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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42812 | |||||||||
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タイトル | PNMA2 capsid, overall icosahedral map | |||||||||
マップデータ | PNMA2 capsid, overall refinement, I4 symmetry | |||||||||
試料 |
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キーワード | capsid / endogenous retrovirus-like particle / paraneoplasm / antigen / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | : / : / PNMA N-terminal RRM-like domain / Paraneoplastic antigen Ma / PNMA / positive regulation of apoptotic process / nucleolus / Paraneoplastic antigen Ma2 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Wilkinson ME / Madigan V / Zhang Y / Zhang F | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Human paraneoplastic antigen Ma2 (PNMA2) forms icosahedral capsids that can be engineered for mRNA delivery. 著者: Victoria Madigan / Yugang Zhang / Rumya Raghavan / Max E Wilkinson / Guilhem Faure / Elena Puccio / Michael Segel / Blake Lash / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang / 要旨: A number of endogenous genes in the human genome encode retroviral -like proteins, which were domesticated from ancient retroelements. The paraneoplastic Ma antigen (PNMA) family members encode a - ...A number of endogenous genes in the human genome encode retroviral -like proteins, which were domesticated from ancient retroelements. The paraneoplastic Ma antigen (PNMA) family members encode a -like capsid domain, but their ability to assemble as capsids and traffic between cells remains mostly uncharacterized. Here, we systematically investigate human PNMA proteins and find that a number of PNMAs are secreted by human cells. We determine that PNMA2 forms icosahedral capsids efficiently but does not naturally encapsidate nucleic acids. We resolve the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of PNMA2 and leverage the structure to design engineered PNMA2 (ePNMA2) particles with RNA packaging abilities. Recombinantly purified ePNMA2 proteins package mRNA molecules into icosahedral capsids and can function as delivery vehicles in mammalian cell lines, demonstrating the potential for engineered endogenous capsids as a nucleic acid therapy delivery modality. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42812.map.gz | 165.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42812-v30.xml emd-42812.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42812_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42812.png | 189.5 KB | ||
マスクデータ | emd_42812_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-42812.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_42812_half_map_1.map.gz emd_42812_half_map_2.map.gz | 140 MB 140 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42812 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42812 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42812_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42812_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42812_validation.xml.gz | 20.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42812_validation.cif.gz | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42812 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42812 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8uyoMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42812.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | PNMA2 capsid, overall refinement, I4 symmetry | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9654 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_42812_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Refinement half-map 1
ファイル | emd_42812_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Refinement half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Refinement half-map 2
ファイル | emd_42812_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Refinement half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : PNMA2 icosahedral capsid
全体 | 名称: PNMA2 icosahedral capsid |
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要素 |
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-超分子 #1: PNMA2 icosahedral capsid
超分子 | 名称: PNMA2 icosahedral capsid / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 2.49 MDa |
-分子 #1: Paraneoplastic antigen Ma2
分子 | 名称: Paraneoplastic antigen Ma2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 41.557289 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MALALLEDWC RIMSVDEQKS LMVTGIPADF EEAEIQEVLQ ETLKSLGRYR LLGKIFRKQE NANAVLLELL EDTDVSAIPS EVQGKGGVW KVIFKTPNQD TEFLERLNLF LEKEGQTVSG MFRALGQEGV SPATVPCISP ELLAHLLGQA MAHAPQPLLP M RYRKLRVF ...文字列: MALALLEDWC RIMSVDEQKS LMVTGIPADF EEAEIQEVLQ ETLKSLGRYR LLGKIFRKQE NANAVLLELL EDTDVSAIPS EVQGKGGVW KVIFKTPNQD TEFLERLNLF LEKEGQTVSG MFRALGQEGV SPATVPCISP ELLAHLLGQA MAHAPQPLLP M RYRKLRVF SGSAVPAPEE ESFEVWLEQA TEIVKEWPVT EAEKKRWLAE SLRGPALDLM HIVQADNPSI SVEECLEAFK QV FGSLESR RTAQVRYLKT YQEEGEKVSA YVLRLETLLR RAVEKRAIPR RIADQVRLEQ VMAGATLNQM LWCRLRELKD QGP PPSFLE LMKVIREEEE EEASFENESI EEPEERDGYG RWNHEGDD UniProtKB: Paraneoplastic antigen Ma2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: phosphate buffered saline, pH 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17600 / 平均露光時間: 0.6 sec. / 平均電子線量: 30.68 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |