[日本語] English
万見
- EMDB-42851: 5x5 tiled montage tomogram of a holey carbon grid with apoferriti... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42851
タイトル5x5 tiled montage tomogram of a holey carbon grid with apoferritin imaged with a square electron beam
マップデータ5x5 tiled montage tomogram of a holey carbon grid with apoferritin imaged with a square electron beam
試料
  • 複合体: Mouse apoferritin at 8 mg/ml, on a carbon foil support
キーワードIron binding / storage / METAL BINDING PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Chua EYD / Alink LM / Kopylov M / Johnston J / Einsenstein F / de Marco A
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Simons FoundationSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2024
タイトル: Square beams for optimal tiling in transmission electron microscopy.
著者: Eugene Y D Chua / Lambertus M Alink / Mykhailo Kopylov / Jake D Johnston / Fabian Eisenstein / Alex de Marco /
要旨: Imaging large fields of view at a high magnification requires tiling. Transmission electron microscopes typically have round beam profiles; therefore, tiling across a large area is either imperfect ...Imaging large fields of view at a high magnification requires tiling. Transmission electron microscopes typically have round beam profiles; therefore, tiling across a large area is either imperfect or results in uneven exposures, a problem for dose-sensitive samples. Here, we introduce a square electron beam that can easily be retrofitted in existing microscopes, and demonstrate its application, showing that it can tile nearly perfectly and deliver cryo-electron microscopy imaging with a resolution comparable to conventional set-ups.
履歴
登録2023年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_42851.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42851.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈5x5 tiled montage tomogram of a holey carbon grid with apoferritin imaged with a square electron beam
ボクセルのサイズX=Y=Z: 14.04 Å
密度
最小 - 最大0.0 - 1958670720.0
平均 (標準偏差)592736000.0 (±45810516.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ35863410250
Spacing34103586250
セルA: 47876.4 Å / B: 50347.44 Å / C: 3510.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Mouse apoferritin at 8 mg/ml, on a carbon foil support

全体名称: Mouse apoferritin at 8 mg/ml, on a carbon foil support
要素
  • 複合体: Mouse apoferritin at 8 mg/ml, on a carbon foil support

-
超分子 #1: Mouse apoferritin at 8 mg/ml, on a carbon foil support

超分子名称: Mouse apoferritin at 8 mg/ml, on a carbon foil support
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 460 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.55 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 875

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る