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万見
- EMDB-42608: Integrin aEb7 bound to fab LF61 with an open I domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42608
タイトルIntegrin aEb7 bound to fab LF61 with an open I domain
マップデータ
試料
  • 複合体: Trimeric complex of heterodimeric aEb7 bound to fab LF61
    • タンパク質・ペプチド: Integrin Beta-7
    • タンパク質・ペプチド: Integrin Alpha-E
キーワードT cell residence / Adhesion / Signaling / Cell-cell interaction / IMMUNE SYSTEM
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hollis JA / Campbell MG / Malik HS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM147414 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evolutionary origin and structural ligand mimicry mediated by the inserted domain of alpha-integrin proteins
著者: Hollis JA / Campbell MG / Malik HS / Chan MC
履歴
登録2023年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42608.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42608.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 134.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 328 pix.
= 368.016 Å		1.12 Å/pix.
x 328 pix.
= 368.016 Å		1.12 Å/pix.
x 328 pix.
= 368.016 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.122 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.4999415 - 1.687668
平均 (標準偏差)-0.0010638887 (±0.030699413)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ328328328
Spacing328328328
セルA=B=C: 368.016 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42608_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42608_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trimeric complex of heterodimeric aEb7 bound to fab LF61

全体名称: Trimeric complex of heterodimeric aEb7 bound to fab LF61
要素
  • 複合体: Trimeric complex of heterodimeric aEb7 bound to fab LF61
    • タンパク質・ペプチド: Integrin Beta-7
    • タンパク質・ペプチド: Integrin Alpha-E

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超分子 #1: Trimeric complex of heterodimeric aEb7 bound to fab LF61

超分子名称: Trimeric complex of heterodimeric aEb7 bound to fab LF61
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Integrin Beta-7

分子名称: Integrin Beta-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: ELDAKIPSTG DATEWRNPHL SMLGSCQPAP SCQKCILSHP SCAWCKQLNF TASGEAEARR CARREELLAR GCPLEELEEP RGQQEVLQDQ PLSQGARGEG ATQLAPQRVR VTLRPGEPQQ LQVRFLRAEG YPVDLYYLMD LSYSMKDDLE RVRQLGHALL VRLQEVTHSV ...文字列:
ELDAKIPSTG DATEWRNPHL SMLGSCQPAP SCQKCILSHP SCAWCKQLNF TASGEAEARR CARREELLAR GCPLEELEEP RGQQEVLQDQ PLSQGARGEG ATQLAPQRVR VTLRPGEPQQ LQVRFLRAEG YPVDLYYLMD LSYSMKDDLE RVRQLGHALL VRLQEVTHSV RIGFGSFVDK TVLPFVSTVP SKLRHPCPTR LERCQSPFSF HHVLSLTGDA QAFEREVGRQ SVSGNLDSPE GGFDAILQAA LCQEQIGWRN VSRLLVFTSD DTFHTAGDGK LGGIFMPSDG HCHLDSNGLY SRSTEFDYPS VGQVAQALSA ANIQPIFAVT SAALPVYQEL SKLIPKSAVG ELSEDSSNVV QLIMDAYNSL SSTVTLEHSS LPPGVHISYE SQCEGPEKRE GKAEDRGQCN HVRINQTVTF WVSLQATHCL PEPHLLRLRA LGFSEELIVE LHTLCDCNCS DTQPQAPHCS DGQGHLQCGV CSCAPGRLGR LCECSVAELS SPDLESGCRA PNGTGPLCSG KGHCQCGRCS CSGQSSGHLC ECDDASCERH EGILCGGFGR CQCGVCHCHA NRTGRACECS GDMDSCISPE GGLCSGHGRC KCNRCQCLDG YYGALCDQCP GCKTPCERHR DCAECGAFRT GPLATNCSTA CAHTNVTLAL APILDDGWCK ERTLDNQLFF FLVEDDARGT VVLRVRPQEK GADHDTSGLE VLFQGPGKNA QCKKKLQALK KKNAQLKWKL QALKKKLAQG GHHHHHH

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分子 #2: Integrin Alpha-E

分子名称: Integrin Alpha-E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: FNVDVARPWL TPKGGAPFVL SSLLHQDPST NQTWLLVTSP RTKRTPGPLH RCSLVQDEIL CHPVEHVPIP KGRHRGVTVV RSHHGVLICI QVLVRRPHSL SSELTGTCSL LGPDLRPQAQ ANFFDLENLL DPDARVDTGD CYSNKEGGGE DDVNTARQGG ALEKEEEEDK ...文字列:
FNVDVARPWL TPKGGAPFVL SSLLHQDPST NQTWLLVTSP RTKRTPGPLH RCSLVQDEIL CHPVEHVPIP KGRHRGVTVV RSHHGVLICI QVLVRRPHSL SSELTGTCSL LGPDLRPQAQ ANFFDLENLL DPDARVDTGD CYSNKEGGGE DDVNTARQGG ALEKEEEEDK EEEEDEEEEE AGTEIAIILD GSGSIDPPDF QRAKDFISNM MRNFYEKCFE CNFALVQYGG VIQTEFDLRD SQDVMASLAR VQNITQVGSV TKTASAMQHV LDSIFTSSHG SRRKASKVMV VLTDGGIFED PLNLTTVINS PKMQGVERFA IGVGEEFKSA RTARELNLIA SDPDETHAFK VTNYMALDGL LSKLRYNIIS MEGTVGDALH YQLAQIGFSA QILDERQVLL GAVGAFDWSG GALLYDTRSR RGRFLNQTAA AAADAEAAQY SYLGYAVAVL HKTCSLSYIA GAPRYKHHGA VFELQKEGRE ASFLPVLEGE QMGSYFGSEL CPVDIDMDGS TDFLLVAAPF YHVHGEEGRV YVYRLSEQDG SFSLARILSG HPGFTNARFG FAMAAMGDLS QDKLTDVAIG APLEGFGADD GASFGSVYIY NGHWDGLSAS PSQRIRASTV APGLQYFGMS MAGGFDISGD GLADITVGTL GQAVVFRSRP VVRLKVSMAF TPSALPIGFN GVVNVRLCFE ISSVTTASES GLREALLNFT LDVDVGKQRR RLQCSDVRSC LGCLREWSSG SQLCEDLLLM PTEGELCEED CFSNASVKVS YQLQTPEGQT DHPQPILDRY TEPFAIFQLP YEKACKNKLF CVAELQLATT VSQQELVVGL TKELTLNINL TNSGEDSYMT SMALNYPRNL QLKRMQKPPS PNIQCDDPQP VASVLIMNCR IGHPVLKRSS AHVSVVWQLE ENAFPNRTAD ITVTVTNSNE RRSLANETHT LQFRHGFVAV LSKPSIMYVN TGQGLSHHKE FLFHVHGENL FGAEYQLQIC VPTKLRGLQV VAVKKLTRTQ ASTVCTWSQE RACAYSSVQH VEEWHSVSCV IASDKENVTV AAEISWDHSE ELLKDVTELQ ILGEISFNKS LYEGLNAENH RTKITVVFLK DEKYHGTGGL EVLFQGPGEN AQCEKELQAL EKENAQLEWE LQALEKELAQ WSHPQFEK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 379901
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る