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- EMDB-42943: Structure of the human systemic RNAi defective transmembrane prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42943
タイトルStructure of the human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1)
マップデータSharpened map resulting from local refinement in cryosparc
試料
  • 複合体: Human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1)
    • タンパク質・ペプチド: SID1 transmembrane family member 1,RNA-directed RNA polymerase L
キーワードRNA interference / transmembrane protein / cholesterol or dsRNA uptake family. / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / RNA transmembrane transporter activity / GDP polyribonucleotidyltransferase / RNA transport / cholesterol binding / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / double-stranded RNA binding / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm ...NNS virus cap methyltransferase / RNA transmembrane transporter activity / GDP polyribonucleotidyltransferase / RNA transport / cholesterol binding / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / double-stranded RNA binding / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / lysosome / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / SID1 transmembrane family / dsRNA-gated channel SID-1 / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase ...RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / SID1 transmembrane family / dsRNA-gated channel SID-1 / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L / SID1 transmembrane family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Navratna V / Kumar A / Rana JK / Mosalaganti S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Structure of the human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1) reveals the conformational flexibility of its lipid binding domain.
著者: Vikas Navratna / Arvind Kumar / Jaimin K Rana / Shyamal Mosalaganti /
要旨: In , inter-cellular transport of the small non-coding RNA causing systemic RNA interference (RNAi) is mediated by the transmembrane protein SID1, encoded by the gene in the systemic RNA interference- ...In , inter-cellular transport of the small non-coding RNA causing systemic RNA interference (RNAi) is mediated by the transmembrane protein SID1, encoded by the gene in the systemic RNA interference-defective () loci. SID1 shares structural and sequence similarity with cholesterol uptake protein 1 (CHUP1) and is classified as a member of the cholesterol uptake family (ChUP). Although systemic RNAi is not an evolutionarily conserved process, the gene products are found across the animal kingdom, suggesting the existence of other novel gene regulatory mechanisms mediated by small non-coding RNAs. Human homologs of gene products - hSIDT1 and hSIDT2 - mediate contact-dependent lipophilic small non-coding dsRNA transport. Here, we report the structure of recombinant human SIDT1. We find that the extra-cytosolic domain (ECD) of hSIDT1 adopts a double jelly roll fold, and the transmembrane domain (TMD) exists as two modules - a flexible lipid binding domain (LBD) and a rigid TMD core. Our structural analyses provide insights into the inherent conformational dynamics within the lipid binding domain in cholesterol uptake (ChUP) family members.
履歴
登録2023年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月26日-
マップ公開2024年6月26日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42943.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42943.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map resulting from local refinement in cryosparc
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-1.3586525 - 1.7783748
平均 (標準偏差)0.0014587787 (±0.034027606)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 306.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: UnSharpened map resulting from local refinement in cryosparc

ファイルemd_42943_additional_1.map
注釈UnSharpened map resulting from local refinement in cryosparc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Mask Used for refinement during local refinement refinement...

ファイルemd_42943_additional_2.map
注釈Mask Used for refinement during local refinement refinement of symmetry expanded particles in cryosparc
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map resulting from Local refinement in cryosparc

ファイルemd_42943_half_map_1.map
注釈Half map resulting from Local refinement in cryosparc
投影像・断面図
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ハーフマップ: Half map resulting from Local refinement in cryosparc

ファイルemd_42943_half_map_2.map
注釈Half map resulting from Local refinement in cryosparc
投影像・断面図
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試料の構成要素

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全体 : Human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1)

全体名称: Human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1)
要素
  • 複合体: Human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1)
    • タンパク質・ペプチド: SID1 transmembrane family member 1,RNA-directed RNA polymerase L

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超分子 #1: Human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1)

超分子名称: Human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Full length human SIDT1 expressed as a recombinant fusion protein with N-terminal GFP, in mammalian cells
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / Organelle: Lysosomes / 細胞中の位置: Lysosomal membrane
分子量理論値: 123.9 KDa

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分子 #1: SID1 transmembrane family member 1,RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: SID1 transmembrane family member 1,RNA-directed RNA polymerase L
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NNS virus cap methyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 124.098141 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRGCLRLALL CALPWLLLAA SPGHPAKSPR QPPAPRRDPF DAARGADFDH VYSGVVNLST ENIYSFNYTS QPDQVTAVRV YVNSSSENL NYPVLVVVRQ QKEVLSWQVP LLFQGLYQRS YNYQEVSRTL CPSEATNETG PLQQLIFVDV ASMAPLGAQY K LLVTKLKH ...文字列:
MRGCLRLALL CALPWLLLAA SPGHPAKSPR QPPAPRRDPF DAARGADFDH VYSGVVNLST ENIYSFNYTS QPDQVTAVRV YVNSSSENL NYPVLVVVRQ QKEVLSWQVP LLFQGLYQRS YNYQEVSRTL CPSEATNETG PLQQLIFVDV ASMAPLGAQY K LLVTKLKH FQLRTNVAFH FTASPSQPQY FLYKFPKDVD SVIIKVVSEM AYPCSVVSVQ NIMCPVYDLD HNVEFNGVYQ SM TKKAAIT LQKKDFPGEQ FFVVFVIKPE DYACGGSFFI QEKENQTWNL QRKKNLEVTI VPSIKESVYV KSSLFSVFIF LSF YLGCLL VGFVHYLRFQ RKSIDGSFGS NDGSGNMVAS HPIAASTPEG SNYGTIDESS SSPGRQMSSS DGGPPGQSDT DSSV EESDF DTMPDIESDK NIIRTKMFLY LSDLSRKDRR IVSKKYKIYF WNIITIAVFY ALPVIQLVIT YQTVVNVTGN QDICY YNFL CAHPLGVLSA FNNILSNLGH VLLGFLFLLI VLRRDILHRR ALEAKDIFAV EYGIPKHFGL FYAMGIALMM EGVLSA CYH VCPNYSNFQF DTSFMYMIAG LCMLKLYQTR HPDINASAYS AYASFAVVIM VTVLGVVFGK NDVWFWVIFS AIHVLAS LA LSTQIYYMGR FKIDLGIFRR AAMVFYTDCI QQCSRPLYMD RMVLLVVGNL VNWSFALFGL IYRPRDFASY MLGIFICN L LLYLAFYIIM KLRSSEKVLP VPLFCIVATA VMWAAALYFF FQNLSSWEGT PAESREKNRE CILLDFFDDH DIWHFLSAT ALFFSFLVLL TLDDDLDVVR RDQIPVFAAA FESRLEVLFQ GPAAAAVSKG EELFTGVVPI LVELDGDVNG HKFSVSGEGE GDATYGKLT LKFICTTGKL PVPWPTLVTT LTYGVQCFSR YPDHMKQHDF FKSAMPEGYV QERTIFFKDD GNYKTRAEVK F EGDTLVNR IELKGIDFKE DGNILGHKLE YNYNSHNVYI MADKQKNGIK VNFKIRHNIE DGSVQLADHY QQNTPIGDGP VL LPDNHYL STQSKLSKDP NEKRDHMVLL EFVTAAGITL GMDELYKSGG SGWSHPQFEK

UniProtKB: SID1 transmembrane family member 1, RNA-directed RNA polymerase L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
0.5 %C56H92O29Digitonin
25.0 mMNH2C(CH2OH)3Trizma base
200.0 mMNaClSodium Chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa / 詳細: 15 mA current
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細hSIDT1 in digitonin micelle, purified by Strep-Tactin affinity chromatography

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 17000 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3204173
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 122683
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Made using Model angelo
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8v38:
Structure of the human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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