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- EMDB-4266: ACP2 crosslinked to the KS of the loading/condensing region of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4266
タイトルACP2 crosslinked to the KS of the loading/condensing region of the CTB1 PKS
マップデータ
試料
  • 複合体: CTB1-SAT0-KS-MAT0=ACP2
    • タンパク質・ペプチド: Polyketide synthase
    • タンパク質・ペプチド: Polyketide synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide product template domain / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / CurL-like, PKS C-terminal / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : ...Polyketide product template domain / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / CurL-like, PKS C-terminal / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-reducing polyketide synthase CTB1
類似検索 - 構成要素
生物種Cercospora nicotianae (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Herbst DA / Huitt-Roehl CR / Jakob RP / Townsend CA / Maier T
資金援助 スイス, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation159696 スイス
Swiss National Science Foundation164074 スイス
Swiss National Science Foundation145023 スイス
National Institutes of HealthES001670 米国
Swiss National Science Foundation138262 スイス
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2018
タイトル: The structural organization of substrate loading in iterative polyketide synthases.
著者: Dominik A Herbst / Callie R Huitt-Roehl / Roman P Jakob / Jacob M Kravetz / Philip A Storm / Jamie R Alley / Craig A Townsend / Timm Maier /
要旨: Polyketide synthases (PKSs) are microbial multienzymes for the biosynthesis of biologically potent secondary metabolites. Polyketide production is initiated by the loading of a starter unit onto an ...Polyketide synthases (PKSs) are microbial multienzymes for the biosynthesis of biologically potent secondary metabolites. Polyketide production is initiated by the loading of a starter unit onto an integral acyl carrier protein (ACP) and its subsequent transfer to the ketosynthase (KS). Initial substrate loading is achieved either by multidomain loading modules or by the integration of designated loading domains, such as starter unit acyltransferases (SAT), whose structural integration into PKS remains unresolved. A crystal structure of the loading/condensing region of the nonreducing PKS CTB1 demonstrates the ordered insertion of a pseudodimeric SAT into the condensing region, which is aided by the SAT-KS linker. Cryo-electron microscopy of the post-loading state trapped by mechanism-based crosslinking of ACP to KS reveals asymmetry across the CTB1 loading/-condensing region, in accord with preferential 1:2 binding stoichiometry. These results are critical for re-engineering the loading step in polyketide biosynthesis and support functional relevance of asymmetric conformations of PKSs.
履歴
登録2018年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月14日-
マップ公開2018年3月21日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.031
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6fik
  • 表面レベル: 0.031
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4266.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4266.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 210 pix.
= 278.46 Å		1.33 Å/pix.
x 210 pix.
= 278.46 Å		1.33 Å/pix.
x 210 pix.
= 278.46 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.326 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.031 / ムービー #1: 0.031
最小 - 最大-0.066375345 - 0.1258531
平均 (標準偏差)0.00004180526 (±0.0051505407)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ210210210
Spacing210210210
セルA=B=C: 278.46 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3261.3261.326
M x/y/z210210210
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z278.460278.460278.460
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS210210210
D min/max/mean-0.0660.1260.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CTB1-SAT0-KS-MAT0=ACP2

全体名称: CTB1-SAT0-KS-MAT0=ACP2
要素
  • 複合体: CTB1-SAT0-KS-MAT0=ACP2
    • タンパク質・ペプチド: Polyketide synthase
    • タンパク質・ペプチド: Polyketide synthase

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超分子 #1: CTB1-SAT0-KS-MAT0=ACP2

超分子名称: CTB1-SAT0-KS-MAT0=ACP2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Cercospora nicotianae (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Polyketide synthase

