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- EMDB-42812: PNMA2 capsid, overall icosahedral map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42812
タイトルPNMA2 capsid, overall icosahedral map
マップデータPNMA2 capsid, overall refinement, I4 symmetry
試料
  • 複合体: PNMA2 icosahedral capsid
    • タンパク質・ペプチド: Paraneoplastic antigen Ma2
キーワードcapsid / endogenous retrovirus-like particle / paraneoplasm / antigen / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Paraneoplastic antigen Ma / : / : / PNMA / PNMA N-terminal RRM-like domain / positive regulation of apoptotic process / nucleolus / Paraneoplastic antigen Ma2
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wilkinson ME / Madigan V / Zhang Y / Zhang F
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Human paraneoplastic antigen Ma2 (PNMA2) forms icosahedral capsids that can be engineered for mRNA delivery.
著者: Victoria Madigan / Yugang Zhang / Rumya Raghavan / Max E Wilkinson / Guilhem Faure / Elena Puccio / Michael Segel / Blake Lash / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang /
要旨: A number of endogenous genes in the human genome encode retroviral -like proteins, which were domesticated from ancient retroelements. The paraneoplastic Ma antigen (PNMA) family members encode a - ...A number of endogenous genes in the human genome encode retroviral -like proteins, which were domesticated from ancient retroelements. The paraneoplastic Ma antigen (PNMA) family members encode a -like capsid domain, but their ability to assemble as capsids and traffic between cells remains mostly uncharacterized. Here, we systematically investigate human PNMA proteins and find that a number of PNMAs are secreted by human cells. We determine that PNMA2 forms icosahedral capsids efficiently but does not naturally encapsidate nucleic acids. We resolve the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of PNMA2 and leverage the structure to design engineered PNMA2 (ePNMA2) particles with RNA packaging abilities. Recombinantly purified ePNMA2 proteins package mRNA molecules into icosahedral capsids and can function as delivery vehicles in mammalian cell lines, demonstrating the potential for engineered endogenous capsids as a nucleic acid therapy delivery modality.
履歴
登録2023年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月20日-
マップ公開2024年3月20日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42812.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42812.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PNMA2 capsid, overall refinement, I4 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 360 pix.
= 347.544 Å		0.97 Å/pix.
x 360 pix.
= 347.544 Å		0.97 Å/pix.
x 360 pix.
= 347.544 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.029693514 - 0.06099679
平均 (標準偏差)0.00025883262 (±0.0028936306)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 347.544 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42812_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Refinement half-map 1

ファイルemd_42812_half_map_1.map
注釈Refinement half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Refinement half-map 2

ファイルemd_42812_half_map_2.map
注釈Refinement half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PNMA2 icosahedral capsid

全体名称: PNMA2 icosahedral capsid
要素
  • 複合体: PNMA2 icosahedral capsid
    • タンパク質・ペプチド: Paraneoplastic antigen Ma2

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超分子 #1: PNMA2 icosahedral capsid

超分子名称: PNMA2 icosahedral capsid / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.49 MDa

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分子 #1: Paraneoplastic antigen Ma2

分子名称: Paraneoplastic antigen Ma2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.557289 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MALALLEDWC RIMSVDEQKS LMVTGIPADF EEAEIQEVLQ ETLKSLGRYR LLGKIFRKQE NANAVLLELL EDTDVSAIPS EVQGKGGVW KVIFKTPNQD TEFLERLNLF LEKEGQTVSG MFRALGQEGV SPATVPCISP ELLAHLLGQA MAHAPQPLLP M RYRKLRVF ...文字列:
MALALLEDWC RIMSVDEQKS LMVTGIPADF EEAEIQEVLQ ETLKSLGRYR LLGKIFRKQE NANAVLLELL EDTDVSAIPS EVQGKGGVW KVIFKTPNQD TEFLERLNLF LEKEGQTVSG MFRALGQEGV SPATVPCISP ELLAHLLGQA MAHAPQPLLP M RYRKLRVF SGSAVPAPEE ESFEVWLEQA TEIVKEWPVT EAEKKRWLAE SLRGPALDLM HIVQADNPSI SVEECLEAFK QV FGSLESR RTAQVRYLKT YQEEGEKVSA YVLRLETLLR RAVEKRAIPR RIADQVRLEQ VMAGATLNQM LWCRLRELKD QGP PPSFLE LMKVIREEEE EEASFENESI EEPEERDGYG RWNHEGDD

UniProtKB: Paraneoplastic antigen Ma2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: phosphate buffered saline, pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17600 / 平均露光時間: 0.6 sec. / 平均電子線量: 30.68 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 722571
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.1) / 使用した粒子像数: 88320
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2-f1


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8uyo:
Structure of a recombinant human PNMA2 capsid

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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