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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | 3x3 tiled montage tomogram of a yeast lamella imaged with a square electron beam | |||||||||
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![]() | FIB-milled yeast / UNKNOWN FUNCTION | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 | |||||||||
![]() | Chua EYD / Alink LM / Kopylov M / Johnston J / Einsenstein F / de Marco A | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Square beams for optimal tiling in transmission electron microscopy. 著者: Eugene Y D Chua / Lambertus M Alink / Mykhailo Kopylov / Jake D Johnston / Fabian Eisenstein / Alex de Marco / ![]() ![]() 要旨: Imaging large fields of view at a high magnification requires tiling. Transmission electron microscopes typically have round beam profiles; therefore, tiling across a large area is either imperfect ...Imaging large fields of view at a high magnification requires tiling. Transmission electron microscopes typically have round beam profiles; therefore, tiling across a large area is either imperfect or results in uneven exposures, a problem for dose-sensitive samples. Here, we introduce a square electron beam that can easily be retrofitted in existing microscopes, and demonstrate its application, showing that it can tile nearly perfectly and deliver cryo-electron microscopy imaging with a resolution comparable to conventional set-ups. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 12.7 GB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 202.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 700.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 699.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Yeast
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Yeast
超分子 | 名称: Yeast / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
![]() | 電子線トモグラフィー法 |
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試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: YPD media |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus I |
詳細 | Extrapolated OD 600 ~20 |
加圧凍結法 | 装置: OTHER 詳細: Sample was high-pressure frozen directly on a 200 mesh grid sandwiched between two flat sides of 3 mm planchettes. The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Wohlwend HPF ...詳細: Sample was high-pressure frozen directly on a 200 mesh grid sandwiched between two flat sides of 3 mm planchettes. The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Wohlwend HPF Compact 01. This is not in a list of allowed values {'LEICA EM HPM100', 'OTHER', 'LEICA EM PACT', 'BAL-TEC HPM 010', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM PACT2'} so OTHER is written into the XML file. |
Cryo protectant | 5% glycerol |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 2 / 集束イオンビーム - 時間: 300 / 集束イオンビーム - 温度: 77 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 500 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 集束イオンビーム - 詳細: Lamellae were prepared using TFS AutoTEM. The settings specified are for the final polishing only. The complete set of parameters is described in the Waffle Method ...集束イオンビーム - 詳細: Lamellae were prepared using TFS AutoTEM. The settings specified are for the final polishing only. The complete set of parameters is described in the Waffle Method protocol paper here: https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9795037/. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 2.55 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | ソフトウェア - 名称: TOMO3D / 使用した粒子像数: 279 |
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