK DKKFTIPSFL KTVRRFSFVL DSSNNQDYFV TLTQMSEFLH RNVFKGN DR LDIDFYVNEL DIDCDGYIKE NDVQSFLNRY TYFDQTQYTP LSMTRSLTLK SLDPRTVSMN TKTLYPFKAL SEAKVDTI L RDLRKKMELK KMKAAELFST LDADQDGFLT INEFSENIRK IIELSQPAID GFFAYMDKLH TGMVDLSSFL KVMRKSIVT KDQPIKEDNF DWENEMVFRI RQWFKKEGIT VEDSFRAIDQ NFKREINVDD LEIFLKDCLK VKSEELNKAK LDRLFKLIDQ YKRGKVNFV DWKRFIMEDF GYGMNQTIMG GKKIDNISSF DWKINARQQL GLVLTRRFST LSHSFDVISG YRKKLLFSHF K KWVQDTDA LRGFDLTESL MQELFSDLDS HNKGYLSESD WEIAFGGFDW EHQMHEEIKE YVKQNFKSIE KAFEFFCQGN QN KIIEQAD FNKAINSILP KRFIDSDLKD LWVYVSSGQP QVDFHRFKIA FQKYIPHYER TIEYDQENMR PKTAGPLSSL SKS TSWNNI YGASQLNGNS QNPFGTSSIV DGNEDDVFEE KLLSKIRRLL RPTIKSVKKV LEQLDVNNIG YITNLEFRNA IKTL NLGLA QNEVDLLLNI CEIDGRVNIK QFLKFIDFSE SDKKIVQRSI LKLREITNQV YTFLLSPKDA FRMFDVDSNG YLDFD QFSQ FIGKLSQLSG HDMLPYSIIK DLFEYIDSKK DGVIDQAEWM DIFNKFEYVP QASINKQPLS KATVYNLQKR PQTSFN KST LNELPHNKFN LEYISSNYPL TVKNEKIHQI SDKEKYGTMN KFFDEVERQP ESKPVQDNHF NQILGEWGKT KEFDKII IS IGKNRRFLLD MFGSLQQRNI PITFERAKAI IGQMLRNSGQ SLKEESWPII LKFAERNGLI DYKFLLEVYK ERIKRIDS H PIMSRNRSLQ KFTS

UniProtKB: EF-hand protein

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分子 #2: BMIP1

分子名称: BMIP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: K40R
分子量理論値: 28.564789 KDa
配列文字列: MQSTITSTTS LTPQQILNQI IKPEYIKYYS DWIHTANEKE ARGLQLLGAI YKHKGSKKFR AKPPSVQLQQ LHAQQEFDFQ KAEEMYRKS QITSSYGQEF GYLQKDLKPT QNVFKYKKCS DLPFAKPLSD LAKLFIDNWI ELNDELEFQE LVLACLRSLH S RCIAQEVP ...文字列:
MQSTITSTTS LTPQQILNQI IKPEYIKYYS DWIHTANEKE ARGLQLLGAI YKHKGSKKFR AKPPSVQLQQ LHAQQEFDFQ KAEEMYRKS QITSSYGQEF GYLQKDLKPT QNVFKYKKCS DLPFAKPLSD LAKLFIDNWI ELNDELEFQE LVLACLRSLH S RCIAQEVP KTEMKTKYEW KEDWNLSKPI RIDKAGSDLK AYKTNYNAIF KQRLKQEHIN EQLKQLDNSD FAKQLKIFKP FK IN

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

濃度2.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8537

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45618
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1), cryoSPARC (ver. 2.3))
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

mb72

chain_id: A1, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

m688

chain_id: A, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8v3l:
Microtubule inner proteins in the 48-nm doublet microtubule from the proximal region of Tetrahymena thermophila strain K40R

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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