EMDB-42597: MagIC-cryo-EM of the H1.8-GFP nucleosome formed in the Xenopus eg...

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登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-42597

タイトル

MagIC-cryo-EM of the H1.8-GFP nucleosome formed in the Xenopus egg extract metaphase chromosomes

マップデータ

試料

複合体: Nucleosome complexed with H1.8-GFP

キーワード

nucleosome / H1 / Xenopus egg extract / MagIC-cryo-EM / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å

データ登録者

Arimura Y / Funabiki H

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: MagIC-cryo-EM: a method for single particle cryo-EM analysis on magnetic beads
著者: Arimura Y / Funabiki H

履歴

登録	2023年11月2日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年11月13日	-
マップ公開	2024年11月13日	-
更新	2024年11月13日	-
現状	2024年11月13日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_42597.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_42597.map.gz	33 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-42597-v30.xml emd-42597.xml	13.1 KB 13.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_42597_fsc.xml	8.4 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_42597.png	69 KB
Filedesc metadata	emd-42597.cif.gz	4 KB
その他	emd_42597_half_map_1.map.gz emd_42597_half_map_2.map.gz	59.5 MB 59.5 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42597 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42597	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_42597_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_42597_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	emd_42597_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_42597_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42597 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42597	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	42594C 42596C 42598C 42599C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_42597.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.32 Å/pix. x 256 pix. = 337.92 Å	1.32 Å/pix. x 256 pix. = 337.92 Å	1.32 Å/pix. x 256 pix. = 337.92 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.32 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.19
最小 - 最大	-0.38752115 - 0.8934032
平均 (標準偏差)	0.00064725784 (±0.0334073)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_42597_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_42597_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Nucleosome complexed with H1.8-GFP

全体	名称: Nucleosome complexed with H1.8-GFP
要素	複合体: Nucleosome complexed with H1.8-GFP

-
超分子 #1: Nucleosome complexed with H1.8-GFP

超分子	名称: Nucleosome complexed with H1.8-GFP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量	理論値: 200000 MDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	0.0001 mg/mL
緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE 詳細: MagIC-cryo-EM beads capturing H1.8-GFP-nucleosomes were applied to the grid. The grid was then incubated on neodymium magnets for 5 minutes within a high-humidity chamber to facilitate magnetic bead capture..
詳細	H1.8-GFP nucleosomes formed in interphase and metaphase were isolated by MagIC-cryo-EM

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.45 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 22051
初期角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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