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- EMDB-42613: M. tuberculosis CTP synthase bound to inhibitor GSK735826A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42613
タイトルM. tuberculosis CTP synthase bound to inhibitor GSK735826A
マップデータ
試料
  • 複合体: CTP synthase
    • タンパク質・ペプチド: CTP synthase
  • リガンド: GLUTAMINE
  • リガンド: N-[(4M)-4-(pyridin-2-yl)-1,3-thiazol-2-yl]-2H-[1,3]dioxolo[4,5-f][1,3]benzothiazol-6-amine
  • リガンド: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードmetabolic enzyme / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
CTP synthase / CTP synthase, N-terminal / CTP synthase GATase domain / CTP synthase N-terminus / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase-like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lynch EM / Kollman JM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI153048 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: M. tuberculosis CTP synthase bound to inhibitor GSK735826A
著者: Lynch EM / Kollman JM
履歴
登録2023年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42613.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42613.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 303.48 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 303.48 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 303.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.843 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.37
最小 - 最大-8.677013000000001 - 12.276762
平均 (標準偏差)-0.000000000001676 (±0.2880387)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 303.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42613_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_42613_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CTP synthase

全体名称: CTP synthase
要素
  • 複合体: CTP synthase
    • タンパク質・ペプチド: CTP synthase
  • リガンド: GLUTAMINE
  • リガンド: N-[(4M)-4-(pyridin-2-yl)-1,3-thiazol-2-yl]-2H-[1,3]dioxolo[4,5-f][1,3]benzothiazol-6-amine
  • リガンド: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: CTP synthase

超分子名称: CTP synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: CTP synthase

分子名称: CTP synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 64.542797 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRKHPQTATK HLFVSGGVAS SLGKGLTASS LGQLLTARGL HVTMQKLDPY LNVDPGTMNP FQHGEVFVTE DGAETDLDVG HYERFLDRN LPGSANVTTG QVYSTVIAKE RRGEYLGDTV QVIPHITDEI KRRILAMAQP DADGNRPDVV ITEIGGTVGD I ESQPFLEA ...文字列:
MRKHPQTATK HLFVSGGVAS SLGKGLTASS LGQLLTARGL HVTMQKLDPY LNVDPGTMNP FQHGEVFVTE DGAETDLDVG HYERFLDRN LPGSANVTTG QVYSTVIAKE RRGEYLGDTV QVIPHITDEI KRRILAMAQP DADGNRPDVV ITEIGGTVGD I ESQPFLEA ARQVRHYLGR EDVFFLHVSL VPYLAPSGEL KTKPTQHSVA ALRSIGITPD ALILRCDRDV PEALKNKIAL MC DVDIDGV ISTPDAPSIY DIPKVLHREE LDAFVVRRLN LPFRDVDWTE WDDLLRRVHE PHETVRIALV GKYVELSDAY LSV AEALRA GGFKHRAKVE ICWVASDGCE TTSGAAAALG DVHGVLIPGG FGIRGIEGKI GAIAYARARG LPVLGLCLGL QCIV IEAAR SVGLTNANSA EFDPDTPDPV IATMPDQEEI VAGEADLGGT MRLGSYPAVL EPDSVVAQAY QTTQVSERHR HRYEV NNAY RDKIAESGLR FSGTSPDGHL VEFVEYPPDR HPFVVGTQAH PELKSRPTRP HPLFVAFVGA AIDYKAGELL PVEIPE IPE HTPNGSSHRD GVGQPLPEPA SRGHHHHHH

UniProtKB: CTP synthase

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分子 #2: GLUTAMINE

分子名称: GLUTAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: GLN
分子量理論値: 146.144 Da
Chemical component information

ChemComp-GLN:
GLUTAMINE / グルタミン

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分子 #3: N-[(4M)-4-(pyridin-2-yl)-1,3-thiazol-2-yl]-2H-[1,3]dioxolo[4,5-f]...

分子名称: N-[(4M)-4-(pyridin-2-yl)-1,3-thiazol-2-yl]-2H-[1,3]dioxolo[4,5-f][1,3]benzothiazol-6-amine
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: XMW
分子量理論値: 354.406 Da

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分子 #4: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: UTP
分子量理論値: 484.141 Da
Chemical component information

ChemComp-UTP:
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / UTP*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 178988
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8uva:
M. tuberculosis CTP synthase bound to inhibitor GSK735826A

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原子モデル構築 2

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8uva:
M. tuberculosis CTP synthase bound to inhibitor GSK735826A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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