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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | E. coli 70S ribosome with unmodified P/E-tRNAPro(GGG) bound to slippery P-site CCC-C codon | |||||||||
![]() | main map | |||||||||
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![]() | 70S ribosome / tRNA / mRNA / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | ![]() DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / response to radiation ...DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / response to radiation / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
![]() | Kimbrough EM / Dunham CM / Nguyen HA | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An RNA modification prevents extended codon-anticodon interactions from facilitating +1 frameshifting 著者: Kimbrough EM / Nguyen HA / Li H / Bailey NA / Ning W / Mattingly JM / Gamper H / Hou YM / Gonzalez RL / Dunham CM | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 409.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 72.1 KB 72.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 59.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 13.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 466.4 MB 37.3 MB 411.6 MB 410.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8v03MC ![]() 8urmC ![]() 8utjC ![]() 8ux8C ![]() 8uxbC ![]() 8uz3C ![]() 8uzgC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | main map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0691 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: phenix autosharpened
ファイル | emd_42852_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | phenix autosharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: relion postprocessed
ファイル | emd_42852_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | relion postprocessed | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_42852_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_42852_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : E.coli 70S ribosomal complex with mRNA and P/E-tRNA
+超分子 #1: E.coli 70S ribosomal complex with mRNA and P/E-tRNA
+分子 #1: 23S ribosomal RNA
+分子 #2: 16S ribosomal RNA
+分子 #3: 5S ribosomal RNA
+分子 #4: mRNA
+分子 #5: tRNA ProL (GGG)
+分子 #6: 50S ribosomal protein L2
+分子 #7: 50S ribosomal protein L3
+分子 #8: 50S ribosomal protein L4
+分子 #9: 50S ribosomal protein L5
+分子 #10: 50S ribosomal protein L6
+分子 #11: 50S ribosomal protein L9
+分子 #12: Large ribosomal subunit protein uL13
+分子 #13: 50S ribosomal protein L14
+分子 #14: 50S ribosomal protein L15
+分子 #15: 50S ribosomal protein L16
+分子 #16: 50S ribosomal protein L17
+分子 #17: Large ribosomal subunit protein uL18
+分子 #18: Large ribosomal subunit protein bL19
+分子 #19: 50S ribosomal protein L20
+分子 #20: Large ribosomal subunit protein bL21
+分子 #21: 50S ribosomal protein L22
+分子 #22: 50S ribosomal protein L23
+分子 #23: 50S ribosomal protein L24
+分子 #24: Large ribosomal subunit protein bL25
+分子 #25: Large ribosomal subunit protein bL27
+分子 #26: 50S ribosomal protein L28
+分子 #27: Large ribosomal subunit protein uL29
+分子 #28: 50S ribosomal protein L30
+分子 #29: 50S ribosomal protein L32
+分子 #30: 50S ribosomal protein L33
+分子 #31: 50S ribosomal protein L34
+分子 #32: 50S ribosomal protein L35
+分子 #33: 50S ribosomal protein L36
+分子 #34: 30S ribosomal protein S2
+分子 #35: Small ribosomal subunit protein uS3
+分子 #36: 30S ribosomal protein S4
+分子 #37: 30S ribosomal protein S5
+分子 #38: 30S ribosomal protein S6
+分子 #39: 30S ribosomal protein S7
+分子 #40: Small ribosomal subunit protein uS8
+分子 #41: Small ribosomal subunit protein uS9
+分子 #42: Small ribosomal subunit protein uS10
+分子 #43: 30S ribosomal protein S11
+分子 #44: Small ribosomal subunit protein uS12
+分子 #45: 30S ribosomal protein S13
+分子 #46: Small ribosomal subunit protein uS14
+分子 #47: Small ribosomal subunit protein uS15
+分子 #48: 30S ribosomal protein S16
+分子 #49: Small ribosomal subunit protein uS17
+分子 #50: 30S ribosomal protein S18
+分子 #51: Small ribosomal subunit protein uS19
+分子 #52: 30S ribosomal protein S20
+分子 #53: 30S ribosomal protein S21
+分子 #54: MAGNESIUM ION
+分子 #55: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 56.07 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |