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- EMDB-42607: Apo integrin a4b7 in the compact state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42607
タイトルApo integrin a4b7 in the compact state
マップデータ
試料
  • 複合体: Apo integrin a4b7 in the compact conformation
    • タンパク質・ペプチド: Integrin Alpha-4
    • タンパク質・ペプチド: Integrin Beta-7
キーワードT cell residence / Adhesion / Signaling / Cell-cell interaction / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent extracellular exosome endocytosis / negative regulation of protein homodimerization activity / immune response in gut-associated lymphoid tissue / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / diapedesis / integrin alpha4-beta1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / axonogenesis involved in innervation ...clathrin-dependent extracellular exosome endocytosis / negative regulation of protein homodimerization activity / immune response in gut-associated lymphoid tissue / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / diapedesis / integrin alpha4-beta1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / axonogenesis involved in innervation / protein antigen binding / leukocyte tethering or rolling / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / integrin complex / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / heterotypic cell-cell adhesion / neuron projection extension / negative regulation of vasoconstriction / leukocyte migration / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / cellular response to cytokine stimulus / endodermal cell differentiation / fibronectin binding / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / Integrin cell surface interactions / positive regulation of T cell migration / T cell migration / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / B cell differentiation / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cell-cell adhesion / cellular response to amyloid-beta / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / virus receptor activity / growth cone / Potential therapeutics for SARS / receptor complex / cell adhesion / external side of plasma membrane / focal adhesion / neuronal cell body / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain ...Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin alpha-4 / Integrin beta-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hollis JA / Campbell MG / Malik HS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM147414 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evolutionary origin and structural ligand mimicry mediated by the inserted domain of alpha-integrin proteins
著者: Hollis JA / Campbell MG / Malik HS / Chan MC
履歴
登録2023年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42607.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42607.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 134.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 328 pix.
= 368.016 Å		1.12 Å/pix.
x 328 pix.
= 368.016 Å		1.12 Å/pix.
x 328 pix.
= 368.016 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.122 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-0.60652447 - 1.5983708
平均 (標準偏差)-0.0007788928 (±0.029223297)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ328328328
Spacing328328328
セルA=B=C: 368.016 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42607_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42607_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Apo integrin a4b7 in the compact conformation

全体名称: Apo integrin a4b7 in the compact conformation
要素
  • 複合体: Apo integrin a4b7 in the compact conformation
    • タンパク質・ペプチド: Integrin Alpha-4
    • タンパク質・ペプチド: Integrin Beta-7

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超分子 #1: Apo integrin a4b7 in the compact conformation

超分子名称: Apo integrin a4b7 in the compact conformation / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 270 KDa

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分子 #1: Integrin Alpha-4

分子名称: Integrin Alpha-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: YNVDTESALL YQGPHNTLFG YSVVLHSHGA NRWLLVGAPT ANWLANASVI NPGAIYRCRI GKNPGQTCEQ LQLGSPNGEP CGKTCLEERD NQWLGVTLSR QPGENGSIVT CGHRWKNIFY IKNENKLPTG GCYGVPPDLR TELSKRIAPC YQDYVKKFGE NFASCQAGIS ...文字列:
YNVDTESALL YQGPHNTLFG YSVVLHSHGA NRWLLVGAPT ANWLANASVI NPGAIYRCRI GKNPGQTCEQ LQLGSPNGEP CGKTCLEERD NQWLGVTLSR QPGENGSIVT CGHRWKNIFY IKNENKLPTG GCYGVPPDLR TELSKRIAPC YQDYVKKFGE NFASCQAGIS SFYTKDLIVM GAPGSSYWTG SLFVYNITTN KYKAFLDKQN QVKFGSYLGY SVGAGHFRSQ HTTEVVGGAP QHEQIGKAYI FSIDEKELNI LHEMKGKKLG SYFGASVCAV DLNADGFSDL LVGAPMQSTI REEGRVFVYI NSGSGAVMNA METNLVGSDK YAARFGESIV NLGDIDNDGF EDVAIGAPQE DDLQGAIYIY NGRADGISST FSQRIEGLQI SKSLSMFGQS ISGQIDADNN GYVDVAVGAF RSDSAVLLRT RPVVIVDASL SHPESVNRTK FDCVENGWPS VCIDLTLCFS YKGKEVPGYI VLFYNMSLDV NRKAESPPRF YFSSNGTSDV ITGSIQVSSR EANCRTHQAF MRKDVRDILT PIQIEAAYHL GPHVISKRST EEFPPLQPIL QQKKEKDIMK KTINFARFCA HENCSADLQV SAKIGFLKPH ENKTYLAVGS MKTLMLNVSL FNAGDDAYET TLHVKLPVGL YFIKILELEE KQINCEVTDN SGVVQLDCSI GYIYVDHLSR IDISFLLDVS SLSRAEEDLS ITVHATCENE EEMDNLKHSR VTVAIPLKYE VKLTVHGFVN PTSFVYGSND ENEPETCMVE KMNLTFHVIN TGNSMAPNVS VEIMVPNSFS PQTDKLFNIL DVQTTTGECH FENYQRVCAL EQQKSAMQTL KGIVRFLSKT DKRLLYCIKA DPHCLNFLCN FGKMESGKEA SVHIQLEGRP SILEMDETSA LKFEIRATGF PEPNPRVIEL NKDENVAHVL LEGLHHQGTG GLEVLFQGPG ENAQCEKELQ ALEKENAQLE WELQALEKEL AQWSHPQFEK

UniProtKB: Integrin alpha-4

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分子 #2: Integrin Beta-7

分子名称: Integrin Beta-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: ELDAKIPSTG DATEWRNPHL SMLGSCQPAP SCQKCILSHP SCAWCKQLNF TASGEAEARR CARREELLAR GCPLEELEEP RGQQEVLQDQ PLSQGARGEG ATQLAPQRVR VTLRPGEPQQ LQVRFLRAEG YPVDLYYLMD LSYSMKDDLE RVRQLGHALL VRLQEVTHSV ...文字列:
ELDAKIPSTG DATEWRNPHL SMLGSCQPAP SCQKCILSHP SCAWCKQLNF TASGEAEARR CARREELLAR GCPLEELEEP RGQQEVLQDQ PLSQGARGEG ATQLAPQRVR VTLRPGEPQQ LQVRFLRAEG YPVDLYYLMD LSYSMKDDLE RVRQLGHALL VRLQEVTHSV RIGFGSFVDK TVLPFVSTVP SKLRHPCPTR LERCQSPFSF HHVLSLTGDA QAFEREVGRQ SVSGNLDSPE GGFDAILQAA LCQEQIGWRN VSRLLVFTSD DTFHTAGDGK LGGIFMPSDG HCHLDSNGLY SRSTEFDYPS VGQVAQALSA ANIQPIFAVT SAALPVYQEL SKLIPKSAVG ELSEDSSNVV QLIMDAYNSL SSTVTLEHSS LPPGVHISYE SQCEGPEKRE GKAEDRGQCN HVRINQTVTF WVSLQATHCL PEPHLLRLRA LGFSEELIVE LHTLCDCNCS DTQPQAPHCS DGQGHLQCGV CSCAPGRLGR LCECSVAELS SPDLESGCRA PNGTGPLCSG KGHCQCGRCS CSGQSSGHLC ECDDASCERH EGILCGGFGR CQCGVCHCHA NRTGRACECS GDMDSCISPE GGLCSGHGRC KCNRCQCLDG YYGALCDQCP GCKTPCERHR DCAECGAFRT GPLATNCSTA CAHTNVTLAL APILDDGWCK ERTLDNQLFF FLVEDDARGT VVLRVRPQEK GADHDTSGLE VLFQGPGKNA QCKKKLQALK KKNAQLKWKL QALKKKLAQG GHHHHHH

UniProtKB: Integrin beta-7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 239117
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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