[日本語] English
万見
- EMDB-42885: plasmodium falciparum Niemann-Pick type C1-related protein bound ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42885
タイトルplasmodium falciparum Niemann-Pick type C1-related protein bound with MMV009108
マップデータ
試料
  • 複合体: Niemann-Pick type C1-related protein
    • タンパク質・ペプチド: Niemann-Pick type C1-related protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: MMV009108
キーワードNiemann-Pick type C1-related protein / NCR1 / cholesterol transporter / plasmodium falciparum / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Protein patched/dispatched / : / Patched SSD / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / membrane / Niemann-Pick type C1-related protein
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Zhang Z / Lyu M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: The NCR1 transporter is an antimalarial target that exports cholesterol from the parasite's plasma membrane.
著者: Zhemin Zhang / Meinan Lyu / Xu Han / Sepalika Bandara / Meng Cui / Eva S Istvan / Xinran Geng / Marios L Tringides / William D Gregor / Masaru Miyagi / Jenna Oberstaller / John H Adams / ...著者: Zhemin Zhang / Meinan Lyu / Xu Han / Sepalika Bandara / Meng Cui / Eva S Istvan / Xinran Geng / Marios L Tringides / William D Gregor / Masaru Miyagi / Jenna Oberstaller / John H Adams / Youwei Zhang / Marvin T Nieman / Johannes von Lintig / Daniel E Goldberg / Edward W Yu /
要旨: Malaria, a devastating parasitic infection, is the leading cause of death in many developing countries. Unfortunately, the most deadliest causative agent of malaria, , has developed resistance to ...Malaria, a devastating parasitic infection, is the leading cause of death in many developing countries. Unfortunately, the most deadliest causative agent of malaria, , has developed resistance to nearly all currently available antimalarial drugs. The Niemann-Pick type C1-related (PfNCR1) transporter has been identified as a druggable target, but its structure and detailed molecular mechanism are not yet available. Here, we present three structures of PfNCR1 with and without the functional inhibitor MMV009108 at resolutions between 2.98 and 3.81 Å using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), suggesting that PfNCR1 binds cholesterol and forms a cholesterol transport tunnel to modulate the composition of the parasite plasma membrane. Cholesterol efflux assays show that PfNCR1 is an exporter capable of extruding cholesterol from the membrane. Additionally, the inhibition mechanism of MMV009108 appears to be due to a direct blockage of PfNCR1, preventing this transporter from shuttling cholesterol.
履歴
登録2023年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月20日-
マップ公開2024年11月20日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_42885.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42885.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.49219584 - 0.9587875
平均 (標準偏差)-0.00035529787 (±0.021318853)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 321.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_42885_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_42885_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Niemann-Pick type C1-related protein

全体名称: Niemann-Pick type C1-related protein
要素
  • 複合体: Niemann-Pick type C1-related protein
    • タンパク質・ペプチド: Niemann-Pick type C1-related protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: MMV009108

-
超分子 #1: Niemann-Pick type C1-related protein

超分子名称: Niemann-Pick type C1-related protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

-
分子 #1: Niemann-Pick type C1-related protein

分子名称: Niemann-Pick type C1-related protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 170.505406 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVKNFIHKL KELKQKSLDK FANLLYDYGG YVYDRPCTFI ICSLICCLLL TCGFYFKEHE KDIYKLYSIS NSYAYETNET INDFFYKSR RCFILVESNV NLLKPKILRE LQKFEEGTKD IEVDLSEINE CKTNSELPPE QSHVAKELYK TLIQRSEENL K SGKINGSL ...文字列:
MFVKNFIHKL KELKQKSLDK FANLLYDYGG YVYDRPCTFI ICSLICCLLL TCGFYFKEHE KDIYKLYSIS NSYAYETNET INDFFYKSR RCFILVESNV NLLKPKILRE LQKFEEGTKD IEVDLSEINE CKTNSELPPE QSHVAKELYK TLIQRSEENL K SGKINGSL FDYSDLDENG KSVLSLAGKE NNDDTLIEGD NKNDEETSAN NNNNEDDNNE DDNNEDDNNE DDNNENDNNN NN EDDNNND DDDDEDNEEE DEEKQKSLRE KLYRKIYEML KKKKENIVLD ENNPNVNFTD YKDDVFYPYQ YIPPMLIKAD RCK LQNVFG DKNLNIDLRE ASDGLKKQIT YTLEDICEKK YGDCNFSSLF LYYEKGNGYI DYPIKVDNLD FYVNRRTYKE MMFK GILGN MVYEKSGSKY IIKSANAIMT VIPLLNSHTY EPYALAYEKK LIDYVRFYNL DDIIQDEETN DDNDPFIRFH VFTDR SLED EVDRISKIDN LTRLLLLIGV LLIFMYALFN NVTSVLYRSK PLCAVMGIFC GFLGFLSGSG FLYFLGVKSV PPAETV PFL VIGVGVDDVF VILNSYSLLF MVKDNKKRIQ MCLKDSALAI TVTTLTNIIA FLISAISPFY SICAFSLFTA SSLFFGY LM VLTFLLSFLC IEAKLEKKKR NIFTGTFHLF RSIFMKSSKK NKKENKENNI HDDGDNDNDE KKKDLSLEVK NNEDDYEN I SIYEWIHNLY LFEESINKKK KNAALVYASN NGMSSNLNNV NEDGFPNPSK IVSMEDVKKR NIKKDDAYIN KEDEEGGGY YNKDDNKKKD ILGKKQKKNN NNVTLVSKKG EDNELDVYYE NLDEKTNDKY KMNNIKSSKL KYDNDKKDGA IINNRPSSDE EYKEEKDKN KINILNDVFN DITIKPNENI LLDRGDVIKS SGYDSSYNDL QSSSLPNPSS NEVLNKTTMV YNETDLKDNK K EIKSSKKN VKDIKKSDMI HDDTYDIINS NNKNILLSSN EINNNSNNTN KFNNNSTELA TKDTQQFING HDKNIYLLSS HD NALFYKY IYEEPKGNIG KYFRSLVKNY YVPFLSSRFG KTIVYIMFTI IIAMSIYGCT LMKKGIKYDK AFPVDSYVRR FTT AKIKYF PDFGDFIEVY YFDKHFINKY RGLEKNTKEA ASSFLYSDLT DRQIMNSPKI NKNVHWENTN LQEELINMHN TLES QEFVT SVANGFTFFL NKNKSSLRKE NPQEFYEIFA NWLKKDFVGN LFKNDFVFLN GKLVAWRFHY FQKNVDDSEI SSKWL KACK QITKLENHNV QMVCFHLSSI FNETDESIIE VTLINLGITI LTILVVTAYI IKGFYSCVII ALIIFLIDLC IFGFMC LCG ITMNIISMVI LVLSVGFSID HTSHIVQAFS HSMGRTRDEK MKESLHLMIG PVLHSGLSTW FVISTLFFSN KDFTVIF FQ TLSLVLFFSI TFSSMFLPVL LSSFGPLH

UniProtKB: Niemann-Pick type C1-related protein

-
分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

-
分子 #4: MMV009108

分子名称: MMV009108 / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: Y6F
分子量理論値: 415.572 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 5798543
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 82204
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る