分子名称: Polyketide synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: C553 in chain A is crosslinked to S1816 in chain C / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cercospora nicotianae (菌類)
分子量理論値: 140.255 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEDGAQMRVV AFGDQTYDCS EAVSQLLRVR DDAIVVDFLE RAPAVLKAEL ARLSSEQQEE TPRFATLAEL VPRYRAGTLN PAVSQALTC IAQLGLFIRQ HSSGQEAYPT AHDSCITGVA TGALTAVAVG SASSVTALVP LALHTVAVAV RLGARAWEIG S CLADARRG ...文字列:
MEDGAQMRVV AFGDQTYDCS EAVSQLLRVR DDAIVVDFLE RAPAVLKAEL ARLSSEQQEE TPRFATLAEL VPRYRAGTLN PAVSQALTC IAQLGLFIRQ HSSGQEAYPT AHDSCITGVA TGALTAVAVG SASSVTALVP LALHTVAVAV RLGARAWEIG S CLADARRG ANGRYASWTS AVGGISPQDL QDRISAYTAE QALASVSVPY LSAAVGPGQS SVSAAPVILD AFLSTLLRPL TT TRLPITA PYHAPHLFTA KDVQHVTDCL PPSEAWPTVR IPIISFSRDE AVSRGASFPA AMSEAVRDCL IRPIALDRMA VSI ANHARD LGKDSVLPSP IALSFSDKLG PQVNSHLPGA KAPTPELTSK SIPSAIGAEQ QPMAKSPIAI LAASGRFPQS SSMD QFWDV LINGVDTHEL VPPTRWNAAT HVSEDPKAKN VSGTGFGCWL HEAGEFDAAY FNMSPREAPQ VDPAQRLALL TATEA LEQA GVVPNRTSST QKNRVGVWYG ATSNDWMETN SAQNVDTYFI PGGNRAFIPG RVNYFHKFSG PSYTIDTACS SSLAAL HMA CNALWRGEVD TAIVGGTNVL TNPDMTAGLD AGHFLSRSGN CKTFDDEADG YCRGEAVVTL ILKRLPDAQA DKDPIQA SI LGIATNHSAE AASITRPHAG AQQDLFQQVL TETGLTANDI SVCEMHGTGT QAGDSGETTS VVETLAPLNR SGSAVRTT P LYIGAVKSNV GHAESAAGVS SLAKILLMLK HSKIPPHVGI KTKLNHRLPD LAARNTHIAR SEVPWPRPKN GKRRVLLNN FSAAGGNTCL VLEDAPEPED SQEVDPREHH IVALSAKTPD SMVNNLTNMI TWIDKHSGDS LATLPQLSYT TTARRVHHRH RAVATGTDL LQIRSSLQEQ LDRRVSGERS IPHPPNGPSF VLAFTGQGSA FAGMGVDLYK RFASFRSDIA RYDQICEGMS L PSIKAMFE DEKVFSTASP TLQQLTHVCF QMALYRLWKS LGVQAKAVVG HALGEYAALY AAGVLSQSDT LYLVGRRAQL ME KHLSQGT HAMLAVRAKE EAIVAAIDGP PGEAYEFSCR NGEQRNVLGG TVAQIQAAKA ALEAKKIRCQ YLDTPMAFHT GQV DPILPE LLQVAAACSI QDPQIPVISP AYGKVIRSAK DFQPEYFTHH CRSSVNMVDA LQSAVEEGLL DKNVIGLEIG PGPV VTQFV KEAVGTTMQT FASINKDKDT WQLMTQALAK FYLAGASVEW SRYHEDFPGA QKVLELPAYG WALKNYWLQY VNDWS LRKG DPAVVVAASA AALEHHHHHH

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分子 #2: Polyketide synthase

分子名称: Polyketide synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: S1816 is crosslinked to C553 in chain A / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cercospora nicotianae (菌類)
分子量理論値: 9.892837 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMDPSPNE IGTVWRDALK ILSEESGLTD EELTDDTSFA DVGVDSLMSL VITSRLRDEL DIDFPDRALF EECQTIFDLR KRFSGSTE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.27 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris(hydroxymethyl)aminomethan (TRIS)
50.0 mMNaClsodium chloride
2.5 mMC9H15O6Ptris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP)
グリッドモデル: Quantifoil Lacey carbon grid / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細The proteins have been crosslinked via site specific crosslinking.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 41.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 27707 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 4.1), Gctf (ver. 1.06))
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: generated from 2D class averages using e2initialmodel.py (EMAN2)
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 25107
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Fourier space
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 15000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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